本辦法依自由貿易港區設置管理條例第三十六條第四項規定訂定之。
下列人員有必要於自由貿易港區（以下簡稱自由港區）停留二十四小時以上者，應由下列各款所定申請人於事前檢附身分證明文件，敘明事由及處所，向自由港區管理機關（以下簡稱管理機關）申請，經取得同意文件後，始得入區居住：一、公務機關管理人員：由各機關申請。
二、自由港區營運機構（以下簡稱營運機構）值勤人員或保全人員：由營運機構申請。
三、自由港區內之事業值勤員工：由所屬事業申請。
四、進入自由港區商務人士：由相關事業申請。
五、其他基於業務需要、安全維護等正當事由，有必要於區內居留者：由所屬事業或個人申請。
大陸地區、港、澳地區人士或具外國籍者，為第一項申請時，須另檢具下列文件：一、護照或入出境許可證件。
二、外僑居留證。
入出自由港區之人員及車輛應憑管理機關核發之入出許可證或通行證，並接受警察人員或營運機構保全人員檢查後，始得入出自由港區。
自由港區人員、車輛入出許可證或通行證種類如下：一、長期入出許可證或通行證：效期二十四小時以上未逾五年。
二、臨時入出許可證或通行證：效期未逾二十四小時。
自由港區內之事業員工申請前項長期入出許可證或通行證者，應由申請人於事前檢附身分證明文件，敘明入出事由、期限及範圍，由其所屬事業彙整後，向管理機關申請，經取得同意後始得入出。
管理機關核發第一項長期或臨時入出許可證或通行證時，應於許可證或通行證上加註使用期限及通行自由港區之範圍。
以非經常性業務、參訪或特殊狀況須臨時入出自由港區者，應檢附下列文件向管理機關申請前條第一項第二款之臨時入出許可證或通行證：一、申請人員臨時入出許可證或通行證，應檢附身分證明文件及登記事由。
二、申請車輛臨時入出許可證或通行證，應由公務機關、營運機構、事業或駕駛人檢附行車執照正本。
申請車輛長期入出許可證或通行證者，應由公務機關、營運機構或事業檢附申請書、行車執照影本及有關資料向管理機關申請。
有下列情形之一者，不予核發人員長期入出許可證或通行證；已核發者，撤銷其許可並註銷其許可證或通行證：一、經判處有期徒刑以上之刑確定，尚未執行或執行未畢，或因案通緝中。
二、限制或禁止入出境，或經司法或軍法機關限制出境。
遺失長期入出許可證或通行證時，申請人應出具證明文件向原核發機關申請補發。
遺失臨時入出許可證或通行證，申請人應聲明遺失理由並繳交重製規費後始得入出自由港區。
自由港區內之事業經管理機關核准結束營業、撤銷、廢止營運或其領用長期入出許可證或通行證人員因死亡、離職或無入出港區之必要者，應由其所屬事業繳還所領用許可證或通行證，未繳還者，由管理機關逕予廢止其許可並註銷其許可證或通行證。
車輛長期入出許可證或通行證，亦同。
長期入出許可證或通行證因故無法辨識者，申請人應主動提出換發申請，並同時繳回舊證。
持有下列相關許可放行文件者，得入出空港自由港區之指定地點：一、持有機場通行工作證之從事拖運盤櫃貨物之航空站地勤業作業人員，得入出空港自由港區連接機坪專用道路之作業區域。
二、持有營運機構核發陪驗證明文件之報關人員，得入出自由港區之貨櫃（物）集散站驗貨區域。
管理機關得將下列事項委託警察機關或營運機構辦理：一、第四條及第六條人員、車輛之長期入出許可證或通行證申請之受理、審核、製作、收繳及規費收取。
二、第五條臨時入出許可證或通行證申請之審核及遺失之處理。
管理機關得將第二條居住許可申請之受理、審核委託營運機構辦理。
管理機關依前二項規定為委託行為時，應將委託事項及法規依據公告之，並刊登政府公報。