第3條海域環境監測項目應依污染源類別或海域特性，按下列方式辦理：一、應監測項目：(一)海域水文：流速、流向、水溫。(二)海域水質：鹽度、氫離子濃度指數(pH)、溶氧量(DO)、懸浮固體(SS)。(三)其他經中央主管機關指定之項目。二、選擇監測項目：(一)海域水文：波高、波向、波浪週期。(二)海域水質：水中光強度、葉綠素ａ、大腸桿菌群、重金屬、營養鹽(硝酸鹽、亞硝酸鹽、氨氮、磷酸鹽、矽酸鹽)。(三)海域生物：浮游生物(動物性浮游生物與植物性浮游生物)、底棲生物。