本辦法依有機農業促進法（以下簡稱本法）第五條第四項規定訂定之。
農產品經營者符合下列情形之一，得於每年六月一日至六月三十日，就其實際從事有機農業生產之土地，向中央主管機關申請前一年六月一日至當年五月三十一日之獎勵及補貼，逾期不予受理：一、依本法第三條第十一款通過驗證者。
二、經中央主管機關指定之機關（構）、法人或團體認定符合本法第三條第三款之耕作方式，並登錄於中央主管機關指定資料系統之友善環境耕作者。
但土地曾依前款通過驗證，並經中央主管機關發給獎勵或補貼者，不得申請友善環境耕作土地獎勵。
農產品經營者於前項申請與獎勵及補貼期間，經驗證機構終止有機或有機轉型期驗證有案，不予獎勵及補貼。
機關、公營事業機構及公立學校所經營之農場、畜牧場、水產養殖場，不得申請獎勵及補貼。
農產品經營者依前條規定申請獎勵及補貼，應填具申請書並檢附下列文件影本，向中央主管機關提出：一、農產品經營者身分證明文件、設立登記文件或商業登記證明文件。
二、土地登記謄本、土地租賃契約或土地耕作使用同意書等文件。
三、有機農產品驗證證書、有機轉型期農產品驗證證書、從事友善環境實際耕作之證明文件（內容應包括農產品經營者姓名、聯絡地址、土地地段地號、面積、作物別及登錄日期等）。
四、其他經中央主管機關指定之文件。
第二條第一項所定獎勵及補貼，包含維護生態保育獎勵及有機農業生產補貼。
前項獎勵及補貼之基準如下：一、有機轉型期驗證土地得申請維護生態保育獎勵及有機農業生產補貼，同一土地獎勵及補貼最長三年，其金額如下：（一）水稻及蔬菜每年每公頃新臺幣六萬元，其他作物每年每公頃新臺幣八萬元。
同一土地混植作物，以較低之作物項目計算獎勵及補貼。
（二）畜牧場依登記面積每年每公頃新臺幣二十四萬元。
（三）水產養殖每年每公頃新臺幣八萬元。
二、有機驗證土地得申請維護生態保育獎勵，其金額如下：（一）作物每年每公頃新臺幣三萬元。
（二）畜牧場依登記面積每年每公頃新臺幣二十四萬元。
（三）水產養殖每年每公頃新臺幣三萬元。
（四）有機驗證土地因故回復為轉型期驗證者，仍依有機驗證土地獎勵基準予以獎勵。
三、友善環境耕作土地得申請維護生態保育獎勵，每年每公頃新臺幣三萬元，同一土地獎勵期間最長三年。
前項土地未滿一公頃，按比例發給。
第二項金額應按月計算，未滿一個月者，當月不予計算；因轉型期滿轉換為有機驗證，致同一土地於同月份同時具有機轉型期驗證及有機驗證資格，當月份按有機轉型期驗證土地獎勵及補貼基準計算金額。
有機農業生產採密閉型環控設施經營，或水泥、柏油等鋪面之土地面積，不予獎勵及補貼。
但畜牧場登記範圍之土地及設施不在此限。
依本法第七條第二項規定給予農產品經營者租金優惠之公有土地管理機關或國營事業，得於每年三月一日至四月三十日檢附土地清冊，向中央主管機關申請前一年度之租金優惠獎勵；採委託經營給予權利金優惠者，得比照之。
但中央主管機關或其所屬機關不得申請。
依前項規定申請獎勵之公有土地管理機關或國營事業，於申請獎勵時，應符合下列條件：一、土地仍作有機農業使用中。
二、具該土地之管理或所有權。
第一項獎勵基準，每年每公頃發給新臺幣一萬元，未滿一公頃，按比例發給。
前項金額應按月計算，未滿一個月者，當月不予計算。
推廣有機農業，有下列情形之一者，中央主管機關得給予獎勵：一、推動有機農業生產面積擴增，有具體成效。
二、發展有機農產品供應鏈，擴大行銷通路，有效提升有機產業規模著有實蹟。
三、從事有機農業教育訓練工作，培育有機農業人才，具有重大貢獻。
四、從事有機農業推廣工作，改善農民生活品質，具有重大貢獻。
五、輔導農民提升有機農業經營管理績效，有具體成效。
六、從事有機農業相關研究獲有特殊成果，對促進有機農業發展，具有重大貢獻。
七、維護生態保育及推動資源永續利用，促進有機農業發展，有具體成效。
前條獎勵方式如下：一、公開表揚。
二、頒發獎狀、獎牌或獎座。
三、發給獎金。
四、其他獎勵方式。
依本辦法領取獎勵或補貼者，有不符規定或虛偽不實，致不應領取或溢領者，中央主管機關應撤銷或廢止原獎勵或補貼處分，並以書面行政處分命其限期返還；屆期未返還者，依法移送行政執行。
所領取之獎狀、獎牌或獎座，應予註銷。
前項應返還之獎勵或補貼，得由次期獎勵或補貼扣抵。
本辦法所定中央主管機關應辦理之事項，得委任所屬機關或委託法人、團體為之。