本辦法依廢棄物清理法（以下簡稱本法）第三十九條第二項規定訂定之。
本辦法之目的事業主管機關為科技部（以下簡稱本部），並委任各科學園區管理局（以下簡稱管理局）辦理。
本辦法所稱事業，指本法第二條第五項以本部為目的事業主管機關之事業。
本辦法所稱再利用，指事業將其事業廢棄物自行再利用或送往再利用機構做為原料、材料、燃料、工程填料、土地改良、新生地、填土（地）或其他經本部認定之用途行為。
前項再利用機構以經政府機關登記有案或依法律規定免辦理登記之農工商廠（場）為限。
事業廢棄物之再利用，應以下列方式為之：一、事業自行於廠（場）內再利用。
二、事業廢棄物之性質安定或再利用技術成熟者，其種類及管理方式經本部公告後，事業及再利用機構得逕依該管理方式進行再利用。
但經其他中央目的事業主管機關規定得逕行再利用，或經其許可通案再利用之事業廢棄物，得逕依其規定之管理方式內容或通案再利用許可文件所載內容進行再利用。
三、經管理局個案或通案再利用許可後，送往再利用機構再利用。
前項第二款經本部公告之事業廢棄物再利用種類及用途，有污染環境之虞者，本部得暫時停止其再利用。
科學園區內屬本法第三十一條第一項公告之事業，應於其事業廢棄物清理計畫書經所在地之管理局審查核准後，始得依第一項規定進行再利用；其非屬公告之事業者，得自行於廠（場）內再利用。
個案再利用許可之申請，由事業及再利用機構共同檢具再利用許可申請文件一式十份，向管理局為之。
前項申請文件，應包括：一、事業及再利用機構基本資料。
二、事業及再利用機構共同申請意願書。
三、再利用運作計畫書。
四、其他經管理局指定文件。
前項第三款再利用運作計畫書內容，應載明：一、事業廢棄物基本資料。
二、清除計畫。
三、具有國內外再利用可行性實廠實績相關佐證資料或含試驗計畫之再利用計畫。
四、污染防治計畫。
五、產品品管及銷售計畫。
六、異常運作處理計畫。
七、緊急應變計畫。
八、事業對事業廢棄物再利用之追蹤稽核計畫。
九、再利用機構對產品之追蹤稽核計畫。
前項第三款再利用計畫中試驗計畫之內容，應包括試驗數量、試驗期間、檢測及監測方式。
申請個案再利用許可無國內外再利用可行性實廠實績相關佐證資料者，應於管理局核准後，依第三項第三款再利用計畫所載試驗計畫，進行再利用試驗計畫，並應於試驗計畫期間屆滿之次日起三十日內，檢具含試驗結果之修正後個案再利用許可申請書送管理局審查。
屆期未送管理局審查或經審查不同意者，再利用機構於試驗期間之產出物，應依本法第二十八條或第三十九條規定辦理。
事業及再利用機構無前條第三項第三款之國內外再利用可行性實廠實績相關佐證資料者，得共同提出試驗計畫申請文件一式十份，經管理局核准後，進行再利用試驗計畫。
事業及再利用機構應於試驗計畫期間屆滿之次日起三十日內檢具試驗結果報請管理局核准，其經核准者，得作為國內實廠實績，依前條規定提出申請；未經核准者，再利用機構於試驗期間之產出物，應依本法第二十八條或第三十九條規定辦理。
前項申請文件，應包括：一、事業及再利用機構基本資料。
二、事業及再利用機構共同申請意願書。
三、再利用運作計畫書。
四、其他經管理局指定文件。
前項第三款再利用運作計畫書內容，應載明：一、事業廢棄物基本資料。
二、清除計畫。
三、具有試驗數量、試驗期間、檢測及監測方式之再利用計畫。
四、具有污染排放檢測及監測方式之污染防治計畫。
五、產品品管及銷售計畫。
六、異常運作處理計畫。
七、緊急應變計畫。
第一項檢具試驗結果之內容應包含管理局核准之前項試驗計畫申請文件內所規定之運作、檢測及監測紀錄。
通案再利用許可之申請，由再利用機構檢具再利用許可申請文件一式十五份，向管理局為之。
