第一章總則
為防治水污染，確保水資源之清潔，以維護生態體系，改善生活環境，增進國民健康，特制定本法。
本法未規定者，適用其他法令之規定。
本法專用名詞定義如下：一、水：指以任何形式存在之地面水及地下水。
二、地面水體：指存在於河川、海洋、湖潭、水庫、池塘、灌溉渠道、各級排水路或其他體系內全部或部分之水。
三、地下水體：指存在於地下水層之水。
四、污染物：指任何能導致水污染之物質、生物或能量。
五、水污染：指水因物質、生物或能量之介入，而變更品質，致影響其正常用途或危害國民健康及生活環境。
六、生活環境：指與人之生活有密切關係之財產、動、植物及其生育環境。
七、事業：指公司、工廠、礦場、廢水代處理業、畜牧業或其他經中央主管機關指定之事業。
八、廢水：指事業於製造、操作、自然資源開發過程中或作業環境所產生含有污染物之水。
九、污水：指事業以外所產生含有污染物之水。
十、廢（污）水處理設施：指廢（污）水為符合本法管制標準，而以物理、化學或生物方法處理之設施。
十一、水污染防治措施：指設置廢（污）水處理設施、納入污水下水道系統、土壤處理、委託廢水代處理業處理、設置管線排放於海洋、海洋投棄或其他經中央主管機關許可之防治水污染之方法。
十二、污水下水道系統：指公共下水道及專用下水道之廢（污）水收集、抽送、傳運、處理及最後處置之各種設施。
十三、放流口：指廢（污）水進入承受水體前，依法設置之固定放流設施。
十四、放流水：指進入承受水體前之廢（污）水。
十五、涵容能力：指在不妨害水體正常用途情況下，水體所能涵容污染物之量。
十六、水區：指經主管機關劃定範圍內之全部或部分水體。
十七、水質標準：指由主管機關對水體之品質，依其最佳用途而規定之量度。
十八、放流水標準：指對放流水品質或其成分之規定限度。
本法所稱主管機關：在中央為行政院環境保護署；在直轄市為直轄市政府；在縣(市)為縣(市)政府。
中央、直轄市、縣(市)主管機關得指定或委託專責機構，辦理水污染研究、訓練及防治之有關事宜。
第二章基本措施
為避免妨害水體之用途，利用水體以承受或傳運放流水者，不得超過水體之涵容能力。
中央主管機關應依水體特質及其所在地之情況，劃定水區，訂定水體分類及水質標準。
前項之水區劃定、水體分類及水質標準，中央主管機關得交直轄市、縣(市)主管機關為之。
劃定水區應由主管機關會商水體用途相關單位訂定之。
事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施，排放廢(污)水於地面水體者，應符合放流水標準。
前項放流水標準，由中央主管機關會商相關目的事業主管機關定之，其內容應包括適用範圍、管制方式、項目、濃度或總量限值、研訂基準及其他應遵行之事項。
直轄市、縣(市)主管機關得視轄區內環境特殊或需特予保護之水體，就排放總量或濃度、管制項目或方式，增訂或加嚴轄內之放流水標準，報請中央主管機關會商相關目的事業主管機關後核定之。
事業、污水下水道系統及建築物污水處理設施之廢(污)水處理，其產生之污泥，應妥善處理，不得任意放置或棄置。
水體之全部或部分，有下列情形之一，直轄市、縣(市)主管機關應依該水體之涵容能力，以廢(污)水排放之總量管制方式管制之：一、因事業、污水下水道系統密集，以放流水標準管制，仍未能達到該水體之水質標準者。
二、經主管機關認定需特予保護者。
前項總量管制方式，由直轄市、縣(市)主管機關擬訂，報請中央主管機關會商相關目的事業主管機關後核定之；水體之部分或全部涉及二直轄市、縣(市)者，或涉及中央各目的事業主管機關主管之特定區域，由中央主管機關會商相關目的事業主管機關定之。
各級主管機關應設水質監測站，定期監測及公告檢驗結果，並採取適當之措施。
前項水質監測站採樣頻率，應視污染物項目特性每月或每季一次為原則，必要時，應增加頻率。
水質監測採樣之地點、項目及頻率，應考量水域環境地理特性、水體水質特性及現況，並由各級主管機關依歷年水質監測結果及水污染整治需要定期檢討。
第一項監測站之設置及監測準則，由中央主管機關定之。
各級主管機關得委託有關機關（構）及中央主管機關許可之檢驗測定機構辦理第一項水質監測。
