本辦法依據海洋污染防治法(以下簡稱本法)第九條第三項規定訂定之。
海域環境監測站應擇定於下列地點設置：一、主、次要河川入海口。
二、重要污染源流入點。
三、港灣、潟湖。
四、本法第十五條第一項所定之區域。
五、一般海域水質之背景點。
六、其他經中央主管機關指定之位置。
海域環境監測項目應依污染源類別或海域特性，按下列方式辦理：一、應監測項目：(一)海域水文：流速、流向、水溫。
(二)海域水質：鹽度、氫離子濃度指數(pH)、溶氧量(DO)、懸浮固體(SS)。
(三)其他經中央主管機關指定之項目。
二、選擇監測項目：(一)海域水文：波高、波向、波浪週期。
(二)海域水質：水中光強度、葉綠素ａ、大腸桿菌群、重金屬、營養鹽(硝酸鹽、亞硝酸鹽、氨氮、磷酸鹽、矽酸鹽)。
(三)海域生物：浮游生物(動物性浮游生物與植物性浮游生物)、底棲生物。
海域環境監測頻率以每季一次為原則。
但發生海上重大污染時，應依中央主管機關指定之頻率辦理。
海域環境水質與海域環境生物採樣、樣品保存及檢驗分析方法，應依中央主管機關公告之方法為之。