前項申請文件，應包括：一、再利用機構基本資料。
二、再利用運作計畫書。
三、其他經管理局指定文件。
前項第二款再利用運作計畫書內容，應載明：一、事業廢棄物基本資料。
二、清除計畫。
三、相同產業製程事業廢棄物，具有十二個月以上之收受量、再利用量及暫存量月統計資料之再利用計畫。
四、污染防治計畫。
五、具有產品產銷月統計資料之產品品管及銷售計畫。
六、異常運作處理計畫。
七、緊急應變計畫。
八、由所在地之直轄市或縣（市）主管機關開具申請前一年內未曾因違反環保法令受限期改善而屆期仍未完成改善、按日（次）處罰鍰、停工、停業、勒令歇業、撤銷、廢止許可證（文件）或其他剝奪或消滅一定資格或權利之處分，或涉及刑事責任經起訴之證明文件。
九、再利用機構對產品之追蹤稽核計畫。
前項第三款、第五款之月統計資料及第八款之證明文件，以同一法人為限；如為外文者，應檢附駐外單位或外交部授權機關驗證之中譯本。
依本辦法提出之申請文件經書面審查，其內容資料欠缺者，管理局應於受理後十個工作日內通知補正。
但通案再利用許可之申請得延長十個工作日。
依前項審查後，管理局得邀集學者、專家及相關主管機關進行實質審查，必要時得前往現場履勘。
實質審查後其內容資料應修正者，管理局應通知修正申請文件。
申請人依前二項補正或修正申請文件之總日數，不得超過九十日。
但依第五條第五項之個案再利用許可申請者，其補正或修正之總日數，不得超過一百二十日。
再利用許可之申請，有下列情形者，管理局應予駁回：一、申請文件補正加計修正之總日數違反前條第三項規定。
二、於原許可期間未依再利用許可文件內容之檢測項目及頻率進行再利用產品之檢測，或其檢測結果未符合再利用許可文件內容，累計達三次。
三、違反環保法令，於再利用許可申請期間受限期改善而屆期仍未完成改善、按日（次）處罰鍰、停工、停業、勒令歇業、撤銷、廢止許可證（文件）或其他剝奪或消滅一定資格或權利之處分，或涉及刑事責任經起訴者。
四、經實質審查，不具再利用可行性。
五、事業或再利用機構主要生產設施已搬遷，經目的事業主管機關認定無繼續生產、製造、加工之事實。
因前項第二款情形被駁回申請者，自原核發之再利用許可期限屆滿次日起，一年內不得再向管理局提出同一再利用許可之申請。
個案再利用之許可文件應記載下列事項：一、事業名稱、地址、負責人。
二、再利用機構名稱、地址、負責人。
三、再利用事業廢棄物產業製程、種類（代碼）、名稱及用途。
四、事業廢棄物許可再利用收受數量。
五、核發日期及許可期限。
六、其他經本部規定事項。
通案再利用之許可文件，應記載下列事項：一、再利用機構名稱、地址、負責人。
二、再利用事業廢棄物產業製程、種類（代碼）、名稱及用途。
三、事業廢棄物許可再利用收受數量。
四、核發日期及許可期限。
五、其他經本部規定事項。
管理局核發再利用許可文件及其展延、變更、廢止時，應副知事業與再利用機構所在地之直轄市或縣（市）主管機關及再利用用途目的事業主管機關。
取得通案再利用許可之再利用機構，應與事業訂定契約書，並於訂定契約書之次日起三十日內，檢具該契約書送管理局備查，並副知事業與再利用機構所在地之直轄市或縣（市）主管機關及再利用用途目的事業主管機關，始得經營事業廢棄物再利用業務。
變更契約書內容、解除或終止契約時，亦同。
前項契約書應記載下列事項：一、事業廢棄物之產業製程、種類、性質及數量。
二、契約書有效期限。
三、該再利用機構因故無法繼續運作時，對其尚未再利用之廢棄物處置方式。
使用非屬依中央主管機關公告應裝置即時追蹤系統之事業廢棄物清運機具者，契約書應記載清運機具或另檢具相關證明文件。
本辦法所核發許可之期限，以三年為限。
