本辦法依肥料管理法(以下簡稱本法)第二十二條第二項規定訂定之。
主管機關得派員至製造、輸入或販賣業者之製造、加工、包裝、倉儲、陳列、販賣等場所執行肥料查驗工作。
肥料查驗人員執行前項任務時，應出示肥料查驗證，業者不得規避、拒絕或妨礙。
主管機關應辦理肥料查驗之事項如下：一、有關本法第五條至第十條、第十八條第一項第一款及第二款所規定之肥料登記相關事項。
二、有關本法第十二條、第十三條、第十七條及第十八條第一項第三款所規定之肥料包裝、標示相關事項。
三、有關本法第十四條第一項、第十八條第一項第四款所規定之肥料品質相關事項。
四、有關本法第十九條、第二十條所規定之肥料廣告、宣傳相關事項。
五、有關本法第二十一條所規定之肥料製造或輸入、銷售及庫存記錄。
主管機關查驗肥料，應注意下列事項：一、肥料未列入標準檢驗主管機關應施檢驗品目者，應加強其品質抽驗。
二、製造、輸入之有機質肥料及微生物肥料，應加強其製造、加工、包裝及倉儲場所之檢查。
三、由工廠直接運至農地施用之堆肥，應至堆肥工廠（場）加強品質抽驗。
四、有機質肥料及微生物肥料之有害成分應加強抽驗。
抽驗之範圍不以肥料種類品目及規格所列之有害成分為限。
五、肥料廣告檢查範圍，包括電視、書報刊、雜誌、傳單、海報、看板及網路等廣告媒體。
主管機關執行肥料查驗需抽取樣品時，應將肥料充分混和攪拌後取樣二份，固態肥料每份至少五百公克，液態肥料每份至少三百公撮。
小包裝肥料得整件抽取，不予拆封，每件樣品重（容）量至少應在一百公克（公撮）以上。
微生物肥料類整件抽取，不予拆封。
前項抽取之肥料樣品應裝入密封袋（罐）內，會同肥料業者封緘，連同拆封之包裝、容器及標示等物品攜回。
主管機關應於十四日內將樣品一份送標準檢驗主管機關或經中央主管機關指定之檢驗單位檢驗，微生物肥料類應以陳列販賣之環境溫度運送，另一份樣品及拆封之包裝、容器及標示等物品由主管機關留存，微生物肥料類應以陳列販賣之環境溫度留存。
主管機關抽取肥料樣品，應給付價款，或開具單據。
抽驗之肥料，含有肥料種類品目及規格所訂之該項肥料品目所列以外有害成分者，其最高含量之限制比照同種類肥料之規定；同種類之肥料未定該項有害成分最高限制者，由中央主管機關專案核定。
主管機關應於接獲送驗肥料之檢驗報告十日內，將結果通知肥料業者；肥料業者對檢驗結果有異議時，得於接到通知十五日內，向主管機關申請就留存之樣品辦理複驗，但以一次為限。
前項複驗費用，由肥料業者負擔。
肥料經查驗結果，如有違反本法規定情事者，主管機關應於十日內通知肥料業者。
肥料業者如有異議，得向主管機關陳述意見，主管機關經斟酌全部陳述意見與查驗事實及證據後，將處分決定及理由通知當事人。
不符合本法規定之肥料，業者應依主管機關規定之期限處理，其處理方式如下：一、未具肥料登記證者，應補辦登記。
二、未包裝及標示，或標示不明、不全、不實者，應重新包裝及標示，或更正標示。
三、可改製使用或作其他用途者，向當地直轄市或縣(市)主管機關提出改製計畫，經轉報中央主管機關核可後改製之；無使用價值者，廢棄或銷燬之，並應依廢棄物清理相關法令辦理。
肥料業者應在規定處理期限屆滿後七日內，將處理情形報主管機關備查。
肥料經證實有危害土壤、植物或國民健康者，肥料業者應於接獲主管機關通知三十日內收回市售品，連同庫存品一併銷燬，並將處理情形報主管機關備查。
主管機關依本法第二十二條第二項規定公告查驗肥料之結果，其內容應包括製造、輸入或販賣業者名稱、地址、負責人姓名、肥料品目、商品名稱、登記證字號及違反本法情節等相關資料。
主管機關依本法第二十三條第一項規定執行封存肥料時，應注意下列事項：一、封存之肥料，應置放於安全地點，避免有日晒、受潮或雨淋等情形，並由業者出具切結保管。
二、執行封存肥料應拍照存證。
前項肥料經鑑定結果，未違反本法規定者，應即通知業者得予啟封。
主管機關查驗肥料，發現有違反其他法令規定時，應通知各該法令主管機關處理。