本辦法用詞，定義如下：一、費率：指海洋棄置物種類每單位數量（立方公尺）之收費金額。
二、海洋棄置物數量：指執行海洋棄置作業船舶污泥艙容積（立方公尺）與對應航次乘積之總和。
經中央主管機關許可實施海洋棄置者，應繳納海洋棄置費；其費額依下列公式計算：費額＝海洋棄置物數量（立方公尺）×費率（元／立方公尺）。
海洋棄置費，依公私場所於各繳費期間，執行海洋棄置作業實際申報之海洋棄置物種類及數量為計算依據。
前項數量之計算，海洋棄置費之繳費義務人應檢附海洋棄置船舶出入港資料；未檢附者，則依許可文件上登載之污泥艙容積及對應航次計算。
各類海洋棄置物費率如下：一、乙類疏浚泥沙：每立方公尺新臺幣三十五元。
二、丙類疏浚泥沙：每立方公尺新臺幣二十元。
海洋棄置費之繳費義務人，應於每年一月三十一日前，申報繳納前一年七月至十二月之海洋棄置費；每年七月三十一日前，申報繳納當年一月至六月之海洋棄置費。
海洋棄置費之繳費義務人應依中央主管機關規定之格式，填具海洋棄置費申報書向中央主管機關申報，中央主管機關核算費額後，由繳費義務人持繳款單向中央主管機關指定金融機構代收專戶繳納海洋棄置費。
超過繳費期限九十天內仍未完成費額繳納者，經中央主管限期催繳仍未繳納者，中央主管機關得廢止結算後之許可。
中央主管機關為執行海洋棄置費查核作業，得通知繳費義務人於十五日內提報海洋棄置費計算及作業船舶進出港口紀錄等相關資料。