本辦法依國家情報工作法（以下稱本法）第二十八條第五項規定訂定之。
本辦法適用機關，指本法第三條第一項第一款及第二項所稱情報機關。
各情報機關首長應指定所屬之保防、督察、政風或其他同性質單位，負責綜理本辦法所訂查核事項。
各情報機關所屬其他機關（構）、單位，應配合執行本辦法所訂安全查核事項。
安全查核之對象如下（以下稱受查核人）：一、情報機關所屬情報人員。
二、本法第三條第二項所稱視同情報機關，其主管有關國家情報事項範圍內之人員。
三、情報人員任用考試榜示後錄取人員。
四、情報機關規劃任用之情報人員及情報協助人員；規劃任用之情報協助人員於必要時，始進行安全查核。
五、派任、配屬或支援本機關，而有接觸本機關之國家機密、軍事機密或國防秘密者。
各情報機關得於必要時，查核前項受查核人之配偶、直系血親或同財共居之人員等有關資訊。
有下列情事之一，經機關首長核定，免予辦理安全查核作業而接觸國家機密、軍事機密或國防秘密：一、機關委任之律師，於提供法律訴訟服務時，確有接觸機密資訊必要，並簽訂保密契約，願確遵國家機密保護法等相關法令者。
二、其他緊急情況下，有充分證明在有限時間內，確實無法遵循本辦法完成安全查核，並經權責長官核定授權者。
安全查核判斷基準項目如下：一、對國家忠誠度。
二、受外國勢力影響。
三、品德、懲戒、行政懲處及犯罪資訊。
四、經濟狀況及財務資訊。
五、身體狀況資訊。
六、違反安全事件資訊。
各情報機關得就前項所列項目，蒐集受查核人下列資訊：一、國籍、戶籍資訊。
二、刑事案件資訊。
三、行政懲戒或懲處資訊。
四、品德素行及內部考核資訊。
五、財稅、信用卡、銀行存款、債務及匯款紀錄等財務資訊。
六、醫療紀錄資訊。
七、心理測驗、科學儀器檢測資訊。
八、其他為確保情報工作安全之資訊。
前條第一項第一款對國家忠誠度事項之判斷基準如下：一、有安全上之顧慮，而應為不通過查核之情形：（一）涉及任何破壞、間諜、叛亂、恐怖主義、煽動等活動或其他以推翻政府更改政體為目的之行動。
（二）與鼓吹以武力、暴力手段推翻政府之人士或組織交往或對其表示贊同。
（三）擁有或現正申請外國國籍或永久居留權者。
（四）曾擁有外國國籍或居留權，未能或不配合出示書面放棄紀錄。
（五）持有或使用外國護照。
（六）非因公務原因，在臺無戶籍資料。
（七）在職期間非因公務，曾透過第三地進出大陸地區（含香港、澳門），而未據實填報。
（八）擁有大陸當局發予之臺胞證，未主動填報。
二、可能降低安全顧慮而得排除前款各目之情況如下：（一）不知悉個人或組織之不法目的，並於明瞭該目的後即與之斷絕關係者。
（二）涉及部分僅限於該等組織之合法或人道方面之行動。
（三）涉及前述活動之時間短暫且係出於好奇心之驅使或學術上之興趣。
（四）已放棄外國公民身分或居留權者。
（五）第一款各目所列行為，受查核人已主動據實陳報且簽奉核准者。
第六條第一項第二款受外國勢力影響事項之判斷基準如下：一、有安全上之顧慮，而應為不通過查核之情形：（一）一親等血親、配偶或同財共居之人，係外（籍）國人士或長期居住在國外。
（二）一親等血親、配偶或同財共居之人為大陸人士或長期居住在大陸地區。
（三）未依規定報告或未據實填報與外（籍）國人士或大陸人士往來之事實。
（四）與外（籍）國人士或大陸人士有不明原因之金錢或利益往來。
（五）與外國或大陸情報單位之人員或勾結者，有未經授權之往來或曾接受就學、生活上資助。
（六）涉嫌或已證實為外國或大陸情報單位運用者。
二、可能降低安全顧慮而得排除前款各目之情況如下：（一）認定受查核人之一親等血親、配偶或同財共居之人員係外國或大陸公民或長期居住在國外或大陸地區，惟不構成不可接受之安全風險者。
（二）與外（籍）國人士或大陸人士之接觸，係因公務需要所致。
（三）與外（籍）國人士或大陸人士之接觸，係非正式且不頻繁，且均據實陳報。
