本辦法依中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法（以下簡稱本法）第九條第三項規定訂定之。
在中華民國專屬經濟海域或大陸礁層從事海洋科學研究者，應由申請人填具申請書連同計畫，依下列規定提出申請：一、臺灣地區之自然人、私法人、民間團體或機構單獨為之者，應於研究預定開始日期四個月前，向主管機關申請許可。
二、大陸地區大學校院或學術研究機構與臺灣地區大學校院或學術研究機構合作為之者，應於研究預定開始日期六個月前，經由合作之臺灣地區大學校院或學術研究機構向主管機關申請許可。
三、外國大學校院、學術研究機構或國際組織之研究人員單獨或與臺灣地區大學校院或學術研究機構之研究人員合作為之者，應於研究預定開始日期六個月前，經由中華民國駐外使領館、代表處或辦事處向主管機關申請許可。
但其本國在中華民國設有使領館、代表處、辦事處或其他該國政府授權機構者，得經由該等機構向主管機關申請許可。
逾前項規定期限提出申請，且未敘明正當理由者，不予受理。
第一項申請書及計畫之內容及格式，由主管機關定之。
主管機關受理前條第一項各款之申請後，應審查申請之計畫是否能遵守或符合本法第九條第二項各款及其他相關法令之規定，並於受理申請之日起四個月內作成決定，以書面通知申請人及副知相關機關。
但須補正資料者，主管機關應通知限期補正；補正日數不算入審查期間，且總補正日數不得超過四十二日。
未依前項但書規定期間補正者，駁回其申請。
主管機關為前條第一項各款申請之審查，除第一款得採書面方式為之外，應邀請相關機關及學者專家組成審查會為之。
本法第九條第一項所稱必要時，指下列情形：一、未依計畫進行研究。
二、違反本法第九條第二項各款情形之一。
三、其他經主管機關認定之情形。