第一項公告之檢驗結果未符合水體分類水質標準時，各目的事業主管機關應定期監測水體中食用植物、魚、蝦、貝類及底泥中重金屬、毒性化學物質及農藥含量，如有致危害人體健康、農漁業生產之虞時，並應採取禁止採捕食用水產動、植物之措施。
中央主管機關對於排放廢（污）水於地面水體之事業及污水下水道系統（不含公共污水下水道系統及社區專用污水下水道系統），應依其排放之水質水量或依中央主管機關規定之計算方式核定其排放之水質水量，徵收水污染防治費。
地方政府應對依下水道法公告之下水道使用區域內，未將污水排洩於下水道之家戶，徵收水污染防治費。
前二項水污染防治費應專供全國水污染防治之用，其支用類別及項目如下：一、第一項徵收之水污染防治費：（一）地面水體污染整治與水質監測。
（二）飲用水水源水質保護區水質改善。
（三）水污染總量管制區水質改善。
（四）水污染防治技術之研究發展、引進及策略之研發。
（五）執行收費工作所需人員之聘僱。
（六）其他有關水污染防治工作。
二、第二項徵收之水污染防治費：（一）公共污水下水道系統主、次要幹管之建設。
（二）污水處理廠及廢（污）水截流設施之建設。
（三）水肥投入站及水肥處理廠之建設。
（四）廢（污）水處理設施產生之污泥集中處理設施之建設。
（五）公共污水下水道系統之操作維護費用。
（六）執行收費及公共污水下水道系統建設管理相關工作所需人員之聘僱。
（七）其他有關家戶污水處理工作之費用。
前項第一款第五目及第二款第六目之支用比例不得高於各類別之百分之十。
第一項水污染防治費，其中央與地方分配原則，由中央主管機關考量各直轄市、縣（市）主管機關水污染防治工作需求定之。
第一項水污染防治費，各級主管機關應設置特種基金；其收支、保管及運用辦法，由行政院、直轄市及縣（市）政府分別定之。
第二項水污染防治費，地方政府得設置特種基金；其收支、保管及運用辦法，由地方政府定之。
第一項水污染防治費得分階段徵收，各階段之徵收時間、徵收對象、徵收方式、計算方式、繳費流程、繳費期限、階段用途及其他應遵行事項之收費辦法，由中央主管機關定之。
水污染防治執行績效應逐年重新檢討並向立法院報告及備查。
第二項水污染防治費之徵收時間、徵收對象、徵收方式、計算方式、繳費流程、繳費期限及其他應遵行事項之自治法規，由地方政府定之；其中水污染防治費費率應與下水道使用費費率一致。
第一項水污染防治費，中央主管機關應成立水污染防治費費率審議委員會，其設置辦法由中央主管機關定之。
污水下水道建設與污水處理設施，應符合水污染防治政策之需要。
中央主管機關應會商直轄市、縣(市)主管機關訂定水污染防治方案，每年向立法院報告執行進度。
第三章防治措施
事業於設立或變更前，應先檢具水污染防治措施計畫及相關文件，送直轄市、縣(市)主管機關或中央主管機關委託之機關審查核准。
前項事業之種類、範圍及規模，由中央主管機關會商目的事業主管機關指定公告之。
第一項水污染防治措施計畫之內容、應具備之文件、申請時機、審核依據及其他應遵行事項，由中央主管機關定之。
第一項水污染防治措施計畫，屬以管線排放海洋者，其管線之設置、變更、撤銷、廢止、停用、申請文件、程序及其他應遵行事項，由中央主管機關定之。
事業排放廢（污）水於地面水體者，應向直轄市、縣（市）主管機關申請核發排放許可證或簡易排放許可文件後，並依登記事項運作，始得排放廢（污）水。
登記事項有變更者，應於變更前向直轄市、縣（市）主管機關提出申請，經審查核准始可變更。
前項登記事項未涉及廢（污）水、污泥之產生、收集、處理或排放之變更，並經中央主管機關指定者，得於規定期限辦理變更。
排放許可證與簡易排放許可文件之適用對象、申請、審查程序、核發、廢止及其他應遵行事項之管理辦法，由中央主管機關定之。
經中央主管機關指定公告之事業，於申請、變更水污染防治措施計畫、排放許可證或簡易排放許可文件時，應揭露其排放之廢（污）水可能含有之污染物及其濃度與排放量。
事業排放之廢（污）水含有放流水標準管制以外之污染物項目，並經直轄市、縣（市）主管機關認定有危害生態或人體健康之虞者，應依中央主管機關之規定提出風險評估與管理報告，說明其廢（污）水對生態與健康之風險，以及可採取之風險管理措施。
前項報告經審查同意者，直轄市、縣（市）主管機關應依審查結果核定其水污染防治措施計畫、排放許可證、簡易排放許可文件之污染物項目排放濃度或總量限值。