（四）往來之金錢利益極微，不足以影響人員安全風險者。
（五）已依規定即時向有關單位報告一切來自外國或大陸人士或組織之接觸、要求或脅迫。
第六條第一項第三款品德、懲戒、行政懲處及犯罪資訊事項之判斷基準如下：一、有安全上之顧慮，而應為不通過查核之情形：（一）觸犯一切非告訴乃論之罪，經法院判決有罪或施以保安處分確定。
（二）有被宣告「累犯」之犯罪紀錄。
（三）涉及內亂、外患、瀆職、偽造、煙毒、槍械、強制性交或違反國家機密保護法等犯罪，經被判決確定。
（四）受公務員懲戒委員會處以記過以上之懲戒處分確定。
（五）因偷竊、貪瀆、誣控、匿名或冒名檢控、舞弊、性騷擾、脅迫等品德問題，受記大過以上之處分。
二、可能降低安全顧慮而得排除前款各目之情況如下：（一）犯罪行為係單一事件。
（二）犯罪紀錄已逾五年。
（三）懲戒或懲處紀錄已逾三年或係連帶處分者。
（四）機關曾針對受查核人被懲戒、行政懲處及犯罪之行為，施以相當期間之教育，認為已無再犯之虞。
（五）違反保密或資訊安全等規定，係因訓練不當或不瞭解所致。
第六條第一項第四款經濟狀況及財務資訊事項之判斷基準如下：一、有安全上之顧慮，而應為不通過查核之情形：（一）曾有無法償付金錢債務之前例。
（二）無力或不願償還債務。
（三）對薪資以外之金錢或財物來源無法解釋。
（四）與賭博、濫用藥物、酒精中毒或其他有安全顧慮之問題有關之財務問題。
二、可能降低安全顧慮而得排除前款各目之情況如下：（一）無法償付金錢債務，係因家庭成員發生重大疾病、死亡及其他受查核人所能控制之情況。
（二）行為已超過二年。
（三）薪資以外之金錢或財物來源，係屬正當。
（四）已對債權人提出合理之償債計畫。
第六條第一項第五款身體狀況資訊事項之判斷基準如下：一、有安全上之顧慮，而應為不通過查核之情形：（一）經公立醫院專業心理醫師診斷後，認受查核人有異常狀況，可能造成其心理、社交上及職業上之功能障礙。
（二）經公立醫院專業心理醫師診斷後，具有高風險、不負責任、具攻擊性、反社會或情緒不穩之行為模式。
（三）經所隸單位主管考核證實，受查核人目前之行為表現，其判斷力或可靠度有安全上之顧慮。
（四）經合格醫療專業人員診斷有酒精中毒問題，而無法戒斷者。
（五）經合格醫療專業人員診斷有酒精濫用或酒精依賴之問題，已達到損害個人判斷能力者。
（六）工作或任務報到時，處於酒醉或衰弱狀態而使工作任務無法執行或成效不彰者。
（七）濫用管制藥品或施用毒品之情形。
二、可能降低安全顧慮而得排除前款各目之情況如下：（一）經合格心理衛生專業人員診斷後，認受查核人先前之情緒、心理或人格異常病症已治癒或減輕，且復發或加重之或然率極低。
（二）過去之情緒異常僅係暫時狀況如因死亡、疾病或婚姻破裂所造成者，狀況已經解決，且受查核人之情緒不再有不穩定之情況。
（三）經診斷有酒精濫用或酒精依賴之問題後，已成功完成住院或門診復健及事後護理之要求，戒酒至少已達12個月以上，且由合格醫療專業人員診斷其癒後情形良好。
（四）有事實足以證明，濫用管制藥品或施用毒品係單一事件，且經審酌一切情狀，認有寬宥之必要。
第六條第一項第六款違反安全事件資訊事項之判斷基準如下：一、有安全上之顧慮，而應為不通過查核之情形：（一）未經核准洩漏公務機密資訊。
（二）蓄意或多次過失而引起之違反保密安全事件。
（三）非法或進入未經授權之任何資訊系統。
（四）違反機關資訊保密安全規定，情節重大或造成嚴重損害者。
（五）非法或更改、銷毀、利用或拒絕他人存取儲存於資訊技術系統之資訊。
二、可能降低安全顧慮而得排除前款各目之情況如下：（一）過失且係單一事件。
（二）因訓練不當或不瞭解所致。
（三）犯後表現積極改進之態度，且經證實無再犯之虞者。
（四）資訊媒體不當使用之情形，非故意或係無意，且係單一事件或情節輕微者。
