本辦法依犯罪被害人保護法（以下簡稱本法）第二十九條第二項規定訂定之。
依本法第二十九條第一項成立之犯罪被害人保護機構（以下簡稱保護機構），得視業務需要，經法務部核准後設分會。
保護機構本會統籌規劃年度工作計畫、董事會決議辦理事項與法務部交辦專案，及督導各分會。
保護機構辦理下列事項：一、緊急之生理、心理醫療及安置之協助。
二、偵查、審判中及審判後之協助。
三、申請補償、社會救助及民事求償等之協助。
四、調查犯罪行為人或依法應負賠償責任之人財產之協助。
五、安全保護之協助。
六、生理心理治療、生活重建及職業訓練。
七、被害人保護之宣導。
八、其他之協助。
法務部監督保護機構之範圍，應包括下列各項：一、設立許可事項。
二、組織管理、運作及設施狀況。
三、年度工作計畫及重大措施。
四、財產基金孳息保管運用情形。
五、經費預決算及財務狀況。
六、業務狀況。
七、其他依法令應受監督之事項。
保護機構依其捐助及組織章程授權訂定之各項辦法，其訂定修正及廢止，應報法務部核定。
保護機構設董事會，置董事十一人至二十五人，由法務部就下列人員遴聘之：一、分會之主任委員。
二、有關機關、團體主管人員。
三、對犯罪被害人保護工作有研究或經驗之學者或實務工作者。
四、社會公正或熱心公益人士。
依前項第三款遴聘之董事不得少於董事會成員五分之一。
保護機構置董事長一人，由臺灣高等法院檢察署檢察長擔任，綜理業務，對外代表保護機構。
董事會職權如下：一、章程變更之擬議。
二、工作計畫之審核及推動。
三、捐助財產之保管及運用。
四、經費之籌措、管理及運用。
五、年度預算及決算之審定。
六、財產之管理及運用。
七、內部組織之訂定及管理八、保護機構之解散或合併。
九、重要規章之訂定。
十、其他重大事項之決定。
董事會得設常務董事會，置常務董事七至九人，除董事長為當然常務董事外，餘由董事互選之。
常務董事會執行董事會之決議及其他日常業務運作事項。
董事會每半年開會一次。
董事長認有必要，或經現任董事總額三分之一以上之書面提議，得召集臨時會。
董事會由董事長召集並擔任主席。
董事長因故不能召集或主持會議時，應指定常務董事一人代理之。
董事長不能或不為指定時，由常務董事互推一人為之。
董事會之決議，應有過半數以上董事出席及出席董事過半數之同意。
但下列事項之決議，應有三分之二以上董事出席及出席董事過半數之同意，並應報請法務部核准：一、章程之變更；如有民法第六十二條、第六十三條情形並應經法院為必要之處分。
二、不動產之處分或設定負擔、權利之重大處分或設定負擔。
三、保護機構之解散或合併。
四、捐助財產之動支。
前項各款討論事項，應於開會十日前，將相關資料分送全體董事及法務部。
法務部應派員出席，並得於表決前參與討論。
保護機構為因應業務需要，經董事會決議，得聘請顧問若干人。
保護機構置監察人三人，其中一人為常務監察人，由法務部就第六條第一項第二款至第四款人員遴聘之。
監察人掌理捐助財產、存款之稽核，財務狀況之監督及決算表冊之查核等事項。
常務監察人應列席董事會。
保護機構之董事及監察人均為無給職，任期三年，期滿得連任。
前項連任之董事人數不得逾改聘董事總人數三分之二。
但因業務特殊需要，經法務部核准者，不在此限。
前項董事係由公務人員兼任，應隨本職異動者，不計入連任董事人數。
董事、監察人任期屆滿前，因辭職、死亡或因故無法執行職務被解任者，得由保護機構報請法務部另聘（選）其他人選繼任，至該任期屆滿為止。
保護機構置執行長一人，承董事長之命，辦理日常業務。
由董事長提名，經董事會同意後聘任之；解任時，亦同。
置工作人員若干人，均由董事長選聘適當人員擔任之。
保護機構設有分會者，得設委員會，置委員九人至二十三人，無給職，其中一人為主任委員，由保護機構就第六條第一項第二款至第四款人員遴聘任之。
