為引進高級技術產業及科學技術人才，提升區域創新整合能量，以激勵國內產業技術之研究創新，並促進高級技術之產業發展，特制定本條例。
主管機關依本條例之規定，得選擇適當地點，報請行政院核定設置科學園區（以下簡稱園區）。
園區之設置與管理，依本條例之規定。
但其他法律之規定，對促進高級技術之產業發展較本條例更有利者，適用最有利之規定。
本條例所稱科學事業，指經核准在園區內成立從事高級技術產品或服務之開發、製造或研究發展之事業。
前項科學事業應為依法設立或經認許之公司、分公司或其他商業組織；其投資計畫須能配合我國產業之發展、使用或能培養較多之本國科學技術人員，且投入研發經費占營業額一定比例以上，並合於下列條件之一者為限：一、具有產品或服務設計能力及整體發展計畫。
二、產品或服務已經初期研究發展，正在成長中。
三、產品或服務具有發展及創新之潛力。
四、從事高級創新研究及發展工作。
五、可引進與培養高級科學技術人員，並需要較多研究發展費用。
六、對我國經濟建設或國防有重大助益。
本條例所稱園區事業，指科學事業與經核准在園區內設立以提供科學事業營運、管理或技術服務之事業。
除前項園區事業外，研究機構、創業育成中心亦得申請在園區設立營運。
創業育成中心之進駐對象，須以從事研究發展為限並不得量產，且經園區管理局（以下簡稱管理局）核准。
第二項機構設立營運之管理辦法，由主管機關定之。
園區業務由主管機關所屬各管理局辦理，掌理園區內下列事項：一、關於園區發展政策、策略及相關措施規劃之推動事項。
二、關於園區事業設立之審查事項。
三、關於科學技術研究創新與發展之推動事項。
四、關於吸引投資及對外宣傳事項。
五、關於財務之計劃、調度及稽核事項。
六、關於產品市場調查事項。
七、關於園區事業之營運輔導及服務事項。
八、關於產品檢驗發證、原產地證明書核發及貨品輸出入簽證事項。
九、關於電信器材進、出口查驗及護照憑證之簽發事項。
十、關於園區事業外籍人員延長居留申請之核轉事項。
十一、關於外籍或僑居國外專門性或技術性人員聘僱之許可及管理事項。
十二、關於減免稅捐相關證明之核發事項。
十三、關於外匯及貿易業務事項。
十四、關於預防走私措施事項。
十五、關於工商登記業務、工業用電證明事項。
十六、關於安全、防護事項。
十七、關於工商團體之業務事項。
十八、關於勞工行政、職業安全衛生、公害防治及勞動檢查事項。
十九、關於公有財產管理、收益事項。
二十、關於都市計畫之檢討及變更、非都市土地之檢討及變更編定、都市設計審議、土地使用管制與建築管理事項。
二十一、關於各項公共設施之建設及管理事項。
二十二、關於社區編定、開發及管理事項。
二十三、關於廠房、住宅、宿舍之興建及租售事項。
二十四、關於促進產學合作及技術訓練事項。
二十五、關於科學技術人才訓練及人力資源之獲得與調節事項。
二十六、關於通用之技術服務設施事項。
二十七、關於儲運單位及保稅倉庫之設立、經營或輔導管理事項。
二十八、關於公共福利事項。
二十九、關於園區事業業務及財務狀況查核事項。
三十、關於資訊管理網路運用及園區資訊化發展之推動事項。
三十一、有關園區環境保護工作之規劃推動執行與管理事項。
三十二、其他有關園區事業或機構之設廠或擴充規模之相關證照之核轉事項。
三十三、其他有關行政管理事項。
前項各款所定事項與各機關有關者，由各該事項之主管機關委託管理局辦理。
為辦理第一項各款所定事項，由主管機關會商各該事項之主管機關另定處理辦法。
管理局為辦理前條所列職掌應收取之服務收入及租金收入等，應設置作業基金，為下列各款之應用：一、科學園區之開發、擴充、改良、維護及管理等事項。
二、科學園區各項作業服務事項。
三、其他有關事項。
主管機關應邀集相關機關及專家學者成立園區審議會，就管理局所提下列事項審議之：一、園區企劃管理之決策及重大業務事項。
二、園區引進科學事業之種類及優先順序。
三、在園區內投資之申請案。
前項第一款及第二款事項經審議後，由主管機關報請行政院核定之。
園區內下列事項，由各該事項之主管機關核准設立之單位，受管理局指導、監督辦理之：一、稅捐之稽徵事項。
二、海關業務事項。
三、郵電業務事項。
四、電力、給水及其他有關公用事業之業務事項。
五、金融業務事項。
