本辦法依科學園區設置管理條例（以下簡稱本條例）第十三條第五項規定訂定之。
科學園區土地之租賃，由各該科學園區管理局（以下簡稱管理局）依本辦法規定辦理。
園區事業繳納投資保證金後，得依管理局所定程序，提出租用土地計畫書（以下簡稱租地計畫），向管理局申請租用園區土地。
前項租地計畫內容應包括公司概況、營運計畫、建廠計畫（含土地面積需求、土地配置與規劃、建築物規劃、興建進度表、建築法規檢討表、水電需求、污染防治計畫）、財務計畫等項目。
前項建廠計畫應以一次建築完成為原則。
但有正當理由，經管理局同意者，得分期完成建築。
園區事業租用園區土地自行興建之建築物，以供營業所需之廠房、辦公室、倉庫、實驗室、作為儲運、裝卸、包裝及修配等之工作場地及專供員工使用之設施為限。
但有特殊事由，經管理局同意者，不在此限。
園區事業於園區土地興建建築物，其土地使用及建築物興建應符合園區土地使用分區管制規定及其他相關法令規定。
租用園區土地自行興建建築物之園區事業，應於收到管理局核配土地同意通知後一個月內，與管理局簽訂土地租賃契約起租土地。
逾期未簽訂土地租賃契約起租土地者，管理局得撤銷核配。
但有正當理由，經管理局同意延長期限者，不在此限。
園區事業應自起租日起三個月內，檢附建築圖說，向管理局或相關主管機關申請建築設計及景觀預審審議，並於取得同意函後一個月內，向管理局申請建造執照。
園區事業應依管理局同意之建廠計畫完成建築。
但有正當理由經申請管理局同意延長者，不在此限。
租用園區土地之園區事業（以下稱承租人）應依第七條及第八條規定計算繳納土地租金及公共設施建設費用（以下合稱租地費用），並應就該費用依法計算營業稅。
承租人應自起租日起，依管理局所定之程序，按月繳納租地費用。
但經申請管理局同意調整繳費期間者，不在此限。
土地租金之計算方式如下：一、管理局應就新設園區，根據其經營需求與招商狀況，訂定其年租金率，以便計算土地租金。
本辦法所稱年租金率，係指年度租金占園區土地平均公告地價之比率。
年租金率最高不得逾百分之十。
二、新設園區之每月土地租金計算方式為，以該園區土地平均公告地價乘以年租金率，除以十二個月，乘以租用土地面積計算之。
三、於既有園區毗鄰區域擴增之園區範圍，其土地租金應按該既有園區之土地租金數額計收。
四、公告地價如遇直轄市、縣市政府重新規定地價，每月土地租金應配合調整，其調整方式如下：（一）平均公告地價調漲者，以原每月土地租金扣除原地價稅額十二分之一後之餘額，加計平均公告地價調高比例，再加上調整後地價稅額十二分之一計算。
但其餘額調高比例以百分之十為上限。
（二）平均公告地價調降者，於調降後之平均公告地價低於中華民國一百零四年度平均公告地價時，以原每月土地租金扣除原地價稅額十二分之一後之餘額，依當年度公告地價之調降比例調降，再加上調整後地價稅額十二分之一計算。
如調降後之平均公告地價未低於中華民國一百零四年度平均公告地價，則每月土地租金不配合調降。
五、既有園區調整土地租金時，於既有園區毗鄰區域擴增園區範圍之土地租金，應一併調整。
公共設施建設費用，指管理局為道路及交通設施、地下管線（含污水管線）、路燈照明、排水設施、水電供應設施、景觀設施及其他基礎建設等所投入之費用。
公共設施建設費用計收基準，依下列規定辦理：一、各項公共設施建設費用係以管理局已竣工決算之工程金額為計算基礎，包含工程造價成本及工程完工前利息費用。