第二項污染物項目經各級主管機關評估有必要者，應於放流水標準新增管制項目。
排放許可證及簡易排放許可文件之有效期間為五年。
期滿仍繼續使用者，應自期滿六個月前起算五個月之期間內，向直轄市、縣（市）主管機關申請核准展延。
每次展延，不得超過五年。
前項許可證及簡易排放許可文件有效期間內，因水質惡化有危害生態或人體健康之虞時，直轄市、縣（市）主管機關認為登記事項不足以維護水體，或不廢止對公益將有危害者，應變更許可事項或廢止之。
事業廢(污)水利用不明排放管排放者，由主管機關公告廢止，經公告一週尚無人認領者，得予以封閉或排除該排放管線。
除納入污水下水道系統者外，事業依第十三條規定檢具水污染防治措施計畫及依第十四條規定申請發給排放許可證或辦理變更登記時，其應具備之必要文件，應經依法登記執業之環境工程技師或其他相關專業技師簽證。
符合下列情形之一者，得免再依前項規定經技師簽證：一、依第十四條規定申請排放許可證時，應檢具之水污染防治措施計畫，與已依第十三條規定經審查核准之水污染防治措施計畫中，其應經技師簽證事項未變更者。
二、依第十五條規定申請展延排放許可證時，其應經技師簽證之事項未變更者。
政府機關、公營事業機構或公法人於第一項情形，得由其內依法取得第一項技師證書者辦理簽證。
第一項技師執行簽證業務時，其查核事項，由中央主管機關定之。
事業應採行水污染防治措施；其水污染防治措施之適用對象、範圍、條件、必備設施、規格、設置、操作、監測、記錄、監測紀錄資料保存年限、預防管理、緊急應變，與廢(污)水之收集、處理、排放及其他應遵行事項之管理辦法，由中央主管機關會商相關目的事業主管機關定之。
事業或污水下水道系統產生之廢（污）水，應經核准登記之收集、處理單元、流程，並由核准登記之放流口排放，或依下水道管理機關（構）核准之排放口排入污水下水道，不得繞流排放。
前項廢（污）水須經處理始能符合本法所定管制標準者，不得於排放（入）前，與無需處理即能符合標準之水混合稀釋。
前二項繞流排放、稀釋行為，因情況急迫，為搶救人員或經主管機關認定之重大處理設施，並於三小時內通知直轄市、縣（市）主管機關者，不在此限。
事業或污水下水道系統設置之廢（污）水（前）處理設施應具備足夠之功能與設備，並維持正常操作。
污水下水道系統排放廢(污)水，準用第十四條、第十五條及第十八條之規定。
事業或污水下水道系統貯留或稀釋廢水，應申請直轄市或縣（市）主管機關許可後，始得為之，並依登記事項運作。
但申請稀釋廢水許可，以無其他可行之替代方法者為限。
前項申請貯留或稀釋廢水許可之適用條件、申請、審查程序、核發、廢止及其他應遵行事項之管理辦法，由中央主管機關定之。
依第一項許可貯留或稀釋廢水者，應依主管機關規定之格式、內容、頻率、方式，向直轄市、縣（市）主管機關申報廢水處理情形。
事業或污水下水道系統應設置廢(污)水處理專責單位或人員。
專責單位或人員之設置及專責人員之資格、訓練、合格證書之取得、撤銷、廢止及其他應遵行事項之管理辦法，由中央主管機關定之。
事業或污水下水道系統應依主管機關規定之格式、內容、頻率、方式，向直轄市、縣（市）主管機關申報廢（污）水處理設施之操作、放流水水質水量之檢驗測定、用電紀錄及其他有關廢（污）水處理之文件。
中央主管機關應依各業別之廢（污）水特性，訂定應檢測申報項目，直轄市、縣（市）主管機關得依實際排放情形，增加檢測申報項目。
水污染物及水質水量之檢驗測定，除經中央主管機關核准外，應委託中央主管機關核發許可證之檢驗測定機構辦理。
檢驗測定機構之條件、設施、檢驗測定人員之資格限制、許可證之申請、審查、核發、換發、撤銷、廢止、停業、復業、查核、評鑑等程序及其他應遵行事項之管理辦法及收費標準，由中央主管機關定之。
事業或污水下水道系統，其廢(污)水處理及排放之改善，由各目的事業主管機關輔導之；其輔導辦法，由各目的事業主管機關定之。
建築物污水處理設施之所有人、使用人或管理人，應自行或委託清除機構清理之。
前項建築物污水處理設施之建造、管理及清理，應符合中央主管機關及目的事業主管機關之規定。
建築物污水處理設施屬預鑄式者，其製造、審定、登記及查驗管理辦法，由中央主管機關會同相關目的事業主管機關定之。
