本標準依水污染防治法（以下簡稱本法）第六十七條第二項規定訂定之。
主管機關依本法受理水污染防治措施計畫（以下簡稱水措計畫）或各項許可證（文件）之審查登記、變更、展延之核發、預鑄式建築物污水處理設施之審定登記、營建工地逕流廢水污染削減計畫及其他應收取審查費之審查項目申請，應依附表一、附表二所列費額收取。
前項附表一所定專責單位或人員設置規模之認定，依主管機關核定設置之規模辦理。
但主管機關尚未核定設置規模者，依事業或污水下水道系統申請之廢（污）水產生每日最大量，認定其專責單位或人員設置規模，收取審查費。
事業或污水下水道系統同時提出數項申請審查項目者，其應繳納審查費應依審查項目分別計算，合併繳費。
但事業或污水下水道系統許可證（文件）之申請、變更及展延屬下列情形之一者，主管機關應合併審查，其審查費僅依其中最高者計費：一、與排放土壤許可併同提出申請。
二、展延涉及變更，併同辦理。
主管機關依本法受理水措計畫、各項許可證（文件）、預鑄式建築物污水處理設施審定登記、營建工地逕流廢水污染削減計畫之下列變更，免收取審查費：一、基本資料。
二、廢（污）水水量或污泥量之計測設施、計量方式及其校正維護方法。
三、經主管機關通知換發相關許可證（文件）者。
主管機關依本法核發水措計畫核准文件、各項許可證（文件）、預鑄式建築物污水處理設施審定登記文件，應收取證書費新臺幣五百元。
因毀損或滅失申請換發、補發者，亦同。
本標準所規定之各項費用繳納後，有誤繳或溢繳情形，除依規費法第十八條規定外，不得以任何理由要求退費或保留。
經中央主管機關委託之機關依本法第十三條第一項規定辦理水措計畫之審查登記、變更或展延之核發時，適用本收費標準，收取審查費及證書費。