本辦法依農業科技園區設置管理條例(以下簡稱本條例)第十八條規定訂定之。
園區事業申請進駐之案件，由農業科技園區管理局(以下簡稱管理局)組成審查小組，並由管理局局長為召集人，隨時召集會議辦理審查事宜。
如涉及特許事項者，並應請該主管機關派員會同審查。
審查小組置委員十一至十七人，除管理局局長為當然委員，其餘委員由管理局洽聘之。
其中所聘外部委員人數不得少於二分之一。
審查小組開會應有三分之二以上委員出席，出席委員中應有二分之一以上為外部委員；決議事項應經出席委員三分之二之同意行之。
園區事業申請人提出之營運計畫至少應記載下列事項：一、計畫摘要。
二、營運目標及時程。
三、核心技術內容概要。
四、市場分析。
五、行銷策略。
六、污染防治。
七、財務計畫(含風險分析、經濟效益)。
八、研究發展。
園區機構於園區內之業務，其會計應設置獨立財務帳簿。
申請進駐之創新育成中心(以下簡稱育成中心)，其經營團隊之管理階層人員應有二分之一以上具有從事科技產業投資、研究、開發、製造、行銷或技術服務二年以上之資歷。
育成中心及研究機構申請人經管理局核准進駐後，始得承租土地或廠房入區設立。
育成中心提出之營運計畫至少應記載下列事項：一、計畫摘要。
二、營運目標。
三、營運策略與方法。
四、營運時程。
五、服務機能與市場說明。
六、競爭能力與風險分析。
七、經營團隊。
八、財務計畫。
九、空間設備與水電等資源需求。
十、協力合作支援構想。
十一、工安衛生與環境保護作業。
十二、申請進駐育成中心業者之資格條件。
育成中心得經營下列業務：一、空間、設備之提供及行政管理之支援。
二、技術、研發與行銷之促進、諮詢及支援。
三、資訊情報交流與智慧財產權運用之促進及支援。
四、商務服務與經營管理之諮詢及支援。
五、測試驗證空間與設備之提供及支援。
六、育成人才之培訓與產業合作之促進。
七、投資與資金籌措之諮詢、協助或參與。
八、新產品、新技術發表展示。
九、其他依法令規定得經營之項目。
育成中心應加強與所在地園區內外設立之公司、機構、大學或其他育成中心建立相關資源協力服務機制。
申請進駐育成中心者，應提出營運計畫送育成中心核定。
育成中心應將獲准進駐該育成中心者（以下簡稱進駐對象）經核定之營運計畫與擬提供之空間、設備、服務資源調配構想及環境管理計畫等報管理局備查。
進駐對象應於接獲通知之次日起三個月內進駐；屆期仍未進駐且未獲准展期者，視為放棄進駐。
進駐對象應於完成營業登記後，始得營運。
進駐育成中心以三年為期；必要時得准予展延一次，最長以三年為限。
進駐對象得因實際需要，申請提前遷出育成中心。
育成中心應於進駐對象遷出之次日起一個月內，報請管理局備查。
進駐對象進駐後，其經營項目有變更者，應經育成中心同意並轉報管理局備查。
進駐對象未依核定之計畫營運者，育成中心應通知其限期改善，並報請管理機關備查，屆期未改善者，不得營運。
育成中心並得限期令其遷離。
育成中心歇業前，對進駐其中未屆滿租期之進駐對象，應負責依進駐對象意願作妥善安排。
研究機構之設立，應檢具申請書及營運計畫，其內容除應記載核心技術內容概要，並準用第六條之規定。
管理局審查育成中心及研究機構進駐案件，得設專案小組審查之，並準用第二條之規定。
園區事業、育成中心及研究機構應於核准進駐之日起六個月內開始實施營運計畫；期滿仍未開始實施者，管理局應廢止其進駐核准。
前項所稱開始實施營運計畫指園區事業、育成中心及研究機構於核准進駐後，向管理局申請同意並完成租地自建廠房、租用廠房或租用營業場所之程序。
