本標準依據農業科技園區設置管理條例（以下簡稱本條例）第九條第二項規定訂定之。
農業科技園區管理局（以下簡稱管理局）依本標準規定收取管理費、服務費及相關必要費用。
但非營利性質之政府機構得免予收取。
園區事業依承租之土地、廠房或營業場所面積計算繳納管理費，其收費基準如附表一。
同時承租二種以上之土地或建物者，依應納金額較高者繳納之。
經管理局核准入區並取得營業登記之園區事業，其營業額超過附表一所定預估營業額者，應改依當月營業額千分之二繳納管理費。
依第一項規定繳納管理費之園區事業，經管理局核准新建廠房部分，於取得使用執照後，始將新增面積併入計算。
園區事業以總、分支機構分設於園區內外者，該總、分支機構應分別向所屬當地主管稽徵機關申報銷售額並繳納營業稅額。
本標準所稱營業額，指依營業人銷售額與稅額申報書之銷售額、收據及總、分支機構間勞務與貨物之調撥、移轉或其他足以客觀計算產值之依據合計，扣抵第九條各項目後之數額。
經管理局核准入區，辦妥公司設立登記之園區事業，於主管稽徵機關營業登記核准日之次月一日起，依前條規定按期繳納管理費；未辦妥營業登記者，於公司登記滿一年之次月一日起繳納之。
園區事業及金融機構以外之其他園區機構（以下簡稱其他園區機構），依附表二繳納管理費。
前項附表內所稱機構類別，由管理局依其實際性質認定之。
園區事業及金融機構申報繳納管理費之程序、期限及應檢具之相關證明文件資料如下：一、以每二個月為一期，於每單月二十日以前自動向管理局申報並向所指定之銀行繳納管理費。
二、已於主管稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納管理費時，應檢具下列文件送交管理局：（一）管理費自動申報明細表。
（二）經主管稽徵機關蓋妥收件章之營業人銷售額與稅額申報書影本。
（三）抵扣項目憑證。
（四）農業科技園區園區事業免用統一發票收據明細表，並應將收據合計數填報於營業人銷售額與稅額申報書相關欄位。
（五）園區事業以總、分支機構分設於園區內外，其由總機構合併向所屬當地主管稽徵機關申報銷售額及繳納營業稅額者，另應檢附經主管稽徵機關蓋妥收件章之總機構彙總申報營業人銷售額與稅額申報書，管理局並得洽請其提供進出口報單、出貨證明、銷貨訂單，或其他經管理局同意足資證明其營業額之文件。
三、未於主管稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納管理費時應檢具管理費自動申報明細表。
四、金融機構繳納管理費時，應檢具下列文件送交管理局，由管理局開具管理費繳款聯單，向管理局指定之銀行繳納。
繳款後將繳款聯單查核聯交回管理局。
但採銀行自動扣款者，免附：（一）管理費自動申報明細表。
（二）經主管稽徵機關蓋妥收件章之營業人銷售額與稅額申報書影本。
五、園區事業及金融機構應妥為保管繳款單據，以作為繳納管理費之證明。
依前項第二款及第三款規定所報送之管理費自動申報明細表，應依管理局建置之管理費申報系統，上網申辦。
園區事業及金融機構繳納管理費後，經管理局審查發現有短繳情形者，應於次期繳納管理費時併計繳納。
如向主管稽徵機關更正前期申報之銷售額者，依更正日期所屬月份，併入該期管理費自動申報明細表調整前期管理費。
其他園區機構應與管理局簽訂契約，於每月、每季首月二十日或每年一月二十日前，持管理局開具之繳款聯單向指定銀行繳納當月、當季或當年之管理費。
前項其他園區機構如屬租地自建者，應與管理局簽訂契約，並自取得使用執照起，依前項規定繳納管理費。
園區事業申報銷售額之銷貨退回或折讓、代收代付、出售固定資產或廢料、樣品贈送、利息收入、融資租賃，經檢具足資證明之文件者，無須繳納管理費；其已併入計算繳納管理費者，應於繳納後六個月內檢附證明文件向管理局申請抵扣或退款，逾期不予受理。
園區機構不依規定期限繳納管理費者，依本條例第四十條規定辦理。
管理局為估算園區各產業產值、營運及銷售等數值，得請園區事業提供預估營業額資料，以作為未來評估收取管理費之參考。
管理局得調查園區事業及金融機構之管理費申報情形，必要時得函請主管稽徵機關提供園區事業及金融機構申報之總、分支機構營業人銷售額與稅額申報書等申報相關資料，經發現不符者，應查明原因並依查明之結果處理。
管理局收取服務費、相關必要費用之項目及基準如下：一、短期場地維護費：依不同時段及場地設備計收，收費基準如附表三。
二、共用管道維護費：依管線總長度、使用空間計收，收費基準如附表四。
三、污水處理設施及下水道系統使用費：依廢（污）水量、水質計收，收費基準如附表五。
四、預埋線路套管維護費：包含電信管線、寬頻網路管線、有線電視管線、供水管線等各類管線之使用，依管線總長度計收，收費基準如附表六。
五、用水費：包含產業用水、民生用水、軟水及海水，收費基準如附表七。
前項所定各項服務費或相關必要費用，應依繳款聯單所定期限以現金繳納。
依本標準規定應繳納管理費之園區事業，經管理局廢止其進駐核准，或其他園區機構於辦妥解約手續者，無須繳納當期管理費。
依本標準規定應繳納服務費或相關必要費用者，除短期場地維護費依實際使用情形繳納外，經辦妥解約或申請退出園區並完成點交手續，管理局應即停止收取服務費或相關必要費用。
管理局依第三條第一項及第二項、第五條及第六條第一項所收取之管理費，自中華民國九十八年一月一日起至九十八年十二月三十一日止減半收取。