第一章總則
本辦法依科學技術基本法（以下簡稱本法）第六條第三項規定訂定之。
本辦法用詞，定義如下：一、科學技術研究發展成果（以下簡稱研發成果）：指衛生福利部及所屬機關（構）（以下簡稱本部）編列科學技術研究發展計畫（以下簡稱科技計畫）預算，執行科技計畫所產生之原型、產品、技術、方法、著作等成果及相關智慧財產權。
二、執行研究發展之單位（以下簡稱執行單位）：指執行科技計畫之機關（構）、學校、企業、法人或團體。
三、產學合作計畫：指第三條第二款之科技計畫。
四、研發成果收入：指本部及執行單位因執行、管理及運用其研發成果所獲得之授權金、權利金、衍生利益金、價金、股權或其他權益。
五、國有研發成果：指研發成果歸屬國家所有者。
六、財產上利益：（一）動產、不動產。
（二）現金、存款、外幣及有價證券。
（三）債權或其他財產上權利。
（四）其他具有經濟價值或得以金錢交易取得之利益。
七、共同出資：指於科技計畫內有提供價金或技術之行為。
科技計畫之範圍如下：一、本部編列預算自行辦理者。
二、本部編列預算補助或委託其他執行單位辦理者：（一）本部編列預算補助執行單位與產業界共同出資辦理者。
（二）本部與產業界共同出資辦理者。
（三）本部與產業界共同出資補助或委託其他執行單位辦理者。
（四）本部接受其他政府機關（構）、企業、法人或團體補助或委託辦理者。
第二章研發成果之歸屬
研發成果之歸屬，除本辦法規定或契約另有約定者外，均歸屬執行單位所有。
前項有關研發成果之歸屬、管理及運用，應於簽訂補助、委託或出資之科技計畫契約約定之。
研發成果有下列情形之一者，應約定為國有研發成果：一、涉及國家安全。
二、對國民健康、環境生態或其他公共利益有重大影響。
三、其他載明於公告招標、甄（徵）選文件或契約。
本部自行研發之成果，為國有研發成果。
第三章研發成果之管理及運用
本部對於執行單位之研發成果非屬國有者，在國內外享有無償及非專屬之實施權利。
但本部補助、委託或出資金額占該科技計畫總經費百分之五十以下者，由雙方約定之。
前項本部享有之權利，不得讓與第三人。
執行單位對於歸屬其所有之研發成果及其收入，應設專責單位負責管理及運用，並建置管理及運用機制。
本部得視前項執行單位就研發成果管理及其收入運用之情形，要求執行單位改善其管理及運用機制。
第一項管理及運用，應包括下列事項：一、申請及確保研發成果於國內外權利之維護管理。
二、授權、讓與及收益之運用管理。
三、迴避及其相關資訊之揭露與會計處理。
四、委任、信託、訴訟或其他一切與管理或運用研發成果有關之事項。
前條第一項管理機制，應包括下列事項：一、管理人員或單位：專人管理或由法務、研發部門之人員兼任或以任務性編組方式運作或委託代為管理。
二、維護管理：研發成果之維護及終止維護程序之管理；並將研發成果記錄及定期盤點。
三、運用管理：研發成果授權、讓與或其他運用方式作業流程之管理。
四、利益衝突迴避、資訊揭露管理：審議利益衝突迴避受理資訊申報、揭露資訊之程序及管理。
五、文件保管：人員、文件及資訊保密措施之管理。
六、會計處理：研發成果收入及支出之單獨列帳及其他會計管理。
七、股權處分管理：股權處理價格、時點與其他相關事項之評估管理。
前條第四款利益衝突迴避、資訊揭露管理，應包括下列事項：一、利益衝突迴避、資訊揭露之受理單位。
二、因研發成果授權或讓與而應向受理單位主動揭露或自行迴避之態樣及要件。
三、審議會議之組成，審議基準及作業程序。
四、違反應遵行事項之處置。
五、相關資訊之公告方式與範圍，及內部與外部通報程序。
六、利益衝突迴避及資訊揭露之教育訓練。
七、利益衝突迴避及資訊揭露之其他管理措施。
研發成果創作人得參與研發成果之推廣及洽談。
但研發成果管理或運用案件之審議或核決，應迴避之。
研發成果創作人應依執行單位規定，就與擬授權或讓與研發成果之營利事業間，有無下列利益關係，主動揭露；約定於授權或讓與研發成果後取得者，亦同：一、本人及其配偶、未成年子女前一年內自該營利事業獲得合計超過新臺幣十五萬元之財產上利益，或持有該營利事業百分之五以上之股權。
