本辦法依海洋污染防治法（以下簡稱本法）第二十條第二項規定訂定之。
公私場所棄置依本法第二十二條第一項公告之乙類或丙類物質於海洋者，應向中央主管機關申請取得許可文件後，始得為之。
依前條規定申請海洋棄置許可者，應檢具申請書及下列文件：一、主管機關或目的事業主管機關核發之相關許可、登記、執照或其他證明文件影本。
二、公私場所負責人之身分證明文件影本及聯絡電話。
三、海洋棄置船舶或機具名稱及其負責人身分證明文件影本、污染損害賠償責任保險或提供擔保文件影本。
四、海洋棄置作業計畫書，其內容應包含：（一）海洋棄置物質名稱、種類、數量、來源，物理、化學、生物特性等分析說明資料。
（二）棄置區域說明。
（三）棄置物質裝載作業、污染防止措施、棄置方法及海上運送航程。
（四）海洋棄置次數及預定期間。
（五）棄置速率。
（六）監測計畫，其內容應包括監測區域、監測位置、監測項目、監測頻率、監測方式、採樣分析方法及品保品管計畫。
（七）緊急應變計畫。
五、海洋棄置必要性說明。
六、海洋棄置作業影響評估，其內容應包括棄置區域最近二年內至少四次之背景調查，各次調查期間應至少間隔三個月以上，分析海洋棄置對於海洋環境、海洋生物以及其他海洋用途可能造成的影響。
七、其他經主管機關指定之文件。
公私場所租用船舶或機具從事海洋棄置者，得於領取許可文件前，檢送前項第三款船舶或機具相關資料。
前條第一項第三款所稱實施海洋棄置船舶或機具應符合下列規定：一、能控制海洋棄置物質排放速率。
二、非棄置作業時應具不透水設備或構造。
三、有防止海洋棄置物質掉落或流出之設備或構造。
四、裝設自動辨識系統，啟動引擎時，須開啟該系統，並提供航行資訊。
五、裝設全球導航系統，啟動引擎時，該系統即自動監測並連續記錄船舶或機具航行軌跡；實施棄置時，每五分鐘記錄船舶或機具位置及時間一次。
第三條第一項第五款所稱海洋棄置必要性說明，應包括下列事項：一、棄置物之回收再利用或最佳可行處理技術評估，包含工程、農業、漁業復育或其他相關技術評估。
二、海洋棄置與其他替代方案之比較。
公私場所從事海洋棄置應於裝船或出港二十四小時前，將棄置物質數量、海上棄置船舶名稱、航程、棄置作業區域及時程，以網路通報或傳真方式通知當地海岸巡防機關及各級主管機關。
實施海洋棄置之船舶或機具，應備妥下列文件以供檢查：一、緊急應變計畫書。
二、船舶證書或機具經目的事業主管機關核准之文件。
三、船舶或機具之污染損害賠償責任保險或提供擔保文件影本。
前項實施海洋棄置之船舶或機具，應於明顯位置標示棄置物質及許可文件有效期間及許可文號。
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海洋棄置許可文件應記載下列事項：一、基本資料：（一）公私場所名稱、聯絡電話及地址。
（二）公私場所負責人姓名、住址、聯絡電話及身分證明文件字號。
二、許可內容：（一）棄置物質之名稱、種類、數量。
（二）棄置區域。
（三）棄置物質裝載作業、污染防止措施、棄置方法、棄置速率及海上運送航程。
（四）棄置次數及棄置頻率。
（五）監測位置、監測項目、監測頻率、監測方式、申報、紀錄保存其他應遵循事項之規定。
（六）棄置期間之限制條件。
（七）海洋棄置船舶或機具名稱、負責人姓名、身分證明文件字號及住址、責任保險文件資料。
（八）其他經中央主管機關規定之事項。
三、海洋棄置許可文件之有效期間及許可文號。
乙類物質海洋棄置許可文件之有效期間，為中央主管機關當次核准之期限。
丙類物質海洋棄置許可文件之有效期間最長不得超過三年。
海洋棄置許可文件所記載之基本資料有變更者，應於事實發生之日起三十日內，檢具相關文件影本向中央主管機關辦理變更登記。
但其變更涉及許可內容者，應重新向中央主管機關申請許可。
公私場所申請海洋棄置許可文件有虛偽不實者，中央主管機關得撤銷其許可。
公私場所從事海洋棄置有下列情形之一者，中央主管機關得廢止其許可：一、六個月內兩次違反第八條許可內容者。
二、一年內無從事海洋棄置者。
三、公私場所停工（業）六個月以上。
但有正當理由無法復工、復業，報經目的事業主管機關核准者，不在此限。
中央主管機關受理海洋棄置許可申請，應於受理後十四日內完成書面審查，通知公私場所於七日內繳納審查費。
中央主管機關應於收到公私場所繳費後翌日起兩個月內，完成實體審查；實體審查必要時得延長兩個月，但以一次為限。
公私場所依據第三條第二項規定辦理者，應於中央主管機關通知期限內檢送船舶或機具相關資料，未於期限內檢送者應予駁回其申請。
中央主管機關應於收到公私場所檢送資料後十四日內完成實體審查。
前二項申請文件經審查不合規定或內容有欠缺者，應通知限期補正；補正日數不算入審查期限內，且總補正日數不得超過四十二日，屆期未補正者應予駁回其申請。
第一項實體審查必要時得會商相關目的事業主管機關為之。
公私場所經中央主管機關通知審查通過後，應繳納證明書費始得領取許可文件。
違反第四條、第六條、第七條、未依第八條第二款及第三款許可記載事項辦理者或第十條者，依本法第五十一條規定處罰之。