本辦法依科學園區設置管理條例（以下簡稱本條例）第十四條第三項及第十五條規定訂定之。
本條例第十五條所稱當地市鄉鎮區毗鄰科學園區，指與科學園區之鄉（鎮、市、區）相毗鄰，且行政區域相連之鄉（鎮、市、區）。
管理局得視科學事業、土地利用及產業需求等情形，於其所轄範圍內經取得籌辦許可之民間園區供設廠使用之土地面積總和不足九十公頃時，報請科技部（以下簡稱本部）同意，開放民間園區併入科學園區之申請。
依本條例第十四條第一項規定或為配合國家科技發展重大項目，經行政院專案核准之申請案件，其申請條件，不受前項土地面積總和之限制。
公民營事業或財團法人（以下簡稱開發人），申請併入科學園區之民間園區，其使用之基地，應符合下列規定：一、總面積不得低於五十公頃。
但為配合國家科技發展重大項目，經行政院專案核准之申請案件，不在此限。
二、位址應為交通便利之地區，並有臨接縣級以上之主要聯絡道路，或自行設置至少二條且其寬度十五公尺以上之聯外道路。
三、開發人應依開發後所衍生包括交通量、停車需求量之交通需求進行評估，並確保其交通設施足以容納衍生之需求。
四、形狀應完整連接，各連接部分寬度不得少於三十公尺。
但為既成道路或都市計畫道路分隔者，不在此限。
五、所規劃之公共設施、公用設備及基地開發使用，開發人應視需要於申請基地內配置公共設施及其他相關必要之服務性設施；服務性設施所占面積（不包括既有都市計畫公共設施用地）不得低於申請基地總面積百分之三十，且其中綠地應占申請基地總面積百分之十以上。
六、提供社區使用土地所占面積，不得超過申請基地總面積百分之十。
七、提供設廠、產業研發使用土地之總和面積，不得低於申請基地總面積扣除公共設施、社區及保育使用土地後之百分之六十。
依本條例第十五條規定申請併入科學園區之民間園區土地位於實施都市計畫之範圍內者，其位址對外聯絡道路、形狀連接部分寬度、服務性設施及綠地比率等，依該都市計畫規定辦理，不受前項第二款、第四款及第五款之限制。
開發人申請將民間園區併入科學園區，應備具申請文件及可行性規劃報告，申請籌辦許可。
前項申請文件及可行性規劃報告，由開發人逕向申請基地毗鄰之管理局遞送。
前條所稱申請文件，應包括下列文件：一、申請書。
應載明開發人及民間園區之名稱。
二、土地清冊及證明文件。
土地清冊，應載明土地座落、權屬、面積統計與土地使用分區及編定類別；證明文件，為土地登記簿謄本、地籍圖等資料及經直轄市、縣（市）政府查核後註記查核結果之文件。
三、地理位置圖。
四、土地使用同意書或同意合併開發證明書。
五、需使用他人土地進入基地者，其進入基地之同意書。
第五條所定可行性規劃報告，應包括下列文件：一、基地位置、區位、現況條件說明。
二、相關計畫開發配合情形。
三、產業分析及供需評估。
四、民間園區性質及預定引進產業之類別、性質。
五、開發期程。
六、土地使用計畫；其計畫圖比例尺不得小於一千二百分之一，並標示各使用分區。
七、公共設施配置計畫及自來水、電信、電力、道路、供水、排水等相關公共設施或公用事業主管機關同意配合設置之文件。
八、交通系統動線規劃及衝擊評估。
九、開發財務計畫。
十、金融機構融資意願書。
十一、經營、管理、維護計畫及其組織。
十二、經濟發展需要性及開發計畫可行性評估。
十三、開發行為對環境影響及因應對策。
前項第六款及第七款之文件，應附具說明圖、表資料。
第一項第九款之計畫內容，應包括用地取得、規劃、設計、施工、管理、維護等經費支用，依辦理進度逐年估列統計，並列明資金來源及償還方式，且應具備財務結構、償債能力、經營能力、獲利能力及現金流量等財務分析。
管理局收受籌辦許可申請案，經查核相關文件無誤後，應核提意見，報請本部審查。
本部為審查前項案件，得邀集相關機關及專家、學者組成民間園區併入科學園區審議會，就開發人所提相關文件加以審查；必要時，並得通知開發人列席說明。
前項審查，應於三個月內完成。
其經審查通過者，由本部核發籌辦許可；審查未通過者，本部應將審查結果及審查意見，以書面通知開發人。
開發人於取得籌辦許可後，應於一年內依都市計畫法或區域計畫法規定辦理用地變更等相關事項及環境影響評估等作業；必要時，得經管理局同意延長三個月，但以一次為限。
未依前項規定辦理者，管理局得報請本部廢止其籌辦許可。
第一項依都市計畫法或區域計畫法規定辦理用地變更等相關事項及環境影響評估等作業，開發人得於申請籌辦許可時，併同申請審查。
開發人依前條第一項規定作業完成，取得土地使用開發許可文件及完成用地變更等作業後，應與管理局訂定契約；契約內容應包括開發人、進駐廠商與管理局之權利義務及第十三條規定之處理方式。
民間園區自管理局將訂定完成之契約及前項相關文件報請本部同意，並依本條例第一條第二項規定報請行政院核定之日起，併入科學園區。
民間園區併入科學園區後，其進駐廠商應以符合本條例第四條所定之科學事業及經核准在園區內設立以供科學事業營運、管理或技術服務之事業為限。
前項進駐廠商之資格審查、設立、營運管理等，依本條例相關規定辦理。
民間園區併入科學園區後，應由開發人及進駐廠商共同成立管理委員會或委託法人組織負責管理，並受管理局監督；其組織章程，應報請管理局備查。
前項管理委員會或法人組織對管轄之園區，應獨立設帳，自負盈虧，並辦理下列事項：一、吸引投資及對外宣傳事項。
二、財務之計劃及調度事項。
三、園區事業之服務事項。
四、安全及防護事項。
五、各項公共設施、公用設備之建設、管理及維護事項。
六、社區開發及管理事項。
七、廠房、住宅、宿舍之興建及租售事項。
八、通用之技術服務設施事項。
九、儲運單位之經營或輔導管理事項。
十、公共福利事項。
十一、資訊管理網路運用及園區資訊化發展之推動事項。
十二、園區環境保護工作之規劃、推動及執行事項。
管理委員會或法人組織就前項第五款事項，應擬訂管理維護計畫，載明為管理維護公共設施、公用設備及其他環境管理所需維護費之收取及管理措施，報請管理局備查。
民間園區併入科學園區後，有下列情事之一者，本部得依促進民間參與公共建設法第五十二條、第五十三條規定處理：一、自併入科學園區之日起二年內，未申請建築執照。
二、未依核定通過之申請計畫執行，且情節重大。
三、未依本條例及其施行細則規定辦理，且情節重大。
四、其他重大情事，有損害重大公共利益或造成緊急危難之虞。