六、警察及消防業務事項。
七、土地行政事項。
八、其他公務機關服務事項。
前項第四款為對園區水、電進行有效之供應與管制，有關園區水、電供需調配、短缺預警及節水節能輔導管制辦法，由主管機關會同各該事項之主管機關定之。
主管機關為園區發展所需，且達一定規模時，應商請各級目的事業主管機關，設立實驗中小學、雙語部或雙語學校及幼兒園、托嬰中心。
雙語部或雙語學校之教師任用資格及學生入學資格，由教育部會同主管機關定之。
依第一項規定設立之學校運作經費，得由政府循預算程序之撥款，與學雜費、推廣教育及園區服務收入撥入數等收入支應，一切收支應納入作業基金管理。
投資申請人於申請核准後，應按管理局規定繳納保證金或同一金額政府債券，以保證投資之實施；其未依規定繳納者，廢止其投資核准。
前項保證金或政府債券於投資計畫全部完成時無息發還之。
如投資計畫經核准分期實施者，按實施投資金額比率發還；如未按投資計畫完成，經管理局廢止其投資案者，除不予發還保證金或政府債券外，並得令其遷出園區。
園區事業投資計畫實施後，未依經營計畫經營，且未經管理局核准延期或變更經營計畫者，得廢止其投資案並令其遷出園區。
有關投資計畫之實施、完成、延期、變更與廢止及其他相關事項之管理辦法，由主管機關定之。
園區事業每屆營業年度終了，應將經會計師簽證之決算書表送管理局查核；其業務及財務狀況之檢查，依相關法令規定辦理。
園區內之土地，其原屬其他機關管理者，管理局得申請撥用；原屬私有者，得予依法徵收。
園區得劃定一部分地區作為社區，並由管理局配合園區建設進度予以開發。
前項社區用地，除供公共設施及其必要之配合設施外，得配售予園區內被徵收土地或房屋之原所有權人供興建住宅使用；其配售土地及其他專案安置措施後讓售土地之辦法，由主管機關定之。
園區事業得依其需要向管理局申請租用園區土地，除應付租金外，並應負擔公共設施建設費用。
前項租金、費用之計收基準及其他相關事項之辦法，由主管機關定之。
租用第四項土地興建建築物，積欠租金總額逾四個月租額者，管理局得終止租約，收回租地，不受民法第四百四十條第三項及土地法第一百零三條第四款規定之限制。
公民營事業或財團法人，得在中華民國七十年五月二十日公告發布實施之擬訂新竹科學工業園區特定區主要計畫案範圍內取得土地，並向主管機關申請同意，且依第一條規定報請行政院核定後併入科學園區。
投資開發園區之公民營事業或財團法人，應規劃開發總面積至少百分之三十公共設施土地，其中綠地應占開發總面積百分之十以上，並負責管理維護。
第一項由民間取得土地開發之園區，其設置管理辦法，由主管機關擬訂，報請行政院核定。
公民營事業或財團法人，依法在當地市鄉鎮區毗鄰科學園區或科學園區特定區計畫範圍內取得土地，並向主管機關申請同意，且依第一條規定報請行政院核定後併入科學園區。
其設置管理辦法，由主管機關擬訂，報請行政院核定。
園區內之公園、綠地、標準廠房區通道及其他供公眾使用空間，其使用應符合其設置目的，且不得有長期占用或損害設施等影響公眾使用之情況；相關管理辦法，由主管機關定之。
因園區發展需求，申請變更已通過之園區環境影響說明書或評估書，其依環境影響評估相關法規規定應提變更內容對照表，且變更內容符合下列要件之一者，得由管理局報主管機關審查核定，送環境保護主管機關備查，不受環境影響評估法第十六條規定之限制：一、園區內坵塊之整併或分割。
二、園區內公共設施局部調整位置。
前項審查作業辦法，由主管機關會同中央環境保護主管機關定之。
園區內之廠房及社區內之員工宿舍，得由園區內設立之機構請准自建或由管理局興建租售。
前項廠房以租售與園區內設立之機構，員工宿舍以租與園區從業人員為限。
其售價及租金基準，由投資興建人擬訂報請管理局核定；租金基準不受土地法第九十七條規定之限制。
園區內私有廠房之轉讓，以供經核准設立之園區事業及研究機構使用為原則。
前項廠房及其有關建築物有下列情形之一者，管理局得依市價徵購之：一、未供經核准設立之機構使用。
二、使用情形不當。
三、高抬轉讓價格。
四、依第十一條規定應遷出園區。
依前項規定徵購廠房及其有關建築物時，對於原所有權人存於該廠房及其有關建築物內之一切物資，管理局得限期令其遷移或代為移置他處存放，費用及因遷移該物資所生之損害，由原所有權人負擔之。