依第六條第一項第三款遴聘之委員，不得少於委員會成員總數六分之一。
委員會委員任期三年，連聘得連任。
但主任委員連任以一次為限。
主任委員綜理分會業務，對外代表分會。
第一項委員任期未屆滿前，有辭職、死亡、不適任、因故無法執行職務或機關、團體代表本職異動時，由保護機構另行遴聘適當人員補足原任期。
所遺原任期逾二年者，並視為一任。
分會得置榮譽主任委員一人，無給職，協助處理分會業務，由保護機構就第六條第一項第二款至第四款人員遴聘之。
任期三年，連聘得連任。
榮譽主任委員任期未屆滿前，有辭職、死亡、不適任、因故無法執行職務或機關、團體代表本職異動時，由保護機構另行遴聘適當人員補足原任期。
分會者置工作人員若干人，由董事長選聘適當人士擔任之。
保護機構及其分會人員得專任或兼任。
專任人員之進用、解聘、服務、待遇、撫卹、福利及考績等人事事項，由保護機構訂定，經報請法務部核定後實施。
保護機構之會計年度採曆年制。
保護機構應按月或按期將保護業務成果及會計報告報請法務部備查。
保護機構應於每年於七月三十一日前，訂定次年度之工作計畫，編列預算，提經董事會通過後，報請法務部備查。
並於年度結束後，編製上年度工作成果併同監察人查核後之收支決算及財產清冊，於四月三十日前報請法務部備查。
保護機構經法院登記財產總額之財產，其種類、數量（額）如有變動者，應報經法務部許可後行之。
保護機構之決算依法報請法務部備查時，如有涉及財產總額變更者，應於董事會決議之日起三十日內，報請法務部許可，並於收受許可文件之日起三十日內，向該管法院為變更登記。
前項所稱財產總額之變更，於財產種類為有價證券者，係於有價證券經實現時，所生溢價或折價入帳情形。
其他種類之財產，依相關法令認定之。
為查察實際財產總額與法院登記財產總額是否相符，法務部於必要時，得通知保護機構提供有關證明文件或派員查察。
保護機構應以捐助財產孳息及成立後所得辦理各項保護業務，捐助財產非經董事會決議及法務部許可，不得動支或處分。
保護機構之財產，應以保護機構名義登記或專戶儲存，不得存放或貸與董事、其他個人或非金融機構，並不得有分配盈餘之行為。
法務部得命保護機構就其各項業務、會計及財產相關事項，提出口頭或書面報告，並得就第四條所定監督事項，每年定期或不定期派員檢查。
法務部為前項檢查時，得視需要，聘請專業人士協助或會同內政部共同實施。
法務部應要求保護機構每年三月前提出年度績效目標，並於次年五月三十一日前辦理該年度績效評估作業。
前項績效目標應於年度工作計畫中敘明，並經法務部備查。
前項績效評估結果，得作為人事調整及補（捐）助之參考。
保護機構有下列情形之一者，法務部得令其限期改善，屆期仍不改善者，得廢止其許可：一、業務項目、管理或運作方式與設立目的不符者。
二、保護業務成果、會計報告、工作計畫、預算、工作成果、收支決算及財產清冊未依第十九條第二項或第三項規定期限送法務部備查者。
三、違反第二十一條第一項規定，動支或處分捐助財產者。
四、未依第二十一條第二項規定，辦理捐助財產之登記或儲存者，或有同條項之禁止行為者。
五、妨礙、規避或拒絕法務部依第二十二條第一項規定所為之檢查者。
六、經費收支無詳實之記載，或不保存收支原始憑證，致無法查核者。
七、隱匿財產或對於業務、財務為不實之記錄、陳報者。
八、以捐助財產孳息及成立後所得，為非法或不正當之支出或開支浮濫者。
九、其他違反本辦法及捐助章程之規定者。
保護機構經法務部依前項各款規定廢止其許可者、經董事會依捐助章程為解散之擬議並經核准者，法務部應同時依民法第四十二條第二項規定通知法院逕為解散登記並進行清算，並副知保護機構所在地稅捐稽徵機關。
保護機構解散，經依法清算後賸餘之財產，應歸屬法務部指定之機關或公益團體。