（五）軟體程式之灌入或移除係經授權者。
本辦法所稱定期查核，指受查核人於任用後，因其業務職掌範圍或執行專案任務，有接觸國家機密、軍事機密或國防秘密事項者，依機密等級之區分，而辦理之定期性安全查核。
前項定期查核之種類及接密權限區分如下：一、甲種查核：得接觸國家機密、軍事機密或國防秘密屬「絕對機密」等級資訊之權限。
二、乙種查核：得接觸國家機密、軍事機密或國防秘密屬「極機密」等級資訊之權限。
三、丙種查核：得接觸國家機密、軍事機密或國防秘密屬「機密」等級資訊之權限。
第四條第一項所列之人員，其未任用或接觸前之安全查核，依丙種查核基準辦理；任用或接觸後依其實際接觸國家機密、軍事機密或國防秘密程度，另行辦理相對等級之查核。
各類查核之審查資料涵蓋期限如下：一、甲種查核：自送查之日起算前十年所有查核項目資訊。
二、乙種查核：自送查之日起算前七年所有查核項目資訊。
三、丙種查核：自送查之日起算前五年所有查核項目資訊。
受查核人與大陸地區關係之相關資料，不受前項期限之限制。
查核機關得擇下列方式，獲取查核作業所需資料或驗證受查核所填報之資料：一、調取機關內部或受查核人原任職機關對受查核人既有之個人資料。
二、向資料業管機關或法人團體函調相關資料。
三、得通知受查核人或關係人，就查核內容陳述意見，並得要求其提示關係人、佐證人或提供必要之資訊或物品。
四、對查核人施以科學儀器檢測或心理測驗。
前項第一款至第三款之情形，應以書面為之。
但因安全查核之急迫性或為確保情報工作人員之安全，得以化名、代號等方式行之。
查核作業所獲取之資料，非經提供機關或法人團體書面同意，不得公開。
第一項第四款所訂之科學儀器檢測、心理測驗之結論無法評估時，應重行或送請其他專業機關檢測，但同一次查核作業中，重行或送請其他專業機關檢測，以二次為限。
受查核人在前次查核效力存續期間，有以下情事之一，得實施不定期之安全查核：一、職務異動、升等、晉升或將派赴專案任務者。
二、預備將受查核人之接密等級提升。
三、受查核人結婚前，或發覺受查核人有與非親屬間發生同財共居之情形者。
四、發現受查核人有第七條至第十二條所列安全顧慮情事。
五、發生或可能發生洩漏國家機密、軍事機密或國防秘密，或情報人員重大違法案件時，各情報機關首長或其授權之人，認有針對特定受查核人，實施不定期之安全查核者。
六、受查核人定期、不定期實施之心理測驗或科學儀器檢測結果，有異常反應者。
七、其他特殊情形。
前項不定期安全查核事項，應由情報機關首長或其授權之人，以書面核定後實施。
情報機關辦理安全查核，應本公平、公正之立場，對受查核人有利或不利事項一律注意。
安全查核結果，應以書面報請機關首長或其授權之人於三十日內核定之，並於核定後三日內，通知受查核人；必要時，得於辦理期限屆滿之日起算，延長二十日，但以一次為限。
依第十三條所辦理之查核，其結果及效力如下：一、認有第七條至第十二條所列之安全顧慮者，應判定該次查核不通過，受查核人為本機關人員者，自接獲通知之日起不得接觸國家機密、軍事機密及國防秘密；非本機關人員者，不予分配訓練、任用或使其接觸國家機密、軍事機密及國防秘密，已在訓練中者，不予及格。
二、無第七條至第十二條所列之安全顧慮者，應判定該次查核通過，受查核人為本機關人員者，自核定之日起，得接觸國家機密、軍事機密及國防秘密，效期依甲、乙、丙三種查核，各為一年、三年、五年。
依第十六條所辦理之查核，其結果及效力如下：一、認有第七條至第十二條所列之安全顧慮者，應判定該次查核不通過，前所通過之查核結果予以註銷，受查核人自核定通知之日起，不得接觸國家機密、軍事機密及國防秘密。
二、無第七條至第十二條所列之安全顧慮者，應判定該次查核通過，前所通過之查核結果及所生之接觸國家機密、軍事機密及國防秘密權限及效期，均予維持。
