本辦法依農產品生產及驗證管理法（以下簡稱本法）第十八條第二項規定訂定之。
本法第十八條第一項所稱農民，指實際從事農業生產工作，並具下列資格之一者：一、農糧類：為農民健康保險被保險人、全民健康保險第三類被保險人，或行政院農業委員會百大青年農民。
二、水產類：具漁業執照、定置漁業權執照、養殖漁業登記證、區劃漁業權執照或專用漁業權入漁資格之漁民。
三、林產類：森林所有人或森林法第四條所定視為森林所有人。
本法第十八條第一項所稱農民團體，指農會、漁會或農業合作社。
本法第十八條第一項所稱農產品加工設施，指依申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法容許使用之下列加工設施：一、農糧類：農糧產品加工室、碾米機房。
二、水產類：水產品初級加工設施。
三、林產類：林業機具室。
前項設施申請登記之加工作業區樓地板面積以二百平方公尺為上限。
申請農產品初級加工場登記，應符合下列條件：一、使用原料為本法第十八條第一項之農產品。
二、符合本法第十八條第三項規定由中央主管機關公告之特定品項加工產品及其加工方式。
三、加工設施為自有或配偶、直系血親所有。
四、農民團體加工設施坐落之土地須為自有。
但林產類加工設施得坐落於承租國有、公有土地。
五、用水來源須為合法。
六、加工設施及其坐落土地符合土地使用管制或建築法令規定。
七、產製食品之加工場作業場所符合食品良好衛生規範準則規定。
八、申請人或其從業人員至少一人取得中央主管機關指定機關（構）、學校或法人辦理下列教育訓練之最近三年及格證書。
但申請人為農民團體者，其從業人員應有二人以上取得下列各目所定及格證書：（一）農糧類：加工技術及食品安全衛生教育訓練四十小時以上。
（二）水產類：加工技術及食品安全衛生教育訓練四十小時以上及食品安全管制系統教育訓練三十小時以上。
（三）林產類：加工技術及作業人員與安全衛生教育訓練四十小時以上。
但供食用者，依第一目規定辦理。
申請農產品初級加工場登記，應填具申請書，並檢附下列文件、資料，向農產品加工設施所在地之直轄市、縣（市）主管機關提出：一、申請人之身分證明或農民團體設立文件影本。
二、申請人符合第二條所定資格之證明文件影本。
三、使用原料為本法第十八條第一項農產品之證明文件。
四、經營計畫。
五、加工設施之農業用地作農業設施容許使用同意書（以下簡稱容許使用同意書）及使用執照影本或產權移轉證明文件。
但有下列情形之一者，不在此限：（一）加工設施容許使用同意書之申請人為農產品初級加工場登記之申請人或其配偶、直系血親者，免附產權移轉證明文件。
（二）免申請建築執照者，免附使用執照影本。
六、農民團體應檢附加工設施坐落土地之最近一個月內土地登記第二類謄本或國有、公有土地承租契約書。
七、使用合法水源之證明文件。
八、申請人或其從業人員符合第四條第八款所定教育訓練及格證書影本。
九、其他主管機關指定之文件。
前項第四款經營計畫，應包括下列事項：一、加工使用之主要原料、來源、年使用量、加工方式、品項、製成率及規劃產能。
二、加工製程所需之機器設備清冊。
三、加工製程之流程圖及說明。
四、建築物、加工作業區及加工設施（備）配置圖說。
申請農產品初級加工場登記案件，經書面審查及實地勘查合格者，由直轄市、縣（市）主管機關發給農產品初級加工場登記證。
前項農產品初級加工場登記證應記載事項如下：一、農產品初級加工場名稱、地址及負責人姓名。
二、加工產品品項及加工方式。
三、加工作業區之樓地板面積。
四、登記證字號。
五、有效期間。
直轄市、縣（市）主管機關辦理第一項之書面審查，必要時得邀請具農產加工專業之農業試驗改良場（所）、學校、法人代表或專家學者協助審查申請人檢附之經營計畫。
申請農產品初級加工場登記案件，有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關應予駁回：一、申請案件不符合規定，其情形可補正者，應通知申請人限期補正；不能補正、屆期仍未補正或經補正仍未符合規定。
二、申請人資格未符合第二條規定。