二、本人及其配偶、子女、父母、祖父母、孫子女或兄弟姊妹擔任該營利事業負責人、董事、監察人或經理人之職務。
簽辦、審議或核決研發成果管理或運用案件之人員，與被授權或讓與研發成果之營利事業間，有前條所定情事者，應自行迴避。
執行單位知悉研發成果創作人或簽辦、審議或核決研發成果管理或運用案件之人員，有前二條應自行迴避之情事而未迴避者，應命其迴避。
有應自行迴避之情事而未迴避者，利害關係人得向執行單位申請其迴避。
對於是否應予揭露資訊或迴避有爭議或疑義時，執行單位應召開審議會議審議，並應提供當事人陳述意見之機會。
因故意或重大過失未依本辦法規定揭露資訊或迴避者，本部應於一定期間內不予全部或一部補助。
依公職人員財產申報法第二條第一項所定應申報財產之人員，除應依本辦法規定處理外，並應遵行公職人員利益衝突迴避法之規定。
執行單位符合第七條規定，經本部查核其具有完善機制者，本部得同意其於一定期間及範圍，逕依第二十條至第二十三條之規定辦理專屬授權及大陸地區以外之境外實施後，再報本部備查。
執行單位應定期提報研發成果之管理及運用情形，並接受本部查核；本部得將查核結果，列為補助審查指標。
執行單位經本部查核未依規定切實辦理者，除通知限期改善外，必要時，本部得於一定期間內不予全部或一部補助。
本部對於國有研發成果及其收入，應負責管理及運用；必要時，得委託、委任執行單位或其他機關（構）、專業法人或團體辦理。
執行單位依本辦法規定運用其研發成果前，應依公開程序將其研發成果公告。
但契約另有約定、報本部同意或法令另有規定者，不在此限。
執行單位依前項規定辦理公告時，應以刊登網際網路或全國性報紙、函告業界相關公會、辦理研發成果說明會或其他公開方式為之。
前項研發成果說明會得依下列方式擇一辦理，執行單位得錄製會議情況，上傳於網際網路、衛星廣播等其他媒體：一、實體會議。
二、實體會議結合網路視訊併行舉辦。
執行單位運用其研發成果時，得參考下列因素計價：一、商品化後之市場潛力及競爭性。
二、替代之技術來源。
三、業界接受能力。
四、研究開發費用及潛在接受研發成果對象多寡。
五、市場價值。
六、其他相關因素。
執行單位辦理其研發成果授權時，應以非專屬授權方式為之。
但有下列情形之一者，執行單位報本部同意後，得以專屬授權方式為之，並於專屬授權後，報本部備查：一、研發成果尚未達量產階段，需被授權人投入鉅額資金或提供重要發明專利，繼續開發或加以製成商品銷售。
二、研發成果至產品上市需經長期實驗，且需依法律規定取得許可。
三、有利於整體產業發展及公共利益。
四、產學合作計畫之產業合作對象出資達計畫總經費百分之三十以上，且契約有約定，該合作對象得優先取得五年以內之專屬授權。
執行單位對於其研發成果之授權實施地域、時間、內容及方式，必要時，得予以限制。
第一項第四款優先專屬授權，產業合作對象應於產學合作計畫執行結束後半年內向執行單位申請；屆期未申請者，執行單位應以書面通知其限期說明；屆期未說明者，執行單位得逕行授權其他業者實施。
第四章研發成果收入之運用及分配
非國有研發成果經本部認定對國民健康有重大影響者，其執行單位應報本部同意後，始得依前條規定辦理授權；授權實施之地域，應以國內為優先。
執行單位辦理其研發成果讓與或授權時，應以公平、公開及有償方式為之，並應於國內製造或使用；再為讓與或授權時，亦同。
但以其他方式為之更具效益或符合公共利益，且報經本部同意者，不在此限。
第五章研發成果之維護
執行單位報本部同意後，得依下列原則，與其他國家或地區之人民、企業、機關（構），就其研發成果進行交互授權：一、平等互惠。
二、交互授權取得之標的有助於提升我國產業技術水準或增進經濟利益。
執行單位依前項國際交互授權取得之標的，其運用及收入，應依本辦法相關規定辦理。
執行單位基於公益目的，報本部同意後，得將其研發成果於五年內，無償授權實施。
前項授權期限屆滿，仍有無償授權之必要者，得依前項規定辦理。
前二項情形，被授權人不得再授權。
研發成果符合第二十條第一項各款情形之一，且以讓與方式較能有效運用者，執行單位報本部同意後，得將其研發成果有償讓與被專屬授權者。