各級主管機關得派員攜帶證明文件，進入事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施之場所，為下列各項查證工作：一、檢查污染物來源及廢(污)水處理、排放情形。
二、索取有關資料。
三、採樣、流量測定及有關廢(污)水處理、排放情形之攝影。
各級主管機關依前項規定為查證工作時，其涉及軍事秘密者，應會同軍事機關為之。
對於前二項查證，不得規避、妨礙或拒絕。
檢查機關與人員，對於受檢之工商、軍事秘密，應予保密。
事業或污水下水道系統排放廢（污）水，有嚴重危害人體健康、農漁業生產或飲用水水源之虞時，負責人應立即採取緊急應變措施，並於三小時內通知當地主管機關。
前項所稱嚴重危害人體健康、農漁業生產或飲用水之虞之情形，由中央主管機關定之。
第一項之緊急應變措施，其措施內容與執行方法，由中央主管機關定之。
第一項情形，主管機關應命其採取必要防治措施，情節嚴重者，並令其停業或部分或全部停工。
事業或污水下水道系統設置之輸送或貯存設備，有疏漏污染物或廢（污）水至水體之虞者，應採取維護及防範措施；其有疏漏致污染水體者，應立即採取緊急應變措施，並於事故發生後三小時內，通知當地主管機關。
主管機關應命其採取必要之防治措施，情節嚴重者，並令其停業或部分或全部停工。
前項之緊急應變措施，其措施內容與執行方法，由中央主管機關定之。
直轄巿、縣(巿)主管機關，得視轄境內水污染狀況，劃定水污染管制區公告之，並報中央主管機關。
前項管制區涉及二直轄巿、縣(巿)以上者，由中央主管機關劃定並公告之。
在水污染管制區內，不得有下列行為：一、使用農藥或化學肥料，致有污染主管機關指定之水體之虞。
二、在水體或其沿岸規定距離內棄置垃圾、水肥、污泥、酸鹼廢液、建築廢料或其他污染物。
三、使用毒品、藥品或電流捕殺水生物。
四、在主管機關指定之水體或其沿岸規定距離內飼養家禽、家畜。
五、其他經主管機關公告禁止足使水污染之行為。
前項第一款、第二款及第四款所稱指定水體及規定距離，由主管機關視實際需要公告之。
但中央主管機關另有規定者，從其規定。
事業或污水下水道系統，排放廢（污）水於劃定為總量管制之水體，有下列情形之一，應自行設置放流水水質水量自動監測系統，予以監測：一、排放廢（污）水量每日超過一千立方公尺者。
二、經直轄巿、縣（巿）主管機關認定係重大水污染源者。
前項監測結果、監測儀器校正，應作成紀錄，並依規定向直轄巿、縣（巿）主管機關或中央主管機關申報。
廢（污）水不得注入於地下水體或排放於土壤。
但廢（污）水經處理至合於土壤處理標準及依第十八條所定之辦法，經直轄市、縣（市）主管機關審查核准，發給許可證並報經中央主管機關核備者，得排放於土壤。
前項許可證有效期間內，因水質惡化有危害生態或人體健康之虞時，直轄市、縣（市）主管機關認為登記事項不足以維護水體或土壤，或不廢止對公益將有危害者，應變更許可事項或廢止之。
第一項可排放於土壤之對象、適用範圍、項目、濃度或總量限值、管制方式及其他應遵行事項之土壤處理標準，由中央主管機關會商相關目的事業主管機關定之。
依主管機關核定之土壤處理與作物吸收試驗及地下水水質監測計畫，排放廢（污）水於土壤者，應依主管機關規定之格式、內容、頻率、方式，執行試驗、監測、記錄及申報。
依第一項核發之許可證有效期間為三年。
期滿仍繼續使用者，應自期滿六個月前起算五個月之期間內，向直轄市、縣（市）主管機關申請核准展延。
每次展延，不得超過三年。
事業貯存經中央主管機關公告指定之物質時，應設置防止污染地下水體之設施及監測設備，並經直轄市、縣(市)主管機關備查後，始得申辦有關使用事宜。
前項監測設備應依主管機關規定之格式、內容、頻率、方式，監測、記錄及申報。
第一項防止污染地下水體之設施、監測設備之種類及設置之管理辦法，由中央主管機關定之。
第四章罰則
違反第二十七條第一項、第二十八條第一項未立即採取緊急應變措施、不遵行主管機關依第二十七條第四項、第二十八條第一項所為之命令或不遵行主管機關依本法所為停工或停業之命令者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上五百萬元以下罰金。
