各情報機關首長應指定所屬之保防、督察、政風或其他同性質單位（以下簡稱督察單位），負責綜理本辦法所定事項。
主管機關統合指導、協調、支援各情報機關督察單位或人員執行督察工作。
為執行前項工作，主管機關得召開國家情報督察工作協調會報。
督察單位承機關首長之工作指導及任務賦予，辦理反制間諜及有關情報工作之紀律、保密、安全查核等事項；其工作項目如下：一、足以影響國家安全或利益之資訊，所進行之蒐集、研析、處理及運用等之監督與查察。
二、用保防、偵防、安全管制等措施反制外國或敵對勢力對我國實行情報工作行為等之監督與查察。
三、情報人員身分、行動或通訊安全管制等事項之監督與查察。
四、有關涉及洩漏或交付國家情報應秘密資訊之調查或協助司（軍）法檢察機關之犯罪偵查事項。
五、其他與本機關及其他情報機關為有效遂行國家情報工作有關之安全稽核、協調配合等之監督與查察。
前項反制間諜及安全查核工作事項，另依相關法令辦理。
督察單位執行調查工作，應將涉及影響國家情報工作之可疑徵候及安全顧慮，簽奉機關首長核定後行之。
前項調查有重大影響國家情報工作遂行者，應同時報送主管機關核備。
調查程序發動前應訂定調查計畫，經簽奉機關首長核定後行之，其內容應包括下列事項：一、調查對象、重點、地點。
二、預訂進度。
三、調查要領。
四、調查步驟。
五、使用之器材工具及協助人力。
調查期間發現有涉及其他機關人員時，為瞭解事實及證據之必要，得協調其他情報機關督察單位或政風單位等協助辦理之；必要時，並得報請主管機關協調。
督察單位調查事實及證據時，適用行政程序法第三十六條至第四十三條有關「職權調查原則」、「自行提出證據及申請調查證據」、「調查證據之書面紀錄」、「相關之人到場陳述之通知」、「必要文書等提供之要求」、「鑑定人」、「勘驗」、「採證之法則」等相關規定辦理。
調查案件相關人員陳述意見，應全程錄影或錄音。
其陳述意見，得以書面或口頭為之，其以口頭為之者，督察或協助調查之人員，應將其陳述作成紀錄，並向陳述人朗讀或令其閱覽，陳述人對紀錄有異議者，應將其陳述附記於紀錄。
紀錄應令陳述人緊接其紀錄之末行簽名、蓋章或按指印，陳述人拒絕者，應記明理由。
調查案件得協調主管機關同意後，納編本機關或其他情報機關之人員組成專案小組，相關單位及人員應嚴守工作紀律並依法保密。
調查結果應以書面製作調查報告，並記載下列事項：一、案情摘要。
二、受調查人、關係人之姓名、出生年月日、性別、身分證統一編號、住居所及其他足資辨別之特徵。
三、調查情形。
四、研判分析。
五、檢討處置。
六、建議。
七、其他事項。
八、佐證資訊。
第四條第二項之案件調查結果，應彙整調查報告暨處置建議，經簽奉機關首長核定後，報送主管機關核備。
督察單位發現屬應秘密之資訊可能或已遭刺探、收集、洩漏、交付、毀棄、損壞或隱匿時，應即向機關首長報告，奉核定後通報主管機關及權責機關，採取必要之保護措施。
但該資訊涉及其他機關者，應即通知該機關。
調查後發現受調查人涉及犯罪嫌疑者，應將涉案人員及相關人、事、物證，移（函）送司（軍）法檢察機關依法處理；認屬違反行政法令者，應簽陳機關首長懲處或函請權責機關處理。
調查結果有公開之必要者，得簽奉權責長官核定後公開之。
但屬國家機密保護法第十二條第一項之事項，不得公開。
調查結果得製作教育宣導資訊。
但不得涉及工作模式，並應隱蔽相關人員之真實身分。
督察單位就本機關執行國家情報工作之事項，應定期實施督導考核，並於次年一月三十一日前，將督考成效報送主管機關備查。
主管機關認有必要時，得就情報督察事項，對各情報機關實施定期或不定期工作督訪。
執行或協助執行督察調查有功之人員，得視其確保國家情報工作安全之程度，依相關法令辦理獎勵。