事業或再利用機構申請許可展延者，應於許可期限屆滿日前三至六個月之間，依第五條或第七條規定，並檢附原許可運作期間之相關紀錄，向管理局為之；每次展延以三年為限。
屆期未申請展延者，其許可失其效力；如需繼續營運者，應重新申請。
依前項規定期間申請展延者，因管理局之審查致許可期限屆滿前無法完成展延准駁者，再利用機構於許可屆滿後至完成審查期間內，得依原許可內容營運。
逾第一項規定期間申請展延者，管理局於其許可期限屆滿日尚未作成展延准駁者，應於許可期限屆滿之次日起停止營運。
第一項原許可運作期間之相關紀錄應包含下列資料：一、事業廢棄物允收標準之檢測結果彙整。
二、事業廢棄物收受量、再利用量及暫存量統計表。
三、再利用後廢棄物產生量、清理量及暫存量統計表。
四、再利用產品品質之檢測結果彙整。
五、再利用產品生產量、銷售量及庫存量統計表。
六、產品銷售對象、用途及數量彙整表。
七、依第五條第三項第八款、第九款及第七條第三項第九款所訂之稽核計畫作成之紀錄。
經審查通過之申請文件內容，有下列情形之一者，應依第五條、第六條或第七條規定重新申請：一、事業廢棄物種類、名稱、屬性或產業製程變更。
二、事業廢棄物實際收受數量逾許可再利用數量。
但未逾百分之十者，不在此限。
三、事業廢棄物再利用技術原理改變。
經審查通過之申請文件內容，有下列變更情形之一者，應檢具相關資料報請管理局核准：一、個案許可再利用機構所收受各事業之許可再利用數量。
二、試驗計畫之試驗期間。
三、事業廢棄物進廠管制方式或允收標準。
四、進廠事業廢棄物之貯存容量。
五、再利用流程或設施。
六、再利用後事業廢棄物清理方式。
七、污染排放檢測項目、方法及頻率。
八、產品名稱、用途或規格。
九、停（歇）業之未再利用事業廢棄物之清理計畫。
十、產品庫存量超過貯存容量時之處理計畫。
十一、產品檢驗項目、方法或頻率。
十二、其他經管理局指定者。
前項第二款試驗期間之變更，以一次為限。
經審查通過之申請文件內容，有下列變更情形之一者，應自事實發生次日起三十日內，檢具相關資料送管理局備查：一、事業或再利用機構之名稱、地址或負責人。
二、清除方式。
三、清除機構或車輛。
四、進廠事業廢棄物之貯存設施。
五、污染防治方式、設施或規格。
六、產品貯存方式。
七、減少再利用之事業廢棄物許可再利用數量。
清除機構之清運車輛屬依中央主管機關公告應裝置即時追蹤系統之事業廢棄物清運機具規定，經審驗機關審驗合格者，清除機構及清運車輛免依前項第三款規定向管理局備查。
事業廢棄物送往再利用機構再利用前之清除，由事業或再利用機構依下列方式為之：一、自行清除。
二、委託合法運輸業代為清除。
三、委託領有廢棄物清除許可證之公民營清除機構清除。
事業於委託清除或再利用前，應先與再利用機構、合法運輸業或領有廢棄物清除許可證之公民營清除機構簽訂契約書，並妥善保存留供查核。
前項契約書應記載之事項依第十三條第二項及第三項規定辦理。
事業對於事業廢棄物送往再利用機構之日期、種類、名稱、數量、再利用用途及再利用機構名稱，應作成紀錄。
再利用機構對於事業廢棄物再利用之日期、種類、名稱、數量、再利用用途、事業名稱及剩餘廢棄物之處置，應作成紀錄。
再利用機構之再利用產品銷售流向及數量，應作成營運紀錄。
再利用機構之再利用產品未直接售予最終使用者，管理局得要求其將再利用產品經其他機構轉售至最終使用者之銷售流向與數量作成紀錄。
事業及再利用機構依許可文件內容進行相關檢測時，應將檢測日期、檢測方法及檢測結果作成紀錄，或以委外檢測之檢測報告作為紀錄。
再利用機構之再利用產品應於包裝及銷售發票或出貨單明顯處標示其再利用機構、聯絡電話、產品名稱、用途及限制使用範圍；無包裝者應於銷售發票或出貨單上標示。