不遵行主管機關依本法所為停止作為之命令者，處一年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰金。
依本法規定有申報義務，明知為不實之事項而申報不實或於業務上作成之文書為虛偽記載者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上三百萬元以下罰金。
事業排放於土壤或地面水體之廢（污）水所含之有害健康物質超過本法所定各該管制標準者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上五百萬元以下罰金。
事業注入地下水體之廢（污）水含有害健康物質者，處一年以上七年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上二千萬元以下罰金。
犯第一項之罪而有下列情形之一者，處五年以下有期徒刑，得併科新臺幣二十萬元以上一千五百萬元以下罰金：一、無排放許可證或簡易排放許可文件。
二、違反第十八條之一第一項規定。
三、違反第三十二條第一項規定。
第一項、第二項有害健康物質之種類、限值，由中央主管機關公告之。
負責人或監督策劃人員犯第三十四條至本條第三項之罪者，加重其刑至二分之一。
犯第三十四條、前條之罪或排放廢（污）水超過放流水標準，因而致人於死者，處無期徒刑或七年以上有期徒刑，得併科新臺幣三千萬元以下罰金；致重傷者，處三年以上十年以下有期徒刑，得併科新臺幣二千五百萬元以下罰金；致危害人體健康導致疾病或嚴重污染環境者，處一年以上七年以下有期徒刑，得併科新臺幣二千萬元以下罰金。
法人之負責人、法人或自然人之代理人、受僱人或其他從業人員，因執行業務犯第三十四條至第三十七條之罪者，除依各該條規定處罰其行為人外，對該法人或自然人亦科以各該條十倍以下之罰金。
事業或污水下水道系統不得因廢（污）水處理專責人員或其他受僱人，向主管機關或司法機關揭露違反本法之行為、擔任訴訟程序之證人或拒絕參與違反本法之行為，而予解僱、降調、減薪或其他不利之處分。
事業或污水下水道系統或其行使管理權之人，為前項規定所為之解僱、降調、減薪或其他不利之處分者，無效。
事業或污水下水道系統之廢（污）水處理專責人員或其他受僱人，因第一項規定之行為受有不利處分者，事業或污水下水道系統對於該不利處分與第一項規定行為無關之事實，負舉證責任。
廢（污）水處理專責人員或其他受僱人曾參與依本法應負刑事責任之行為，而向主管機關揭露或司法機關自白或自首，因而查獲其他正犯或共犯者，減輕或免除其刑。
事業或污水下水道系統排放廢（污）水，違反第七條第一項或第八條規定者，處新臺幣六萬元以上二千萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
畜牧業違反第七條第一項或第八條之規定者，處新臺幣六千元以上六十萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
建築物污水處理設施違反第七條第一項或第八條規定者，處新臺幣三千元以上三十萬元以下罰鍰。
污水下水道系統或建築物污水處理設施違反第七條第一項或第八條規定者，處罰其所有人、使用人或管理人；污水下水道系統或建築物污水處理設施為共同所有或共同使用且無管理人者，應對共同所有人或共同使用人處罰。
事業或污水下水道系統違反依第九條第二項所定之總量管制方式者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業，必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
事業或污水下水道系統（不含公共污水下水道系統及社區專用污水下水道系統）違反第十一條第八項所定辦法，未於期限內繳納費用者，應依繳納期限當日郵政儲金一年期定期存款固定利率按日加計利息一併繳納；逾期九十日仍未繳納者，處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰。
家戶違反第十一條第九項所定自治法規，未於期限內繳納費用且逾九十日仍未繳納者，地方政府應對該家戶處新臺幣一千五百元以上三萬元以下罰鍰。
前項處罰鍰額度應依違規情節裁處；其裁罰準則由地方政府定之，不適用第六十六條之一規定。
