為防治水污染，確保水資源之清潔，維護生態體系，改善生活環境，增進國民健康，特依水污染防治法（以下簡稱本法）第十一條第六項規定，設置水污染防治基金（以下簡稱本基金），並依同條項及預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，隸屬於環境保護基金項下，編製附屬單位預算之分預算，以行政院環境保護署（以下簡稱本署）為主管機關。
本基金之來源如下：一、依本法第十一條第一項徵收之水污染防治費分配收入。
二、本基金之孳息收入。
三、本署依本法第六十六條之二追繳之所得利益及依本法裁處之部分罰鍰。
四、其他有關之收入。
本基金之用途如下：一、地面水體污染整治與水質監測。
二、飲用水水源水質保護區水質改善。
三、水污染總量管制區水質改善。
四、水污染防治技術之研究發展、引進及策略之研發。
五、執行收費工作所需人員之聘僱。
六、辦理各項水污染防治工作之貸款信用保證。
七、其他有關水污染防治工作。
本基金來源屬前條第三款者，應優先支用於該違反本法義務者所污染水體之整治。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
本基金之收支、保管及運用，應設水污染防治基金管理會（以下簡稱本會），置委員十七人至二十三人，其中一人為召集人，由本署署長指定副署長一人兼任；其餘委員由本署署長遴聘有關機關（構）代表、學者、專家及民間團體代表擔任，並指定一人兼任副召集人。
前項學者、專家及民間團體代表，不得少於委員總人數三分之二。
本會委員任期二年，期滿得續聘之；均為無給職。
本會之任務如下：一、本基金收支、保管及運用之審議。
二、本基金年度預算及決算之審議。
三、本基金運用執行情形之考核。
四、其他有關事項。
本會委員由機關（構）或民間團體代表出任者，其職務異動時，應改派代表補足原任期；專家或學者出缺時，應予補聘，其任期至原聘任委員任期屆滿之日止。
本會置執行秘書一人，承召集人之命，綜理會務；副執行秘書一人及工作人員若干人，辦理所任事務；均由召集人就本署現職人員派兼之。
本會每半年開會一次，必要時得召開臨時會議，均由召集人召集之；召集人因故不能出席時，由副召集人代理之。
本會之會議應有全體委員過半數之出席始得開會；應有出席委員過半數之同意始得決議；正反意見同數時，取決於主席。
前項會議，委員應親自出席，不得代理。
但由機關（構）代表及民間團體代表兼任之委員，因故不能出席時，得指派代表出席，並參與會議發言及表決。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。
本辦法施行日期，由主管機關定之。
本辦法修正條文自發布日施行。