航港局應就入港之船舶、離境之上下客船旅客及裝卸之貨物，依本辦法之規定，收取商港服務費。
但下列商港，免予收取：一、依離島建設條例由中央政府或離島建設基金編列預算興建者二、公私事業機構自行投資興建者。
商港服務費之收費項目，分為船舶、旅客、貨物三項，其繳納義務人分別為船舶運送業、離境旅客、貨物託運人。
國際航線之船舶，按下列規定擇一繳納船舶商港服務費：一、按航次逐次繳納：依該船舶每次入港時之總噸位，以每噸新臺幣零點五元計收二、按期繳納：依該船舶總噸位，於船舶入港前，以每噸新臺幣一點五元計收，每期有效期間為自船舶入港之日起算四個月；或以每噸新臺幣二點五元計收，每期有效期間為自船舶入港之日起算八個月。
入港前未繳納者，依前款規定按航次逐次繳納。
國內航線之船舶商港服務費，按前項費率之四成計收。
旅客商港服務費，於該旅客每次離境時，以新臺幣四十元計收。
國際航線之貨物商港服務費，按散雜貨、整櫃貨、併櫃貨三類，依下列規定收取：一、散雜貨及整櫃貨：依散雜貨、整櫃貨貨物商港服務費收費等級費率表（如附件）之規定計收。
二、併櫃貨：依該貨櫃內不同貨物之計費噸數量，以每噸新臺幣八十元，分別計收；其每一筆報單應繳納金額，應前款費率表所定整櫃貨二十呎以下第三等級費率計收之金額為限；不足新臺幣一百元者，不予計收。
國內航線之貨物商港服務費，依國際航線之貨物商港服務費費率之四成計收。
散雜貨及整櫃貨之同一報單或提單內包含二費率等級以上貨物者，分別核算計收各費率等級貨物之商港服務費；無法辨識費率等級之貨物，其商港服務費以較低費率等級計收。
貨物有下列情形之一者，由航港局另行填發商港服務費繳納單補收差額：一、商港服務費收費系統無法辨識貨櫃尺寸，而以每整櫃貨二十呎以下收費規定先行計收後，經查證係二十一呎以上貨櫃。
二、繳納義務人及其委託之報關業者，應於報關單中填列整櫃貨之貨櫃號碼而未填列，致商港服務費收費系統誤以併櫃貨收費規定計收後，經查證係整櫃貨裝載。
下列入港之船舶，免收船舶商港服務費：一、政府使用之公務船舶或經政府徵用或僱用之船舶。
二、經航港局認定確屬運載救濟物資之船舶。
三、因避難、接受檢查、加油或加水而入港之船舶。
四、為緊急醫療求助或機件搶修而入港之船舶。
五、總噸位為七百以下之船舶。
六、購入或出售專供運輸使用之船舶。
下列離境旅客，免收旅客商港服務費：一、總統、副總統及其眷屬。
二、享有特權待遇之外國機構、國際組織之人員。
三、政府駐外機構之人員。
四、不足二歲兒童。
下列貨物及容器，免收貨物商港服務費：一、總統、副總統使用物品。
二、駐在中華民國享有特權待遇之外國機構、國際組織及其人員之公用或自用物品。
但以各該國對中華民國給予同樣待遇者為限。
三、外交機關之外交郵袋。
四、政府駐外機構人員所攜帶之自用物品。
五、軍事機關保管之軍用武器、裝備、車輛、艦艇、航空器與其附屬品及專供軍用之物品。
六、政府機關或公益、慈善團體贈與或受贈之救濟物資。
七、辦理退貨復運進口之外銷品。
八、轉口貨物。
九、純供容器使用且非以買賣或租賃為目的之空貨櫃。
十、自由貿易港區設置管理條例第二十一條所定之貨物、自用機器及設備。
十一、自由貿易港區設置管理條例第二十五條所定輸往課稅區、復運回自由港區之貨物、機器及設備；屆期未運回自由港區者，應補繳商港服務費。
依前三條規定免收商港服務費者，無法由商港服務費收費系統辨識時，繳納義務人得於航港局填發商港服務費繳納單前，或商港服務費繳納單送達繳納義務人之翌日起十日內，檢附證明文件，向航港局提出申請，經審核符合免收範圍者，准予免收。
國際航線貨物商港服務費，應由繳納義務人於貨物進出口時，向航港局辦理申報。
航港局為收取前項貨物商港服務費，得經由通關網路連線接收進出口艙單及自海關連線接收進出口貨物放行通知訊息等之必要計費資料，製作國際航線貨物商港服務費申報單，並於核定後填發國際航線貨物商港服務費繳納單。
前項所需計費資料，繳納義務人或其業務代理機構，亦得經由其他網路連線提供。
繳納義務人未依前二項規定提供申報資料者，應檢附進出口報單填具國際航線貨物商港服務費申報單，向航港局辦理，並由航港局於核定後填發國際航線貨物商港服務費繳納單。
國內航線貨物商港服務費之申報，應由繳納義務人或其業務代理機構於船舶裝卸貨物時，填具國內航線貨物商港服務費申報單，向航港局辦理，並由航港局於核定後填發國內航線貨物商港服務費繳納單。
商港服務費之收取作業，由航港局辦理，並由繳納義務人以下列已開辦方式繳納：一、航港局臨櫃現金繳納。
二、指定金融機構繳納。
三、電子網路收費。
四、其他繳納方式。
前項收取作業得由航港局委託其他機關（構）收取之。
航港局委託其他機關（構）收取商港服務費，應於每月底前，彙齊逕繳航港局於國庫開立之機關專戶，並於繳庫後之次月五日內，造具收取月報表，送航港局一份。
航港局於必要時，得派員或委託業人士稽核受委託機關（構）之收取作業。
商港服務費得提撥總額千分之五，交由行政院勞工委員會運用於提升港口相關工會人力服務品質之相關事項。
商港服務費之收入扣除前項經費後，應全部用於有收取商港服務費商港之建設，其用途如下：一、防波堤、航道、迴船池、助航設施、公共道路及自由貿易港區之資訊、門哨、管制設施等商港公共基礎設施。
二、基於航港政策需要及配合國際公約辦理之研究發展規劃、調查研究、參與國際港口相關組織、港口保全、管制與設備建置等支出。
三、配合航港發展需要有關之聯外交通設施、環保節能設施、污染防制設施、商港交通管理設施及商港土地取得等支出。
四、商港服務費之行政管理費用。
商港服務費之繳納義務人應於商港服務費繳納單送達之翌日起十四日內繳納；屆期未繳納者，依規費法第二十條規定辦理。