違反第十四條第一項未取得排放許可證或簡易排放許可文件而排放廢（污）水者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，主管機關並應令事業全部停工或停業；必要時，應勒令歇業。
違反第十四條第一項未依排放許可證或簡易排放許可文件之登記事項運作者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
違反第十四條第二項，處新臺幣一萬元以上六十萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰。
違反依第十三條第四項或第十八條所定辦法規定者，處新臺幣一萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
排放廢（污）水違反第十八條之一第一項、第二項或第四項規定者，處新臺幣六萬元以上二千萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
污水下水道系統違反第十九條規定者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰。
事業或污水下水道系統違反第二十條第一項未取得貯留或稀釋許可文件而貯留或稀釋廢（污）水者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，主管機關並應令事業全部停工或停業；必要時，應勒令歇業。
事業或污水下水道系統違反第二十條第一項未依貯留或稀釋許可文件之登記事項運作者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
事業或污水下水道系統違反第二十一條第一項或依第二十一條第二項所定辦法者，處新臺幣一萬元以上十萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰。
廢（污）水處理專責人員違反依第二十一條第二項所定辦法者，處新臺幣一萬元以上十萬元以下罰鍰；必要時，得廢止其廢水處理專責人員合格證書。
違反第二十三條第一項或依第二十三條第二項所定管理辦法者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停業，必要時，並得廢止其許可證或勒令歇業。
規避、妨礙或拒絕第二十六條第一項之查證者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並得按次處罰及強制執行查證工作。
違反第二十七條第一項、第四項規定者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
違反第二十八條第一項規定者，處新臺幣一萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
違反第三十條第一項各款情形之一或第三十一條第一項規定者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停止作為或停工、停業，必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
違反第三十二條第一項規定，將廢（污）水注入地下水體或未取得排放土壤處理許可證而排放廢（污）水於土壤者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰；主管機關並應令事業全部停工或停業；必要時，應勒令歇業。
違反第三十二條第一項未依排放土壤處理許可證之登記事項運作者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
違反第三十三條第一項、第二項規定者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停止貯存或停工、停業，必要時，並得勒令歇業。
違反本法規定，經認定情節重大者，主管機關得依本法規定逕命停止作為、停止貯存、停工或停業；必要時，並勒令歇業。