執行單位為促進整體產業發展，報本部同意後，得將其研發成果無償讓與具有運用能力之學術或研究機構。
執行單位應與前項受讓人約定依本辦法之規定管理、運用其研發成果，且其收入，應依第三十條或第三十一條規定辦理。
第六章附則
執行單位不得自行將其研發成果製成商品銷售。
但有下列情形之一，且報本部同意者，不在此限：一、研發成果商品化有助於整體產業發展。
二、經執行單位公告後一定期間，無國內業者願意製造銷售。
三、本部為因應產業緊急狀況或國家安全等因素，有製造銷售之必要。
執行單位之研發成果製成商品銷售，應自行評估其研發成果價值，並納入成本估算。
前項研發成果收入應依第三十條規定繳交本部，或依第三十一條規定分配。
國有研發成果之授權，其涉及國外對象，且於國外製造或使用者，應符合下列條件之一，並報本部同意後，始得為之；再為授權或讓與時，亦同：一、授權當時國內無具承接意願之對象。
二、國內無具完全承接能力之對象。
三、不影響國內廠商競爭力、國內技術發展、國民健康、環境生態或其他公共利益。
四、授權國外對象將更有利於國家整體發展。
國有研發成果之被授權人，非經本部同意，不得再授權他人。
執行單位因管理及運用其非國有研發成果之收入，應依下列規定辦理：一、執行單位為公、私立學校、公立研究機關（構）者，應將其研發成果收入之百分之二十繳交本部。
二、前款以外之執行單位，應將其研發成果收入之百分之四十繳交本部。
三、前二款規定以外之比率繳交，更符合本法訂定目的者，得於契約約定繳交比率。
四、執行單位應將其研發成果收入，分配一定比率予研發成果創作人，作為獎勵。
本部補助、委託或出資金額占計畫總經費百分之五十以下者，前項第一款、第二款繳交比率，得由本部與執行單位以契約約定之。
依前二項規定繳交本部之收入，得以授權金、權利金、衍生利益、價金、股權或其他權益繳交之。
研發成果作價投資所獲得之收入，執行單位應連同研發成果創作人所獲得之部分，就其全額依本條或第三十一條規定比率一併繳交本部。
國有研發成果之運用者，應將其收入百分之六十繳交國家科學技術發展基金保管運用；其由本部運用者，百分之四十分配予研發成果創作人及其他有關人員；非由本部運用者，百分之四十分配予研發成果創作人及執行單位。
本部接受其他政府機關資助所產生國有研發成果之收入，應依資助機關之規定比率上繳資助機關，另歸屬本部之收入，百分之四十分配予研發成果創作人及其他有關人員後，餘額繳交國家科學技術發展基金管理運用。
執行單位管理及運用其研發成果及其收入時，應自行負擔下列費用：一、維護及確保之費用。
二、推廣及管理之費用。
三、申請智慧財產權之費用。
四、其他相關費用。
國有研發成果公告後五年未商品化或實際運用者，本部得公告讓與；三個月內無人請求受讓時，得終止繳納與智慧財產權相關之維護費用。
執行單位應定期向本部報告其研發成果及其收入之管理及運用情形，並提供相關資料。
本部及政府審計人員為監督研發成果及其收入之管理及運用，得辦理實地查訪；負責管理及運用者不得規避、妨礙或拒絕。
非國有研發成果，有下列情形之一者，本部得自行或依申請，要求執行單位將其研發成果授權他人，或於必要時收歸國有：一、研發成果之所有權人、其受讓人或專屬被授權人，於合理期間無正當理由未有效管理及運用研發成果及其收入；或曾有申請人於該期間內以合理之商業條件請求授權，未能達成協議。
二、研發成果之所有權人、其受讓人或專屬被授權人，其管理及運用方式妨害環境保護、公共安全或公共衛生，情節重大。
三、收歸國有可增進國家重大利益。
本部依前項規定處理前，應通知研發成果之所有權人、其受讓人或專屬被授權人，限期三個月內為必要之說明；屆期未說明者，本部得逕為處理。
本部依第一項規定將研發成果授權他人實施時，被授權人應支付合理對價予該研發成果之所有權人。
本部依第一項規定將研發成果授權他人實施或收歸國有者，其行使之要件及程序，應以書面契約約定之。
本部以非科技計畫預算補助、委託、出資、或自行進行計畫所產生之科技研發成果，其歸屬、管理及運用，準用本辦法之規定。