廠房及其有關建築物之徵購辦法，由主管機關會商有關機關定之。
園區內之私有廠房及有關建築物有前條第二項第二款或第四款之情形，管理局得進行強制拍賣。
有前條第二項第二款得進行強制拍賣之情形時，管理局應公告及通知建物所有權人於二年期限內改善不當使用情形。
管理局依前項規定限期改善時，應囑託地政機關辦理註記登記。
二年期間不因所有權移轉而中斷，效力仍及於繼受人。
建物所有權人因有不可歸責之事由致遲誤之期間，應予扣除，如有正當理由者，並得請求延展之。
於前項期限內完成改善者，管理局應囑託地政機關辦理塗銷註記登記；屆期未完成改善者，管理局得處以建物所有權人該建物所在園區土地當期公告現值總額百分之十以下之罰鍰，並得通知建物所有權人於一個月內提出改善計畫。
管理局於接獲改善計畫後得通知建物所有權人進行協商，建物所有權人應於接獲進行協商之通知日起一個月內完成協商。
建物所有權人未依前項規定遵期提出改善計畫、屆期未與管理局完成協商或有前條第二項第四款情形者，管理局基於促進科學園區用地、廠房及有關建築物合於立法目的使用及發展國家經濟之公共利益，得作成書面處分並載明該廠房及有關建築物依查估市價審定之合理價格後，予以公開強制拍賣。
前項強制拍賣，由管理局囑託法務部行政執行署所屬各分署辦理之，其程序除本條另有規定外，準用行政執行法之規定。
前二項強制拍賣之廠房及有關建築物，如投標無效、應買人所出之最高價未達查估市價審定之合理價格，或不符合其他拍賣條件者，不得拍定。
前項情形，管理局得以同一或另定合理價格，依前三項規定囑託重行拍賣。
經拍定之廠房及有關建築物，不適用土地法或其他法令關於優先承買之規定，並應由法務部行政執行署所屬各分署通知地政機關塗銷註記登記、他項權利登記與限制登記，及除去租賃後，點交予拍定人。
管理局認無繼續拍賣之必要時，得向法務部行政執行署所屬各分署撤回囑託，並囑託地政機關塗銷註記登記。
前九項公告及通知事項、不可歸責事由扣除期間與請求延展期間之事由、囑託登記之事項、查估市價審定之方法、程序及應遵行事項、強制拍賣應買人之資格與應遵守取得廠房及有關建築物之使用條件、囑託及強制拍賣相關程序、與金錢債權執行程序競合及抵押權人參與分配之處理等相關事項之辦法，由主管機關定之。
自中華民國八十九年一月一日起，科學事業依公司法規定合併者，合併後存續或新設科學事業，得繼續承受消滅科學事業合併前，依法已享有而尚未屆滿或尚未抵減之租稅獎勵。
但適用免徵營利事業所得稅之獎勵者，應繼續生產消滅科學事業合併前受獎勵之產品或提供受獎勵之勞務，且以合併後存續或新設科學事業中，屬消滅科學事業原受獎勵且獨立生產之產品或提供之勞務部分計算之所得額為限；適用投資抵減獎勵者，以合併後存續或新設科學事業中，屬消滅科學事業部分計算之應納稅額為限。
合於第四條第二項規定之分公司，不適用本條之規定。
主管機關得報經行政院核准於園區內，劃定保稅範圍，賦予保稅便利。
為確保保稅便利，前項保稅範圍內保稅貨品之加工、管理、自行點驗進出區及按月彙報、通關、產品內銷應辦補稅程序及其他應遵行事項之辦法，由主管機關會商財政部定之。
有關園區貨品之進出口貿易業務管理辦法，由主管機關會商有關機關定之。
園區事業自國外輸入自用機器、設備，免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
但於輸入後五年內輸往課稅區者，應依進口貨品之規定，課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
園區事業自國外輸入原料、物料、燃料、半製品、樣品及供貿易用之成品免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
但輸往課稅區時，應依進口貨品之規定，課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
園區事業以產品或勞務外銷者，其營業稅稅率為零，並免徵貨物稅。
