本辦法依科學園區設置管理條例第十七條第二項規定訂定之。
科學園區環境影響說明書或評估書經審核通過後，如因園區內坵塊整併、分割或公共設施局部調整位置，致變更原申請內容，依環境影響評估相關法規規定應辦理變更，且得以變更內容對照表方式為之者，科學園區管理局（以下簡稱管理局）應向主管機關申請核准。
管理局依前條規定提出申請時，應檢具下列文件：一、申請書。
二、原通過之環境影響說明書或評估書。
三、依環境影響評估法施行細則第三十七條之一第三項及開發行為環境影響評估作業準則第十一條規定製作之變更內容對照表。
四、其他經主管機關指定之文件。
主管機關為審查前條申請案，應成立變更環境影響說明書或評估書審查小組（以下簡稱審查小組）。
前項審查小組置委員十一人，其中一人為召集人，並擔任會議主席；由主管機關指定人員兼任召集人；主席未能出席時，由出席委員互推一人擔任主席。
前項審查小組委員，由主管機關、環保主管機關、內政部、行政院農業委員會與其他相關機關代表及專家、學者擔任。
審查小組之委員，均為無給職。
審查小組會議應有二分之一以上委員出席。
決議時，應經出席委員過半數同意。
前項會議，專家、學者委員應親自出席，不得代理。
與申請案件有利害關係之委員，應迴避出席會議及表決。
申請案件有下列情形一者，主管機關應予以駁回：一、非屬第二條應向主管機關申請之案件。
二、管理局未依主管機關所訂期限補正，或補正未符主管機關規定。
三、其他經審查小組會議決議之事項。
審查結果應由主管機關通知管理局，並函送環境保護主管機關備查。