本辦法之主管機關為國家安全局（以下簡稱本局）。
本辦法適用於以下本局人員於其職掌或業管範圍內有涉及國家安全之事項者：一、政務人員。
二、公務人員、雇員。
三、軍官、士官、士兵。
四、聘用、約僱人員。
五、駕駛、技工、工友。
六、借調人員。
前條第二項人員之護照應由本局第五處統一管理，定期或不定期辦理清查，並副知政風處及督察單位。
前項人員之出國管理及核准由本局自行辦理，其名冊不送內政部入出國及移民署列管。
但留職停薪人員，其名冊仍應送管。
前條第二項人員未經核准而出國者，依相關法令處罰。
本局涉及國家安全人員申請非公務出國之程序，依下列規定辦理：一、依「國家安全局涉及國家安全人員非公務出國申請表」格式填具出國起迄時間、地點、事由及休假狀況、業務代理人等（如附件一），併同「國家安全局員工休假管制卡」，先會辦督察單位後，再由申請人所屬單位於計畫出國二十日前函轉人事處簽處。
二、人事處先行完成申請人資格審核，簽請權責長官核准後，副知政風處，以完成入出國資料登錄及管考。
三、經奉核准出國者，人事處應於出國前十日，簽發申請人出國同意函，交申請人據以辦理出國手續。
如未經核准者，亦應於前述期限內，以書面通知申請人。
本局涉及國家安全人員留職停薪期間申請至大陸以外地區，應依「國家安全局涉及國家安全留職停薪人員出國申請表」格式填具出國起迄時間、地點、事由（如附件二）送請人事處簽處。
本局涉及國家安全人員申請公務出國之程序，依下列規定辦理：一、申請公務出國者，應由申請人所屬單位先行簽奉權責長官核准，由所屬單位函轉人事處簽發申請人出國同意函，交申請人據以辦理出國手續。
二、另有因執行特種勤務或情報任務等特殊情形者，申請人所屬單位得逕行簽陳局長核定辦理出國手續。
經申請核准非公務出國者，須依核定之時間、地點出入國，不得擅自變更；出國前因故須變更日期、地點，應先提出申請，由所屬單位函轉人事處簽處。
前項申請人於出國後，因故須變更地點或返國日期者，除情況緊急不及報備外，應先告知單位主管，並於返國後三個工作日內，補提申請報告，由所屬單位函轉人事處簽處，並副知第五處及督察單位。
本局涉及國家安全人員除依「臺灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可辦法」申請許可外，不得進入或經由第三地私自轉往大陸地區及香港、澳門，如因不可抗力因素，必須過境者，返國後應於「歸詢表」中（格式如附件三）詳述事由，並送政風處及督察單位審查。