本辦法依海洋污染防治法（以下簡稱本法）第五十七條規定訂定之。
主管機關依本法受理下列各款申請，依規定收取審查費，其審查費費額規定如下：一、新臺幣四萬八千元者：（一）依本法第十三條規定從事油輸送、海域工程、海洋棄置或其他污染行為之核准。
（二）依本法第十五條規定排放廢（污）水於保護（育）區海域或與海域相鄰接之區域之許可。
（三）依本法第十七條規定利用海洋設施從事探採油礦、輸送油及化學物質或排放廢（污）水之核准。
（四）依本法第十八條規定排放油、廢（污）水於海洋之許可。
（五）依本法第二十條規定從事海洋棄置之許可。
二、新臺幣二萬八千元者：依本法第二十五條規定投設人工漁礁或其他漁業設施之許可。
三、新臺幣三百元者：經依本法第十三條規定核准從事油輸送行為者，新增油輸送作業船舶，其審查費應依申請案件新增船舶數量，以每艘船舶分別收取。
主管機關於審查前條各款申請案件時，經通知補正者，不另收審查費。
申請案件經駁回後，申請人重為申請者，應依前條各款規定繳納審查費。
經主管機關許可或核准之案件，申請變更原許可或核准事項之公私場所名稱、地址、負責人姓名、住址、身分證明文件字號及減少油輸送作業船舶等事項者，免繳納審查費。
主管機關依本法核發許可文件時，應於核發時收取證明書費新臺幣五百元；申請換發、補發許可文件時亦同。
本辦法所規定之各項審查費繳納後，除依規費法之規定得申請退還外，不得以任何理由要求退費或保留。