本辦法依海洋污染防治法(以下簡稱本法)第二十五條第二項規定訂定之。
本辦法所稱人工魚礁或其他漁業設施，係指將天然或人造之結構物投設於海域中，作為漁場造成、保護或培育海洋資源之設施；包括水泥礁、船礁、鋼鐵礁、電桿礁、輪胎礁、浮魚礁，或其他經評估無污染海洋生態之虞，並經改裝或加工做為聚魚設施之物質或結構物。
公私場所投設人工魚礁或其他漁業設施，應向中央漁業主管機關申請許可後，始得為之。
中央漁業主管機關審查前項申請，於有污染海洋、影響船舶安全或海岸防護之虞時，應會同相關機關辦理。
公私場所申請投設人工魚礁或其他漁業設施，應檢具下列文件：一、申請書載明機構名稱、負責人姓名、地址及電話。
二、以經緯度表示之申請投設礁區或地點之位置。
三、礁體或設施之型式、規格、數量、材質及結構設計圖。
四、投設之機具及方式。
五、預計投設之期間及次數。
六、投設前底質、水質、水文、營養鹽、浮游生物及包含底棲生物在內之生態環境概況。
七、預估投設後對生態環境之影響說明。
八、投設行為有無污染之虞及相關污染防治措施之說明。
九、依本法第五十七條規定繳交審查費之證明。
十、其他經中央主管機關或中央漁業主管機關指定之文件。
中央漁業主管機關許可依前條所為之申請，其核發之許可文件應記載下列事項：一、公私場所名稱、地址、負責人。
二、投設礁區或地點。
三、礁體或設施之形式、規格、數量、材質。
四、投設之機具及方式。
五、投設期間及次數。
六、許可文件核發日期。
七、其他經中央漁業主管機關指定之事項。
八、前項之許可文件，應副知主管機關及執行機關。
公私場所不能於核准投設人工魚礁或其他漁業設施之期限內完成投設者，應向原許可機關重新申請。
公私場所進行人工魚礁或其他漁業設施之投設，應隨時接受主管機關、執行機關或中央漁業主管機關之檢查。
前項檢查發現有下列情形之一者，中央漁業主管機關應命停止繼續投設：一、投設之礁體有礙航行安全。
二、對海洋生態有嚴重影響之虞。
三、已無經濟效益或保育效果。
其他經中央漁業主管機關認定者。
投設人工魚礁之礁體最頂端距海面之水深應不影響船舶之航行安全；礁體或其他漁業設施投設於海面者，應佈設導航警示標誌及錨定，並負責正常運作。
人工魚礁或其他漁業設施不得投設於商港或工業專用港之錨地及船舶進出航道。
但錨地已公告劃定為人工魚礁禁漁區者，不在此限。
第一項礁體或其他漁業設施於施工期間、工程完成或拆除後，應將相關資料通知有關機關發布航船佈告。
公私場所投設人工魚礁或其他漁業設施有下列情形之一者，中央漁業主管機關應撤銷或廢止其許可：一、申請許可所檢具之文件或資料，有虛偽或不實。
二、從事與許可內容不符之投設。
三、不遵行中央漁業主管機關依第七條第二項所為之命令。
各級漁業主管機關辦理人工魚礁區之效益調查及評估時，應會同中央或地方主管機關辦理。
前項效益調查及評估應包括下列事項：一、投設後之礁體分布實況調查及評估。
二、人工魚礁區海域生態調查及影響評估。
三、整體效益調查及評估。
地方漁業主管機關辦理人工魚礁區效益調查及評估，應將其結果報請中央漁業主管機關備查。
公私場所進行人工魚礁或其他漁業設施之投設，致嚴重污染海域或有嚴重污染之虞時，應即採取措施以防止、排除或減輕污染，並即通知主管機關及目的事業主管機關。
未依本辦法規定申請許可，逕為人工魚礁或其他漁業設施之投設者，為海上棄置行為，應依本法相關規定辦理。