三、加工設施未符合第三條規定。
四、未符合第四條所定條件。
五、經營計畫內容不合理，或設施與初級加工場經營之必要性不相當。
取得農產品初級加工場登記證者，應依核定之登記事項及經營計畫經營。
農產品初級加工場登記事項或經營計畫內容欲變更者，申請人應事先向直轄市、縣（市）主管機關提出申請。
但地址變更者，應依第五條規定重新申請登記。
農產品初級加工場登記證之有效期限為五年；期滿前三個月至六個月內，農民或農民團體得填具申請書，並檢附下列文件、資料，向直轄市、縣（市）主管機關申請展延，每次展延不得超過五年：一、符合第二條所定資格之證明文件影本。
二、原核定之經營計畫。
三、最近一年加工使用之主要原料來源及產品出貨紀錄。
四、原核發之農產品初級加工場登記證。
前項展延之申請經審查合格者，直轄市、縣（市）主管機關應就原登記證字號換發農產品初級加工場登記證。
逾有效期限申請者，應依第五條規定重新申請登記。
農產品初級加工場產製之加工產品，其為食品者，應符合糧食管理法或食品安全衛生管理法之規定；非供食用之商品者，應符合商品標示法之規定。
農產品初級加工場產製之加工產品，應記錄使用原料來源、使用原料數量、加工作業、非屬自然人之販賣對象、數量及金額；相關佐證資料及紀錄，應至少保存五年。
農產品初級加工場從業人員從業期間，每年應接受主管機關或經主管機關認可之食品衛生相關機構舉辦之衛生講習八小時以上。
但林產類非供食用之農產品初級加工場從業人員，不在此限。
直轄市、縣（市）主管機關應每年定期辦理農產品初級加工場查核一次以上，並得不定期查核；必要時，中央主管機關亦得實施查核。
農產品初級加工場不得規避、妨礙或拒絕主管機關依前項辦理之查核，或提供不實資料、紀錄。
直轄市、縣（市）主管機關辦理第一項之查核，應於每年三月三十一日前向中央主管機關提送前一年度之查核成果報告。
農產品初級加工場有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止其登記證：一、農民或農民團體喪失第二條所定資格。
二、加工設施之容許使用同意書或使用執照經撤銷或廢止。
三、加工設施已非申請人自有或其配偶、直系血親所有。
四、農民團體加工設施坐落之土地已非自有，或其林產類加工設施坐落之國有、公有土地已無租賃關係。
五、加工設施或其坐落土地違反土地使用管制或建築法令規定。
六、規避、妨礙或拒絕主管機關之查核，或提供不實資料、紀錄。
七、連續一年未營運。
八、產製之加工產品為食品者，違反糧食管理法或食品安全衛生管理法規定，或產製非供食用之商品者，違反商品標示法之規定，且情節重大。
有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關得通知限期改善，屆期未改善者，得廢止其登記證：一、使用非本法第十八條第一項農產品為原料。
二、使用水源已非合法。
三、產製食品之加工場作業場所未符合食品良好衛生規範準則規定。
四、營運期間未符合第四條第八款應取得教育訓練及格證書人數規定，且未於六個月內補足。
五、未依核定之經營計畫及登記事項經營。
六、未依第八條第二項規定辦理登記事項或經營計畫內容變更。
七、未依第十一條第一項規定辦理記錄或保存相關佐證資料、紀錄。
八、從業人員未依第十一條第二項規定接受衛生講習，三年內達二人次以上。
第一項第八款所稱情節重大，由直轄市、縣（市）主管機關審酌違規人之違規次數、違規產品流通數量及金額、違法持續期間、違法所得利益、對消費者損害程度等事項綜合認定之。
依第一項或第二項規定廢止登記證者，原申請人自廢止日起二年內，不得申請登記。
直轄市、縣（市）主管機關辦理產製食品之農產品初級加工場實地勘查或查核，應會同衛生主管機關辦理之。
直轄市、縣（市）主管機關依第六條、第八條及第九條辦理農產品初級加工場登記證之核發、換發、變更，或依第十三條廢止登記證後，應於十日內登錄於中央主管機關指定之資訊系統。
直轄市、縣（市）主管機關得輔導產製食品之農產品初級加工場至食品藥物業者登錄平台辦理登錄。