第一項所定期限有正當理由者，得向管理局申請延期，最長不得逾三個月。
園區事業屬租用營業場所者，應於核准進駐之日起三年內，向管理局申請同意並完成租地自建廠房或租用廠房之程序。
園區事業、育成中心及研究機構應依營運計畫實施，其有變更計畫者，應經管理局核准。
管理局得定期派員至園區事業、創新育成中心及研究機構查驗其是否依營運計畫實施；未依計畫實施者，管理局應即通知限期改善。
園區事業、育成中心及研究機構應於接獲改善通知之次日起二個月內，向管理局提出改善計畫。
其未依期限提出者，管理局得廢止其進駐核准。
管理局審查第一項變更計畫及前項改善計畫，得提請第二條之審查小組進行審查。
前項審查結果經認定改善計畫不可行者，管理局得定一個月期限通知其修正。
如修正計畫再審查結果仍不可行，或園區事業、育成中心及研究機構未依期限提出者，管理局得廢止其進駐核准。
經核准進駐之園區事業，應於核准之日起二個月內繳納保證金，其額度依核准投資股本總額千分之三計算，並不得低於新臺幣十萬元，其繳納方式得以現金、金融機構簽發之本票或支票、保付支票、郵政匯票、設定質權之金融機構定期存款單或政府債券為之。
園區事業未依本條例第十五條第二項規定辦妥公司或分公司登記或未依前項規定繳納保證金者，管理局應廢止其進駐核准，未承租土地、廠房或營業場所者，其已繳納保證金者並無息退還所繳納之保證金。
但有正當理由者，得向管理局申請延期，最長不得逾三個月。
園區事業取得園區內公司設立登記未滿一年因業務需要申請增資案件者，仍應依核准增加之股本金額千分之三，繳納保證金。
管理局依本條例第十七條第二項審核園區事業營運計畫之實施者，應組成評估小組，赴現場實地評估下列事項：一、資金實收情形：應投入足以完成計畫之股本金額，並考量其營運狀況、損益與負債情形。
二、生產設備：應依營運計畫輸入足夠之生產設備並裝置妥當，經試車後能順利運作。
三、產品範圍：所生產之產品應符合原核准之範圍；原計畫之主要產品應已開發完成並上市。
四、科技人力：應符合原營運計畫之科技人力之比例。
五、研究發展：應有具體之研究發展計畫並已實際執行。
六、安全衛生及勞動條件：應符合安全衛生及勞動基準等相關法令規定。
七、環境保護：產生廢水、廢氣、廢棄物、噪音振動、使用毒性化學物質及用水回收率等，應符合有關法令及環境影響評估之規定。
前項評估小組成員由管理局局長指派，並得聘請學者專家充任之。
評估結果經認定其已依營運計畫實施者，管理局應無息發還保證金。
管理局對於創新育成中心及研究機構營運計畫之實施得予以評定，評定時得準用前條第一項及第二項之規定。
園區事業、創新育成中心及研究機構應於廢止進駐核准之次日起二個月內遷出園區；園區事業並應依公司法規定向管理局辦理公司或分公司遷址或撤銷登記。
園區事業經管理局廢止進駐核准或自行遷出園區，而未完成營運計畫者，其保證金不予發還。
生活機能服務業者於園區內設立服務場所者，應填具申請書及檢附設立計畫等相關文件向管理局申請，設立計畫內容至少應記載下列事項：一、組織團隊。
二、營運機能。
三、服務特性。
四、資源需求。
報關行、保稅貨物運輸業、營造業、定期客運承攬業及其他依法令須經目的事業主管機關許可者，應檢附目的事業主管機關許可之文件，始得於園區內設立。
未於園區內設置固定營運場所或派駐員工者，仍應備具入區作業計畫等書件向管理局辦妥登記後始得入區作業。
經核准設立之生活機能服務業者，應於核准之日起六個月內辦妥租地或租用營運場所開始營運。
逾期未辦妥租地或開始營運且未經管理局准予展延者，得廢止其設立許可。
園區機構之營運計畫或設立計畫之範本，得由管理局公告之。