本辦法所稱海岸巡防機關為行政院海岸巡防署及所屬機關，環境保護機關為行政院環境保護署及直轄市、縣(市)政府環境保護主管機關。
環境保護機關依法規須委託海岸巡防機關執行之事項，應依行政程序法第十五條第二項及第三項規定，將委託事項及法規依據公告之。
海岸巡防機關與環境保護機關間，於相互請求協助時，應依行政程序法第十九條規定，除緊急情形外，應以書面方式為之。
如係以其他方式請求協助，嗣後應補送書面資料。
於中華民國管轄之潮間帶、內水、領海、鄰接區、專屬經濟海域及大陸礁層上覆水域，有關違反環境保護及保育相關規定之取締、蒐證及移送等事項，由海岸巡防機關辦理。
於前項所定範圍外海域排放有害物質，致造成前項範圍內污染者，亦適用前項之規定。
環境保護機關除定期將海域監測結果提供海岸巡防機關外，對海域突發之污染狀況亦應隨時提供檢測結果，俾利海岸巡防機關掌握海域污染狀況。
為處理一般海洋污染事件，環保署得設海洋污染事件處理工作小組，海巡署應協助執行相關任務。
海岸巡防機關與環境保護機關應相互提供有關環境保護犯罪情資及資料，以共同維護與保育海洋生態環境。
海岸巡防機關與環境保護機關應設置相對通報窗口，依任務需要建立協商機制，相互支援，並密切保持聯繫，遇有緊急或重大狀況時，應即時相互通報。
海岸巡防機關得委託環境保護機關，代為辦理海岸巡防人員污染防治、海域環境監測、污染處理、環境保護等相關專長教育訓練，所需經費由海岸巡防機關編列預算支應。
海岸巡防機關與環境保護機關間，依法執行職務或相互請求支援不能獲致協議時，應報由海巡署及環保署解決。