本細則依農業科技園區設置管理條例(以下簡稱本條例)第四十三條規定訂定之。
本條例第六條所稱創新育成中心，指提供場所、設備、專業諮詢、技術移轉及營運服務管理等，以協助園區事業創新研發及創業發展之政府機構或法人。
本條例第六條所稱研究機構，指政府所設之研究機構、行政法人、醫學中心之教學醫院、經登記有案以研究為主要業務之法人。
本條例第七條第二項第三款所稱農業科技研究、創新及發展推動，指下列事項：一、新技術之引進。
二、園區事業辦理研究發展工作之檢討及促進。
三、產學與園區事業間技術交流之促進。
四、園區事業從事研究、創新及發展之獎助。
五、科技成果媒合及學術講演或專題研討之舉辦。
六、其他有關促進農業科技研究、創新及發展推動之事項。
本條例第七條第二項第三款、第四款、第七款、第十一款、第十三款至第十七款規定農業科技園區管理局(以下簡稱管理局)所掌理之事項，得視需要委託其他政府機關、行政法人或民間團體辦理。
本條例第七條第三項第三款所定工商登記事項，包含下列事項：一、公司登記、認許及管理。
二、工廠登記。
三、商業登記。
四、其他依法律或法規命令規定應辦理之登記或許可。
儲運單位或園區事業得依相關法規兼辦報關事宜，並得於園區內依相關法規設置保稅倉庫或物流中心。
本條例第十一條第三項所稱公共設施建設費用，指管理局所投入之道路、交通設施、地下管線、路燈照明、排水設施、水電供應設施、景觀設施及其他基礎建設等費用。
園區機構向管理局租用園區土地者，應按土地租金及公共設施建設費用實際發生成本，依其承租面積占園區基地內可出租土地面積之比率，分二十年逐年攤還。
本條例第十三條第一項第三款所稱高抬園區內廠房租售價格，指出售價格超過與該建築物同類結構之新建價格，扣除該建築物按新建價格調整計算之折舊價額後之百分之十以上，或其出租價格超過園區內同類廠房每平方公尺租金三倍以上。
本條例第十三條第一項第三款所稱高抬園區內相關研究生產設施租售價格，指超過與該設施之同類設施之新購價格，扣除該設施按新購價格調整計算之折舊價額後之百分之十以上，或其出租價格超過園區內同類設施租金三倍以上。
本條例第十五條第一項第三款所稱研發經費占營業額一定比率以上，指園區事業最近連續三年研發經費占營業額比率之平均值，超過中華民國科學技術統計要覽之公民營企業投入研發經費占營業額比率。
本條例第十五條第一項第三款所稱具有一定之研究實驗儀器設備，指其儀器設備總金額達總投資額之百分之十以上，不包括其產品為軟體或技術服務之情形。
本條例第二十條所稱實驗農場，指供園區事業、創新育成中心或研究機構為試驗用或研究用之實作場所。
依本條例第二十一條第一項規定劃定之保稅範圍，如屬同一園區之不同區域，視同同一保稅範圍，並適用本條例有關保稅之規定。
園區事業讓售自國外輸入免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅之自用機器、設備至課稅區者，應報經管理局核准，並以具有下列情形之一者為限：一、園區事業因生產計畫改變，不需使用。
二、園區事業宣告解散。
三、園區事業因清償債務，經依法強制執行。
四、園區事業經管理局勒令遷出園區。
五、因機器設備需汰舊換新。
六、其他因營運所生之特殊情形。
前項之機器、設備輸入未滿五年者，管理局於核准後並應報知海關。
本條例第二十二條第二項規定免徵稅捐之進口燃料，以專供保稅範圍內園區事業直接生產用者為限。
本條例第二十二條第二項所稱經核准兼營貿易用成品之園區事業，指辦妥增列兼營與營業相關之貿易項目之登記者。
本條例第二十二條第二項規定免徵稅捐之進口樣品，指印有或刻有樣品或非賣品字樣，或於報關時所附文件上載明係樣品或非賣品，供交易或製造上參考之物品。
本條例第二十二條第三項所稱園區事業以產品或勞務外銷者，包括下列各款情形之一：一、園區事業與園區事業、其他園區事業、國外客戶、國內科學工業園區科學工業、加工出口區區內事業、保稅工廠間之交易。
二、售與外銷廠商直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者。
三、售與自由港區事業貨物以供營運者。
本條例第二十六條第一項所稱衛星農場，指提供園區事業生產原料來源或生產需要之農場。
本條例第二十九條第一項所定正當理由，指下列情形之一並有確切證據者：一、遭受地震、風災、水災、旱災、疫病蟲害及戰禍或其他不可抗力之災害損失及運輸事故損失。
二、竊盜損失。
三、盤存之原料、樣品、在製品、半製品及成品，其未經抽查之項目，事後發現錯誤經更正。
四、經盤存之保稅原料、樣品、在製品、半製品及成品，其實際盤存數量與帳面續存數量不符。
五、生產過程中所產生之損耗未逾海關核定之損耗率。
六、送請檢驗所發生之損耗。
七、因研究發展所發生之損耗。
八、其他因產品特性所發生之損耗。
本條例第三十條所稱年度營運報告，指園區事業就前一年度營運成果及營運計畫執行之檢討。