本辦法依有機農業促進法（以下簡稱本法）第十一條第五項規定訂定之。
機構或法人經營認證業務，應具備下列資格：一、依ISO/IEC17011建立及實施驗證機構符合性評鑑制度，簽署產品驗證機構認證領域多邊相互承認協議。
二、為國際認證論壇（InternationalAccreditationForum；IAF）之會員。
機構或法人經營認證業務，應檢附下列文件，向中央主管機關申請許可：一、機構或法人之設立或登記證明文件影本。
二、前條第一款協議影本。
三、辦理認證業務所需相關文件。
四、其他經中央主管機關指定之文件。
前項第三款所定文件如下：一、品質手冊。
二、辦理認證之範圍。
三、辦理認證之地區、國家。
四、認證基準：指就經營驗證業務資格予以審查之基準；其應包括事項如附件。
五、評鑑程序；其應包括初次評鑑程序、追蹤評鑑程序、展延評鑑程序及增列評鑑程序。
六、評鑑人力；其應包括人力之遴選、訓練、派遣、考核規定，及合格評鑑人員每二年至少接受一次中央主管機關或其指定機關（構）、法人辦理之訓練，並取得證明文件之規定。
七、辦理評鑑作業規定。
八、認證契約範本。
九、收費基準。
機構或法人依前條申請許可經審查通過者，中央主管機關應發給認證機構許可證明文件；其應記載事項如下：一、認證機構之名稱及地址。
二、得辦理認證之範圍。
三、得辦理認證之地區、國家。
四、許可有效期間。
前項第二款所定認證範圍如下：一、有機作物。
二、有機畜產。
三、有機水產。
四、非供食用之有機林產。
五、有機加工、分裝及流通。
第一項第四款之許可有效期間為五年；期滿一年前，認證機構得檢附第二條第一款協議影本，向中央主管機關申請許可展延，每次展延期間不得超過五年。
前條第一項第一款至第三款許可事項有變更者，認證機構應檢附相關文件，向中央主管機關申請變更許可。
認證機構申請前條第一項第一款之變更許可，應於事實發生後三十日內，向中央主管機關提出。
認證機構修正或廢止依第三條第二項擬訂之文件，除第三條第二項第四款之認證基準應報中央主管機關核定外，其他各款文件，應報中央主管機關備查。
認證機構受理機構、學校或法人申請認證，經依初次評鑑程序審查具備認證基準所定辦理驗證業務所需之能力者，應與其簽訂認證契約，並發給驗證機構認證證書。
前項認證證書應記載事項如下：一、驗證機構之名稱及地址。
二、適用之認證基準。
三、認證範圍及驗證方式。
四、得辦理驗證業務之地區、國家。
五、認證證書字號。
六、認證機構名稱。
七、發證日期及認證有效期間。
前條第二項第三款驗證方式，包括個別驗證及集團驗證。
自然人以外之農產品經營者符合下列條件者，得申請集團驗證：一、設有管理中心負責業務規劃及執行。
二、集團成員採行管理中心建立之品質管理系統，且持續接受管理中心之監督，並符合其規範及要求。
三、產製之有機農產品及有機轉型期農產品以集團名義標示銷售。
認證機構對經其認證合格之驗證機構，應每年至少實施一次追蹤評鑑，確認驗證機構於認證有效期間內持續符合認證基準。
驗證機構認證證書有效期間為三年，有效期間屆滿六個月前，驗證機構得申請展延評鑑；逾期申請者，應重新申請認證。
認證機構對於驗證機構申請展延評鑑，經依展延評鑑程序審查合格者，應准予展延並發給認證證書，每次展延期間不得超過三年。
驗證機構得就增加認證範圍、辦理驗證業務之地區、國家，向認證機構申請增列評鑑。
認證機構對於前項之申請，經依增列評鑑程序審查合格者，應換發認證證書。
驗證機構對於其認證範圍、辦理驗證業務之地區、國家之部分驗證業務不能繼續經營時，應即以書面通知認證機構。
認證機構於收到前項通知後，應減列該驗證機構不能經營部分，並換發認證證書。
驗證機構有下列情形之一者，認證機構得終止其認證資格或部分之驗證業務類別：一、欠缺認證基準所定辦理其認證範圍內所有驗證業務所需之能力。
二、欠缺認證基準所定辦理認證範圍內部分驗證業務所需之能力，且未依前條第一項規定通知認證機構。
三、未能依認證基準維持組織運作及立場公正獨立。
四、未能依其認證範圍相關規定辦理驗證業務，且情節重大。
五、經其驗證者有未符合依本法第十二條第三項所定驗證基準且情節重大，未能有效處理。
六、未能依本法第二十條第二項所定辦法，管理經其驗證通過者使用有機農產品標章，且情節重大。
七、經營認證範圍以外之驗證業務。
八、驗證紀錄或相關資料文件登載不實，且情節重大。
九、其他經認證機構評鑑結果，認有不符合認證基準之情形，且情節重大。
認證機構與驗證機構簽訂之認證契約，及經營認證業務所為之下列紀錄，應保存五年：一、第三條第二項各款文件擬訂、修正及廢止之紀錄。
二、依各項評鑑程序辦理驗證機構評鑑之紀錄。
三、依評鑑結果所為認證決定之紀錄。
四、評鑑人力之遴選、訓練、派遣及考核紀錄。
五、其他經中央主管機關指定之紀錄。
認證機構應就其經營之認證業務，每年三月三十一日前以書面向中央主管機關提送前一年度之執行成果報告。
中央主管機關得組成查核小組，對認證機構及其認證之驗證機構實施查核。
認證機構應將其認證之驗證機構名稱、地址、聯絡電話、認證範圍、得辦理驗證業務之地區與國家、認證有效期間及其他處置事項等資訊，揭露於認證機構網站。