二、公共設施建設費用之計收，每二年定期檢討一次。
核計後如應增加之收費超過每月每平方公尺零點五元者，即進行費用調整；未超過每月每平方公尺零點五元者，則延至下次檢討時再併入計算，惟至少每四年應據以調整費用一次。
三、承租人按其承租面積占園區基地內可出租土地面積之比率，分二十年逐年分攤公共設施建設費用。
期滿後即不再收取該費用。
四、於既有園區毗鄰區域擴增之園區範圍，其公共設施建設費用應按該既有園區之公共設施建設費用計收。
五、定期檢討公共設施建設費用時，就管理局於擴增園區範圍內所投入之公共設施建設費用，應併入計算，而園區土地面積亦應將擴增範圍併入計算。
六、擴增園區範圍內所投入之公共設施建設費用依前二款計收經管理局認定顯失公平者，其各項公共設施於開發完成後之首次納入公共建設費用計收時，得由擴增園區範圍內承租人按其承租面積占擴增園區基地內可出租土地面積之比率分二十年逐年分攤。
定期檢討公共設施費用時，應扣除前段由擴增園區範圍內承租人按擴增園區基地面積比率分擔之費用後依前款規定計算。
公共設施建設費用若屬下列各款情形之一者，不列入公共設施建設費用計收：一、該公共設施設置後係向使用者收取使用費用。
二、未達財物標準分類之財產使用年限而予以更新部分。
三、屬學術研究性質之費用。
四、污水處理設施費用中屬污水工程費部分。
租地費用應自調整確定之日起開始調整收取，已繳付期間之差額仍應追收或退還。
園區事業經由買賣或法院拍賣取得建築物所有權者，應與管理局簽訂土地租賃契約，並自地政機關辦竣所有權移轉登記日或取得法院核發之移轉證明書之日起，開始計付租地費用。
租用土地如因地政機關辦竣地籍整理或逕為分割致其面積有所調整，承租人應自調整確定之日起依調整後之面積計付租金，其先前租賃期間短繳或溢繳之租地費用，應辦理追收或退還。
但追收以辦竣地籍整理或為分割之前五年為限。
承租人未依約定期限繳納租地費用者，應按下列規定繳付懲罰性違約金，但於約定期限屆滿後二日內完成補繳者，免收懲罰性違約金：一、逾期繳納未滿一個月者，按應繳總額加收百分之一違約金。
二、逾期繳納一個月以上者，按應繳總額加收百分之五違約金。
於租地費用調整年度，如調漲金額逾每月每平方公尺五元或漲幅逾百分之二十者，承租人得就調漲部分，向管理局申請緩繳。
經管理局同意後，承租人應就該緩繳事宜與管理局簽訂協議書並辦理公證，公證費用由承租人負擔。
前項緩繳依下列原則辦理：一、就調漲之租地費用緩收一年，延至次年開始收取。
二、就前款緩繳之租地費用得分二年二十四期（每月一期）繳付，但應加計利息，利息依各年度一月一日之中華郵政一年期定期儲金存款固定利率計算。
第一項所規定之協議書應載明緩繳金額如有一期未依限繳納，視為全部到期，承租人應即將欠款餘額全數繳清，並逕受強制執行；如經提前終止租約者，亦同。
政府機關、非營利法人、研究機構、創業育成中心等單位租用園區土地從事其設立目的範圍內之事業者，得向管理局申請減收土地租金，但減收金額不得逾土地租金之百分之四十。
公共設施建設費用不得申請減收。
管理局可依園區經營、管理或招商需求，考量財務狀況後，就特定園區提出租地費用優惠方案，經陳報科技部核准後實施。
為因應天災、癘疫、國內外財政、經濟、社會重大變故，避免園區內相關事業、機構發生營運困難或嚴重衝擊，以協助園區高科技產業永續發展，提升我國科技競爭力，管理局得報經科技部核定，公告實施紓困措施，於一定期間內給予租地費用優惠方案。