外銷者應同時有中文及英文標示。
第一項至第三項紀錄與相關憑證及第五項檢測報告應妥善保存三年，留供查核；必要時，管理局得要求事業及再利用機構將紀錄與相關憑證提報管理局。
事業或再利用機構對於前條第一項或第二項紀錄，應依本法第三十一條第一項第二款相關規定辦理申報。
再利用機構應於每月十日前，依下列規定主動連線至本法中央主管機關指定系統，申報其前月再利用產品之營運紀錄：一、再利用機構所收受之事業廢棄物，經再利用後製成產品，應逐項申報其再利用產品名稱。
二、各項再利用產品之所使用事業廢棄物代碼、名稱及使用量，產品生產量與前月底之再利用產品庫存量，銷售對象及其證號、地址、產品代碼及名稱、銷售量相關資料；如無再利用產品銷售時，亦應申報前月底之再利用產品庫存量或無再利用產品庫存。
三、如發現再利用產品銷售流向申報內容與事實不符時，應立即上網補正申報資料，並說明修改申報資料之原因。
依前項規定連線申報時，如相關軟硬體設施發生故障無法於每月十日前完成申報，應於二十四小時內以傳真方式向管理局報備並作成紀錄；並於修護完成一日內補行連線申報。
第一項至第三項申報作業，如申報期限末日適逢假日，得順延至次一工作日進行申報。
管理局得派員或委託相關機構進行事業廢棄物再利用追蹤查核，事業及再利用機構應配合提供相關資料及說明。
取得再利用許可之再利用機構終止廢棄物再利用業務者，應向管理局申請廢止再利用許可；其自行暫停營業達一個月以上者，應於滿一個月後十五日內，檢具相關資料送管理局備查。
再利用許可有下列情形之一，管理局得廢止其許可：一、再利用機構喪失從事業務資格。
二、再利用機構連續十二個月無從事管理局所核發之廢棄物再利用業務。
三、個案再利用事業之主要生產設施已搬遷，經目的事業主管機關認定無繼續生產、製造、加工之事實。
四、再利用機構同時經營廢棄物處理業務，其廢棄物再利用項目與廢棄物處理許可證許可項目相同，無法以不同機具操作或其他管理方式，明確區分處理及再利用製程。
再利用機構收受事業廢棄物，有下列情形之一者，管理局得令其停止收受廢棄物，並要求其限期改善：一、事業廢棄物來源、再利用用途或再利用產品項目未符合許可文件內容規定。
二、廠內未具備許可文件內容規定應有之設備。
三、再利用產品品質未符合許可文件內容。
四、違反第二十二條規定。
再利用機構銷售、運送再利用產品，有下列情形之一者，管理局得要求限期改善或提出補充說明；如未改善或釐清者，管理局得令其停止銷售或運送再利用產品：一、再利用產品品質未符合許可文件內容。
二、再利用產品銷售對象資格未符合許可文件內容。
三、再利用產品使用用途不明或未符合許可文件內容。
四、違反第二十二條規定。
前二項經管理局要求停止收受廢棄物、停止銷售或運送再利用產品者，應檢具改善情形證明文件或說明資料報請管理局核准後，始得恢復收受廢棄物、恢復銷售或運送再利用產品。
事業或再利用機構有下列情事之一者，管理局得廢止其許可：一、應申報資料內容與事實不符。
二、未依許可文件進行再利用，經限期改善而屆期未改善。
三、未依第十五條規定重新申請許可。
四、許可期間內違反第十三條、第十六條、第十七條、第二十條至第二十二條規定，經限期改善而屆期未改善。
五、其他違法情形，經本法中央主管機關或再利用用途目的事業主管機關認定情節重大。
管理局依前項規定廢止再利用許可者，三年內不得再提出申請。
再利用機構經管理局廢止再利用許可者，自廢止處分書送達之日起，不得再從事廢棄物再利用業務。
但已收受之未再利用及再利用後之廢棄物，應依本法之相關規定清除處理。
管理局得委託相關機構輔導事業及再利用機構辦理事業廢棄物再利用技術提升及技術移轉等事項，並協助再利用機構建立產品品質及技術規範。