本辦法依國家情報工作法（以下簡稱本法）第十三條規定訂定之。
內政部應配合下列事項：一、情報人員及情報協助人員執行工作所需之戶籍、兵籍、身分證明文件之申請、製作、登錄、塗銷及管理事項。
二、情報人員及情報協助人員執行工作所需入出境配合事項。
三、在臺無戶籍之失事情報人員與情報協助人員有失事之虞者之入出境及居留等配合事項。
其配偶及直系親屬亦同。
四、執行情報工作所需特種裝備器材及物品安檢事項。
五、提供大陸地區人民來臺定居、居留、停留及入出境紀錄等相關資訊。
六、提供情報工作所需戶政、役政及入出境資訊。
七、刑案資料查詢。
外交部應配合下列事項：一、提供所屬駐外機構工作人員之適當名義，以利派遣運用。
二、情報人員及情報協助人員執行情報工作所需之各類護照之製作、核發及註銷事項。
三、提供情報人員及情報協助人員於駐在國遭遇緊急事件之必要協助。
四、影響我國家安全或利益之外國勢力人員人資及相關協助。
五、提供保密通信作業人員身分掩護及特種裝備器材運送事項。
六、辦理新型保密通信系統測試相關事項。
七、協助情報人員、情報協助人員及國際情報合作友人辦理簽證事項。
八、協助國家安全局辦理駐外單位人員相關經費轉匯事宜。
國防部應配合下列事項：一、有關現役及後備軍人資訊查詢事項。
二、執行各類型保密通信系統測試相關事項。
三、情報人員及情報協助人員執行情報工作所需之退伍令、於軍中取得之學歷、經歷及考核等相關證明文件之製作、登錄、核發及註銷事項。
四、辦理情報人員及情報協助人員訓練事項。
五、協助情報機關辦理情報工作所需特種裝備器材及物品通關提領事項。
六、軍事情報機構組織編裝及人員資料保密事項。
七、依陸海空軍軍官士官服役條例支領月退休俸之人員，因本法第二十四條及第二十五條原因致喪失人身自由期間，其原支（兼）領月退休俸專案由其親屬代領事項。
八、提供規劃任用情報人員之家庭狀況、社會關係、品德素行、工作考核及其他安全查核等相關資料。
九、依相關法令規定，審認協助國家情報工作推展之公股機構所生必要費用補償事項。
十、執行情報工作所需圖資（含影像）。
十一、情報工作所需使用電信管制射頻器材，依電信法第六十九條規定，比照軍事專用電信由國防部協助辦理電信監理相關事項。
財政部應配合下列事項：一、執行情報工作所需特種裝備器材及物品通關事項。
二、辦理情報人員及情報協助人員稅務保密事項。
三、提供情報工作所需人員、法人、團體、公司及商號財（稅）務資訊。
教育部應配合下列事項：一、派駐海外工作人員子女返國申請分發或輔導入學事項。
二、依學校教職員退休條例支領月退休金之人員，於本法第二十五條第一項及第五項喪失人身自由期間，其原支領月退休金專案由其親屬代領事項。
經濟部應配合下列事項：一、協助提供情報工作所需之國內廠商營運、登記、產製、銷售、關係企業、海內外投資、運銷特殊產品等相關資訊。
二、協助提供境外資金在臺運用情形相關資訊。
三、協助提供情報工作所需之境外駐臺企業機構、民間赴陸經商投資公司，以及取得中華民國籍之境外人士在臺成立企業公司相關背景資料。
四、協助情報機關向民間機關構或業者取得涉嫌間諜行為及其幫助之情報人員或情報協助人員之轄管網路遊戲業者電磁紀錄資訊。
交通部應配合下列事項：一、協調國籍航空公司對情報文件、保密裝備運送等事項。
二、協助情報工作所需特種車輛發照及繳銷等相關事項。
三、執行情報工作所需圖資（含影像）。
僑務委員會應配合提供華僑基資背景，並視情報機關需要予以協助接觸。
行政院大陸委員會應配合於情報人員、情報協助人員及其他因提供或傳遞資訊經情報機關核備有案者，其遭大陸地區羈押、審訊時，提供涉訟諮詢，並協助家屬透過管道進行營救。
國家發展委員會應配合協助蒐集國家資通安全預警情資等事項。
金融監督管理委員會應配合協助情報機關向轄管金融機構取得涉嫌間諜行為及其幫助之情報人員或情報協助人員之個人信用紀錄、帳戶資金交易、證（票）券、保險、期貨及金融衍生相關產品等有關資料。
國家通訊傳播委員會應配合下列事項：一、依通訊保障及監察法暨其施行細則規定，必要時，協助電信事業與法務部調查局或內政部警政署協商執行情報通訊監察時所需軟硬體設備之建置事宜。
二、依本法第七條及通訊保障及監察法暨其施行細則之規定，必要時，要求電信事業協助配合執行情報通訊監察資料之蒐集。
三、依本法第七條及通訊保障及監察法暨其施行細則之規定，協助情報機關向業者取得涉嫌間諜行為及其幫助之情報人員或情報協助人員之個人相關通信及網路電磁紀錄資訊。
行政院農業委員會應配合提供執行情報工作所需航照圖資（含影像）。
銓敘部、各公務人員退撫給與發放機關及公務人員退休撫卹基金管理委員會應配合辦理依公務人員退休法及政務人員退職酬勞金給與條例規定支（兼）領月退休（職）金及優惠存款利息之退休（職）人員因本法第二十四條及第二十五條原因致喪失人身自由期間，退休給與由其親屬代領事項。
政府機關獲取足以影響國家安全或利益之相關資訊時，除彙送其上級機關或權責機關處理外，應即彙送國家安全局。
但屬本法第三條第一項第二款後段所定者，應循保防機制轉送國家安全局。
國家安全局獲取之相關資訊，得轉送其他相關政府機關參考。
本辦法未列舉者，得由國家安全局報請國家安全會議核定後，協商政府有關機關配合辦理。