拒絕配合填具查核作業所需之申請表格，且經約訪無法提出拒絕填表之正當理由或拒絕約訪，該次查核得逕判予不通過。
依第十五條第一項第四款之科學儀器檢測或心理測驗施測結果，認受查核人有判斷基準所列之安全顧慮或施測結果無法判定時，得由機關首長佐以受查核人其他查核資料，判定是否通過查核。
受查核人拒絕查核機關依第十五條第一項第四款而施作之科學儀器檢測或心理測驗者，得逕判該次查核不通過。
受查核人涉有施用毒品、濫用管制藥品或酒精等嫌疑者，查核機關得要求受查核人開具同意書，配合提出公立醫院體檢報告，受查核人不願意配合者，得逕判該次查核不通過。
本辦法第四條第一項第三款至第五款所列人員，其安全查核判斷基準除適用第七條至第十二條外，若有下列情事者，應為不通過查核之判定：一、有本辦法第七條至第十二條所列兩種以上之安全顧慮。
二、有涉及國家安全或重大利益公務人員特殊查核辦法第三條第一項第四款至第八款所列情事者。
三、對本人、配偶或一親等血親在大陸地區之所得來源交代不清或隱瞞者。
四、對於在大陸地區期間之交友、求學、就業、財務或居住等歷程之交代不清或隱瞞者。
五、本人擁有、曾經擁有或現正申請大陸地區戶籍、護照或等同護照之其他證件者。
前項所列受查核人員曾赴大陸或港、澳地區停留長達三個月以上者，查核機關應要求受查核人就停留目的、活動範圍及接觸人員等事項，以書面詳實報告，並得要求受查核人提出相關佐證文書或查證路線，受查核人無正當理由而拒絕者，得逕判該次查核不通過。
受查核人於安全查核程序中所提供之資訊，經發覺重大事項有隱匿事實或為不實之陳述時，查核機關得以告知要項而不告知內容方式，給予一次重新陳述機會，受查核人因故意或重大過失，再有隱匿事實或為不實之陳述時，無論有否安全顧慮，該次查核應判予不通過。
安全查核被判定不通過者，自通知之日起一年內不得再申請辦理，但不通過之原因已消滅者，得檢具事證，不受限制。
查核效力期限屆滿前一個月，受查核人所屬單位主管，認受查核人有持續接觸相對等級之國家機密、軍事機密或國防秘密者，應重行辦理查核，查核內容依受查核人之接密等級區分之；未重行辦理者，迄有效期限屆滿之日起失其效力。
機關現職人員查核未獲通過原因為下列情形者，應限制其擔任情報工作之職務或採取必要之安全管制措施：一、受查核人之配偶、直系血親、結婚對象或同財共居之人，具外國或大陸地區情報人員或情報協助人員身分、現在或曾經擔任大陸地區黨務、軍事、行政或具政治性機關（構）團體之職務或為其委託機關（構）成員者。
二、在國家忠誠度或外國勢力影響之查核事項上，被判定有安全顧慮。
三、經科學儀器檢測，並有其他事實佐證，認以往情報工作歷程涉及違法或不當情事，有影響未來情報工作之安全顧慮者。
受查核人對安全查核結果認有與事實不符，致影響其個人權益者，應於查核結果之通知達到十日內，以書面向所隸情報機關陳述意見或申辯。
受查核人之陳述意見或申辯書，應載明下列事項，並由受查核人簽名蓋章：一、受查核人之姓名、出生年月日、性別、住居所、國民身分證統一編號，有代理人者，亦同。
二、陳述意見或申辯事項。
三、事實及理由。
四、證據。
其為文書者，應填具影本或繕本。
五、提起之年月日。
發現新事實、新證據，認有變更受查核人之安全查核結果者，應簽奉機關首長或其授權之人核定後，重行辦理安全查核，並採取必要之安全管制措施。
情報機關接獲受查核人之書面陳述意見或申辯，經審查認有理由者，應於三十日內重行辦理安全查核。
重行辦理安全查核結果，與原查核結果不同時，應撤銷原查核結果或另為其他適當之決定，並通知受查核人。
因安全查核所得相關資訊，應依法保護之，由各情報機關依機關檔案方式管理。
為確保安全查核資訊之保密安全，各情報機關得設置安全查核檔案室，指定專責人員管理之。
安全查核所需各項表格，由主管機關會商各情報機關後定之。