本辦法依國家情報工作法（以下簡稱本法）第二十二條第四項規定訂定之。
本辦法用詞定義如下：一、反制間諜工作：指情報機關為防止所屬情報人員或情報協助人員遭到外國或敵對勢力之接觸、吸收或利用，所採取之監督、檢查、調查及反爭取運用等作為。
二、違常人員：指情報機關所屬情報人員及情報協助人員，涉嫌被外國或敵對勢力接觸、吸收、利用者。
情報機關應指定專責單位或人員負責反制間諜工作，並報送主管機關備查。
主管機關督察部門負責統合指導、協調及支援情報機關反制間諜工作。
情報機關對違常人員之監督或檢查，得經機關首長核准，以下列方式執行之：一、運用人員蒐證。
二、對內部監督機具設備實施內容檢查。
三、對其辦公處所內之機具、電腦、資訊儲存媒體、辦公桌、公文櫃及保險櫃等公務設備或因職務關係持有之文書實施安全檢查。
四、要求誠實報告與澄清其所涉之違常事項。
五、比對出入境行程資料。
六、經評估應採取之其他監督或檢查，但其方式應遵守相關法令規定。
對情報協助人員實施前項各款之監督或檢查，應由其聯繫指導單位執行之。
情報機關執行第一項之監督或檢查時，應在能達成目的狀況下，選擇侵害最少的方式為之。
情報機關之人員蒐獲機關所屬人員涉及與外國或敵對勢力接觸、吸收或利用之相關情資時，應立即送交依第三條第一項指定之專責單位或人員處理，不得隱匿、自行處理或告知涉嫌人及專責以外之人。
情報機關對違常人員有監察其通訊之必要時，應依通訊保障及監察法之規定，實施通訊監察。
情報機關得以儀器檢測方式，對違常人員進行監督與調查。
前項儀器檢測內容，以下列事項為限：一、有無受外國或敵對勢力接觸、吸收、利用情事。
二、有無涉及違反情報工作紀律或相關法令情事。
三、有無財務收支異常或收受不正當利益情事。
四、其他與情報工作有關事項。
情報機關對違常人員採取之反制間諜工作，應經機關首長核定後，以秘密方式為之。
情報機關發覺違常人員涉嫌間諜行為時，得經機關首長核准，向其他政府機關（構）、單位調閱其相關個人資料。
前項取得之資訊，非經各該情報機關以書面同意，不得公開之。
情報機關依前條調閱之個人資料，不得作調閱目的以外之運用。
情報機關對於前項調閱之個人資料之保護、管理及銷毀等，應訂定相關作業規範。
情報機關調查發現有違常人員涉嫌間諜行為之相關證據時，應評估案情對國家安全或利益之影響程度，依下列方式處理之：一、無立即明顯之影響者，應即將案件函請司（軍）法機關偵辦，並報請主管機關核備。
二、具有國家機密保護法施行細則第五條至第七條各款所列之情形者，得評估案情，由情報機關自行決定是否依第十二條之規定，對涉嫌者實施反爭取運用，並應適時進行損害控管。
情報機關實施反制間諜工作，發覺涉及非本機關人員時，應報請主管機關協調處理。
情報機關對涉嫌間諜行為之違常人員實施反爭取運用，應檢附反爭取運用計畫書，函請主管機關核可後，始得辦理之。
前項反爭取運用計畫書，應記載下列事項：一、專案名稱。
二、案情。
三、有關人員之基本背景資料。
四、反爭取運用方式、途徑、期間。
第一項情形，主管機關於審定核可前，應報告國家安全會議秘書長，並經最高法院檢察署檢察總長或最高軍事法院檢察署檢察長同意。
反爭取運用提出經主管機關核可後，涉嫌間諜行為之違常人員有下列情形之一者，情報機關應立即將案件移送司（軍）法機關偵辦：一、無配合意願。
二、有逃亡或自裁之意圖。
三、隱瞞案情。
四、消極抗拒。
五、無具體成效。
情報機關依前項規定移送案件前，應將預備移送之對象及內容報請主管機關核備後，始得為之。
前二項情形在主管機關尚未回覆同意前，情報機關對涉嫌間諜行為之違常人員出境申請，不得核准，並應採取適當措施避免逃亡，必要時得於通報主管機關後，函請司（軍）法機關依法採取出境管制處分。
情報人員因從事反制間諜工作，致受傷、失能、失蹤、死亡、喪失人身自由或涉訟時，其醫療費補助、慰撫金、撫卹金、補償金及慰問金等，適用本法第二十四條及其所授權訂定之相關辦法。