依第二十條第三項、第二十二條、第三十一條第二項、第三十二條第四項或第三十三條第二項有申報義務，不為申報者，處新臺幣六千元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期申報，屆期未申報或申報不完全者，按次處罰。
本法所定屆期仍未補正或完成改善之按次處罰，其限期改善或補正之期限、改善完成認定查驗方式、法令執行方式及其他應遵行事項之準則，由中央主管機關定之。
事業及污水下水道系統於改善期間，排放之廢（污）水污染物項目超過原據以處罰之排放濃度或氫離子濃度指數更形惡化者，應按次處罰。
同一事業設置數放流口，或數事業共同設置廢水處理設施或使用同一放流口，其排放廢水未符合放流水標準或本法其他規定者，應分別處罰。
廢(污)水處理設施發生故障時，符合下列規定者，於故障發生二十四小時內，得不適用主管機關所定標準：一、立即修復或啟用備份裝置，並採行包括減少、停止生產或服務作業量或其他措施之應變措施。
二、立即於故障紀錄簿中記錄故障設施名稱及故障時間，並向當地主管機關以電話或電傳報備，並記錄報備發話人、受話人姓名、職稱。
三、於故障發生二十四小時內恢復正常操作或於恢復正常操作前減少、停止生產及服務作業。
四、於五日內向當地主管機關提出書面報告。
五、故障與所違反之該項放流水標準有直接關係者。
六、不屬六個月內相同之故障。
前項第四款書面報告內容，應包括下列事項：一、設施名稱及故障時間。
二、發生原因及修復方法。
三、故障期間所採取之污染防治措施。
四、防止未來同類故障再發生之方法。
五、前項第一款及第二款有關之證據資料。
六、其他經主管機關規定之事項。
事業未於依第四十條、第四十三條、第四十六條或第五十三條所為通知改善之期限屆滿前，檢具符合主管機關所定標準或其他規定之證明文件，送交主管機關收受者，視為未完成改善。
依本法通知限期補正、改善或申報者，其補正、改善或申報期間，不得超過九十日。
事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施，因天災或其他不可抗力事由，致不能於改善期限內完成改善者，應於其原因消滅後繼續進行改善，並於十五日內以書面敘明理由，檢具有關證明文件，向當地主管機關申請核定賸餘期間之起算日。
事業經停業、部分或全部停工者，應於復工（業）前，檢具水污染防治措施及污泥處理改善計畫申請試車，經審查通過，始得依計畫試車。
其經主管機關命限期改善而自報停工（業）者，亦同。
前項試車之期限不得超過三個月，且應於試車期限屆滿前，申請復工（業）。
主管機關於審查試車、復工（業）申請案期間，事業經主管機關同意，在其申報可處理至符合管制標準之廢（污）水產生量下，得繼續操作。
前項復工（業）之申請，主管機關應於一個月期間內，經十五日以上之查驗及評鑑，始得按其查驗及評鑑結果均符合管制標準時之廢（污）水產生量，作為核准其復工（業）之製程操作條件。
事業並應據以辦理排放許可登記事項之變更登記。
經查驗及評鑑不合格，未經核准復工（業）者，應停止操作，並進行改善，且一個月內不得再申請試車。
事業於申請試車或復工（業）期間，如有違反本法規定者，主管機關應依本法規定按次處罰或命停止操作。
事業應將依前條第一項所提出之水污染防治措施及污泥處理改善計畫，登載於中央主管機關所指定之公開網頁供民眾查詢。
主管機關為前條第一項審查時，應給予利害關係人及公益團體於主管機關完成審查前表示意見，作為主管機關審查時之參考；於會議後應作成會議紀錄並公開登載於前項中央主管機關指定之網頁。
本法所定之處罰，除另有規定外，在中央由行政院環境保護署為之，在直轄市由直轄市政府為之，在縣(市)由縣(市)政府為之。
本法之停工或停業、撤銷、廢止許可證之執行，由主管機關為之；勒令歇業，由主管機關轉請目的事業主管機關為之。
依本法處罰鍰者，其額度應依污染特性及違規情節裁處。
前項裁罰準則由中央主管機關定之。
違反本法義務行為而有所得利益者，除應依本法規定裁處一定金額之罰鍰外，並得於所得利益之範圍內，予以追繳。
為他人利益而實施行為，致使他人違反本法上義務應受處罰者，該行為人因其行為受有財產上利益而未受處罰時，得於其所受財產上利益價值範圍內，予以追繳。
