本辦法依海洋污染防治法(以下簡稱本法)第六條第四項規定訂定之。
本辦法所稱軍事機關為國防部及其所屬機關(構)、部隊。
各級主管機關、執行機關或協助執行機關，為檢查或鑑定海洋污染事項，涉及軍事事務時，得派員攜帶證明文件，會同當地憲兵或當地軍事機關環保人員，進入港口、其他場所或登臨船舶、海洋設施。
為前項檢查或鑑定，受檢之軍事機關應提供必要之協助，並主動告知潛在危害。
各級主管機關、執行機關或協助執行機關，依前條規定進入軍事機關進行海洋污染事項檢查、鑑定，其涉及軍事機密者，應會同該管軍事機關為之。
檢查或鑑定之機關與人員對於受檢軍事機關之軍事機密，應予保密。
海洋污染物之檢查或鑑定，其採樣及檢驗測定方法，應依中央主管機關公告之方法為之。
方法未公告前，依中央主管機關核可之方法辦理。
軍事機關為維護國防安全或因天然災害、戰爭或依法令之行為所造成之海洋污染不予處罰，但應依本法第十四條第二項規定辦理。