本辦法依水污染防治法（以下簡稱本法）第十一條第五項規定訂定之。
水污染防治費由中央主管機關考量直轄市、縣（市）主管機關下列水污染防治工作需求予以分配：一、水污染防治績效考核計畫之考核結果。
二、水污染防治執行計畫。
三、其他經中央主管機關認定之方式工作需求。
中央主管機關於每年四月依直轄市、縣（市）主管機關前一年水污染防治績效考核結果核算分配百分比（附表一），乘以當年提報水污染防治執行計畫之重點工作預算編列情形評定之係數（附表二），據以計算次一年水污染防治費撥交比率。
中央主管機關於直轄市、縣（市）轄區內徵收水污染防治費總額乘以前項撥交比率核算結果，即為該直轄市、縣（市）主管機關應得之款項。
直轄市、縣（市）主管機關應於每年三月提送當年度水污染防治執行計畫，其內容應包含重點水污染防治工作項目及執行方式、預期效益、經費明細、預算書等，供中央主管機關審核。
中央主管機關除依第三條核算外，得依直轄市、縣（市）主管機關提報之水污染防治執行計畫，另行分配核定直轄市、縣（市）主管機關執行經費。