第29條貨棧業者違反第十一條、第十五條第一項、第三項、第四項、第十六條、第十八條第一項或第十九條第一項、第二項、第五項規定，海關得依關稅法第八十六條規定，予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。