本辦法依海洋污染防治法(以下簡稱本法)第十五條第二項規定訂定之。
公私場所排放廢(污)水於本法第十五條第一項之區域每日達二十立方公尺以上者，應向中央主管機關申請取得許可文件後始得排放；其經許可者，應依許可內容排放。
依前條規定申請廢(污)水排放許可應繳納審查費，並檢具下列文件：一、申請書。
二、公私場所經政府機關核准登記證明文件。
三、負責人身分證明文件、住址及聯絡電話。
四、公私場所地址、座落位置圖及平面配置說明。
五、廢(污)水處理單元之名稱、處理量、處理效率與相關操作參數。
六、廢(污)水排放設施及放流水詳細水質、水量及排放頻率。
七、海域環境調查報告。
八、海域環境監測計畫。
九、符合本法施行細則第十一條規定之緊急應變計畫。
十、水污染防治法相關排放許可文件。
十一、其他經中央主管機關指定之文件。
前條之排放設施、海域環境調查報告及海域環境監測計畫應符合下列規定：一、排放設施應含縱剖面圖說、管線材質、放流管施工工期、警告標誌與放置地點、放流口定位資料。
二、海域環境調查報告調查期間應為最近一年，調查頻率每季一次，並包括下列項目：(一)海流流速、流向、波高、波浪週期、波向、水溫、鹽度、氫離子濃度指數、溶氧量、懸浮固體(或濁度、透明度)、葉綠素a、浮游動物及浮游植物之現存量與分布。
(二)第三條第六款放流水詳細水質。
三、海域環境監測計畫應包括監測區域、監測位置、監測項目、監測頻率、監測方式、分析方法及品保品管計畫。
中央主管機關受理廢(污)水排放申請，應於兩個月內完成審查。
必要時得延長兩個月，但以一次為限。
前項申請文件經審查不合本辦法之規定或內容有欠缺者，應通知限期補正；補正日數不算入前項審查期限內，屆期未補正者應予駁回。
第一項審查必要時得會商相關目的事業主管機關為之。
排放許可文件應記載事項如下：一、基本資料：(一)公私場所名稱、地址、行業類別及管制編號。
(二)公私場所負責人姓名、身分證件字號及住址。
二、廢(污)水排放許可內容：(一)廢(污)水排放設施及放流口位置。
(二)廢(污)水排放種類、最大許可濃度及排放量上限。
(三)廢(污)水排放海域監測項目、頻率及紀錄。
(四)其他中央主管機關規定之事項。
三、排放許可文件之有效期限及許可字號。
前條排放許可文件所記載之基本資料有變更者，應於事實發生之日起三十日內向中央主管機關辦理變更登記；其變更涉及廢(污)水排放許可內容者，應重新申請排放許可。
排放許可文件有效期間五年，期滿仍繼續排放者，應自期滿六個月前起算四個月之期間內，重新向中央主管機關申請排放許可。
排放許可文件於有效期間內毀損或滅失者，應於事實發生後三十日內以書面敘明原因，並檢附第三條第二款及第三款之文件向中央主管機關申請補發。
取得排放許可之廢(污)水設施廢止或停用者，公私場所應自廢止或停用之日起三十日內報請中央主管機關備查。
公私場所排放廢(污)水應製作排放紀錄並記載下列事項：一、排放時間、地點、方式及排放物種類。
二、排放物性質。
三、排放物數量或濃度。
四、處理過程。
五、其他經中央主管機關指定之事項。
前項紀錄，公私場所應於每年一月、四月、七月及十月，報請地方主管機關轉陳中央主管機關備查。
公私場所排放廢(污)水有下列情形之一者，中央主管機關應撤銷或廢止其許可：一、申請許可文件虛偽不實者。
二、六個月內違反第六條第二款第一目至第四目之一兩次者。
三、變更廢(污)水排放許可內容未依第七條規定重新申請者。
四、未依第十條規定辦理者。
公私場所經中央主管機關通知審查核可後，應繳納證明書費始得領取排放許可文件。
違反第二條、第六條第二款、第七條或第十條者，依本法第四十七條規定處罰之。
本辦法施行前已排放於本法第十五條第一項區域之既設廢(污)水排放設施或新公告之特定區域內既設廢(污)水排放設施者，應自本辦法施行或新特定區域公告之日起兩年內取得排放許可文件始得排放廢(污)水。