行為人違反本法上義務應受處罰，他人因該行為受有財產上利益而未受處罰時，得於其所受財產上利益價值範圍內，予以追繳。
前三項追繳，由為裁處之主管機關以行政處分為之；所稱利益得包括積極利益及應支出而未支出或減少支出之消極利益，其核算及推估辦法，由中央主管機關定之。
各級主管機關依第十一條第六項設置之特種基金，其來源除該條第一項水污染防治費徵收之費用外，應包括各級主管機關依前條追繳之所得利益及依本法裁處之部分罰鍰。
前項基金來源屬追繳之所得利益及依本法裁處之罰鍰者，應優先支用於該違反本法義務者所污染水體之整治。
民眾得敘明事實或檢具證據資料，向直轄市、縣（市）主管機關檢舉違反本法之行為。
直轄市、縣（市）主管機關對於檢舉人之身分應予保密；前項檢舉經查證屬實並處以罰鍰者，其罰鍰金額達一定數額時，得以實收罰鍰總金額收入之一定比例，提充獎金獎勵檢舉人。
前項檢舉及獎勵之檢舉人資格、獎金提充比例、分配方式及其他相關事項之辦法，由直轄市、縣（市）主管機關定之。
第五章附則
各級主管機關依本法核發許可證、受理變更登記或各項申請之審查、許可，應收取審查費、檢驗費或證書費等規費。
前項收費標準，由中央主管機關會商有關機關定之。
本法所定各項檢測之方法及品質管制事項，由中央主管機關指定公告之。
事業、污水下水道系統應將主管機關核准之水污染防治許可證（文件）、依本法申報之資料，與環境工程技師、廢水處理專責人員及環境檢驗測定機構之證號資料，公開於中央主管機關指定之網站。
各級主管機關基於水污染防治研究需要，得提供與研究有關之事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施之個別或統計性資料予學術研究機關（構）、環境保護事業單位、技術顧問機構、財團法人；其提供原則，由中央主管機關公告之。
各級主管機關得於中央主管機關指定之網站，公開對事業、污水下水道系統、建築物污水處理設施、環境工程技師、廢水處理專責人員、環境檢驗測定機構查核、處分之個別及統計資訊。
水污染受害人，得向主管機關申請鑑定其受害原因；主管機關得會同有關機關查明後，命排放水污染物者立即改善，受害人並得請求適當賠償。
地面水體發生污染事件，主管機關應令污染行為人限期清除處理，屆期不為清除處理時，主管機關得代為清除處理，並向其求償清理、改善及衍生之必要費用。
前項必要費用之求償權，優於一切債權及抵押權。
為保全前條主管機關代為清理之債權、違反本法規定所裁處之罰鍰及第六十六條之二追繳所得利益之履行，主管機關得免提供擔保向行政法院聲請假扣押、假處分。
事業、污水下水道系統違反本法或依本法授權訂定之相關命令而主管機關疏於執行時，受害人民或公益團體得敘明疏於執行之具體內容，以書面告知主管機關。
主管機關於書面告知送達之日起六十日內仍未依法執行者，受害人民或公益團體得以該主管機關為被告，對其怠忽執行職務之行為，直接向高等行政法院提起訴訟，請求判令其執行。
高等行政法院為前項判決時，得依職權判命被告機關支付適當律師費用、監測鑑定費用或其他訴訟費用予對維護水體品質有具體貢獻之原告。
第一項之書面告知格式，由中央主管機關會商有關機關定之。
本法第四十條、第四十三條、第四十六條、第四十六條之一、第四十九條、第五十二條、第五十三條及第五十四條所稱之情節重大，係指下列情形之一者：一、未經合法登記或許可之污染源，違反本法之規定。
二、經處分後，自報停工改善，經查證非屬實。
三、一年內經二次限期改善，仍繼續違反本法規定。
四、工業區內事業單位，將廢（污）水納入工業區污水下水道系統處理，而違反下水道相關法令規定，經下水道機構依下水道法規定以情節重大通知停止使用，仍繼續排放廢（污）水。
五、大量排放污染物，經主管機關認定嚴重影響附近水體品質。
六、排放之廢（污）水中含有有害健康物質，經主管機關認定有危害公眾健康之虞。
七、其他經主管機關認定嚴重影響附近地區水體品質之行為。
主管機關應公開依前項規定認定情節重大之事業，由提供優惠待遇之目的事業主管機關或各該法律之主管機關停止並追回其違規行為所屬年度之優惠待遇，並於其後三年內不得享受政府之優惠待遇。
前項所稱優惠待遇，包含中央或地方政府依法律或行政行為所給予該事業獎勵、補助、捐助或減免之租稅、租金、費用或其他一切優惠措施。