第28條貨棧業者違反第五條第四項、第七條、第十二條、第十四條、第十七條、第十八條第三項或第二十四條應遵行事項，海關得依關稅法第八十六條規定，予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上一萬五千元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。