但其以產品、廢品或下腳輸往課稅區時，除國內課稅區尚未能產製之產品，依所使用原料或零件課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅外，應依進口貨品之規定，課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅；其在課稅區提供勞務者，應依法課徵營業稅。
園區事業之保稅貨品因特殊原因，確需暫存於課稅區時，應經管理局核准，並依關稅法有關規定，向海關提供相當擔保後為之；其保稅貨品應於海關所定期限內運回。
依第一項及第二項規定免徵稅捐之進口貨品，應依關稅法有關規定辦理通關手續，無需辦理免徵、擔保、記帳及繳納保證金手續。
科學事業經管理局認定其科學技術對產業發展有特殊貢獻者，得減免其承租土地五年以內之租金。
園區事業之輸出入貨品，應依關稅法有關規定辦理通關手續。
前項貨品除經貿易主管機關規定，應申請簽證或核准者外，得免辦輸出入許可證。
但依其他法令須由其他機關審查或發證者，應依該機關相關規定辦理。
由課稅區廠商售供園區事業自用之機器、設備、原料、物料、燃料、半製品及樣品，視同外銷貨品。
前項貨品再行輸往課稅區時，應依進口貨品之規定，課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
園區事業無論由國外或國內購入之機器、設備、原料、物料、燃料、半製品、樣品及其所產生之廢品、下腳、產製之成品、半製品與供貿易用之成品，均應備置帳冊，據實記載貨品出入數量及金額。
帳載貨品如有缺損，經敘明正當理由報請管理局會同海關及稅捐稽徵機關查明屬實者，辦理徵免後，准在帳冊內剔除。
前項帳冊及貨品，管理局必要時得會同海關及稅捐稽徵機關派員查核。
主管機關得報經行政院核准，在行政院國家科學技術發展基金或其他開發基金內指撥專款，對符合園區引進條件之科學事業參加投資。
前項投資額對其總額之比例，依事業類別，由雙方以契約定之。
但投資額以不超過該科學事業總投資額百分之四十九為限。
管理局對園區事業所需人才培訓、創新技術研究發展、新創事業培育，及技術人員與儀器設備之交流運用，得選擇適當之學研機構進行產學合作；並得與相關機關（構）進行創新合作。
前項產學合作實施方式及技術人員與儀器設備之交流運用辦法，由主管機關定之。
管理局為辦理園區及周邊公共設施及維護安全與環境品質，得向園區內設立之機構收取管理費；為辦理第六條規定掌理之事項，除依規費法收取規費者外，得收取服務費，各機構並應於期限內繳納。
前項收取管理費、服務費之範圍、收費基準及其他相關事項之辦法，由主管機關定之。
園區事業之輸出入貨品，有私運或其他違法漏稅情事者，依海關緝私條例或其他有關法律之規定處理。
園區事業將經核准輸往課稅區之保稅貨品轉讓或變更用途者，應自轉讓或變更用途之翌日起三十日內，向海關按保稅貨品原型態補繳進口稅捐、貨物稅及營業稅。
未依規定補繳稅捐者，依關稅法有關規定辦理。
園區事業以保稅名義報運非保稅貨品進口逾規定期限自行申報補稅者，除補繳稅捐外，並自原料進口放行之翌日起至稅捐繳清之日止，就應補稅捐金額按日加徵萬分之五之滯納金。
但經海關查獲者，除補稅及加徵滯納金外，應另依海關緝私條例有關規定處分。
園區事業違反依第二十二條第二項所定有關保稅貨品之加工、管理、通關、產品內銷應辦補稅程序或其他強制或禁止規定者，海關得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下保稅業務之全部或一部。
園區內設立之機構不依第二十九條第一項規定期限繳納管理費者，管理局得通知其限期繳納；屆期仍不繳納者，處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰。
管理局並得停止園區事業一個月以上一年以下貨品之輸出入。
違反依第十六條管理辦法所定有關禁止占用或損害設施等影響公眾使用或其他管理事項者，處新臺幣一千二百元以上六千元以下罰鍰，並通知限期改善；屆期未改善者，得按次處罰。
管理局及海關得派員隨時抽查或複驗園區事業之保稅業務人員處理自行點驗進出區及按月彙報業務。
如經發現未據實辦理或未依規定期限辦理，海關得予以警告並限期改正，按次警告三次仍未完成改正者，得函請管理局暫停一年以內自行點驗進出區及按月彙報之資格；其情節重大者，得函請管理局廢止其自行點驗進出區及按月彙報之資格。