本辦法依航路標識條例第六條第三項及規費法第十條第一項規定訂定之。
航路標識服務費按下列規定擇一徵收：一、按航次逐次徵收者，船舶淨噸位每噸位徵收新臺幣二元。
但客船每噸位徵收新臺幣一元。
二、按定期徵收者：（一）船舶淨噸位在一百五十以上者，每噸位徵收新臺幣六元。
（二）船舶淨噸位未達一百五十者，每噸位徵收新臺幣三元。
（三）客船各按前二目規定金額之半數計徵。
本辦法所稱繳費義務人指船舶所有人、經理人或其代理人。
船舶進港後，遇有前項繳費義務人變更之情事時，以辦理進港預報者為繳費義務人。
航路標識服務費應由繳費義務人於船舶出港前繳納，無欠繳情形者，得於船舶出港日或帳單通知日起十四日內繳納，逾期者依規費法第二十條辦理，完成繳納後始得辦理船舶之出港預報單簽證。
航路標識服務費按定期徵收者，繳費義務人得採預繳方式辦理，由航政機關發給證明書，預繳時間以前期航路標識服務費證明書有效期限屆滿前一個月內辦理為限；有效期間為原核發證明書到期日之翌日起算四個月。
已繳納航路標識服務費之船舶，由航政機關發給證明書，按定期徵收者，證明書有效期間，為自證明書第一次列印日或船舶實際出港日起算四個月，列印日晚於實際出港日者，以實際出港日為有效期間之起算日；按航次逐次徵收者，限當航次有效。
前項證明書有效期間內，遇有船舶變更國籍、船名、船舶所有人、經理人或其代理人時，仍屬有效。
已依定期徵收規定繳納航路標識服務費之船舶，如進港後尚未開駛出港，其證明書已屆期滿，應於出港翌日起十四日內另行繳納航路標識服務費，換領新證明書。
前項新證明書有效期間，自當次實際出港日起算。
依定期徵收規定繳納航路標識服務費之船舶，有下列各款情事之一者，准將其所執有效證明書之有效期限酌予延長：一、駛入我國港灣口岸避難者，按實際出港日，予以延長。
二、駛入我國港灣口岸修理或裝載壓艙物者，按在港修理或裝載壓艙物之日數，予以延長。
三、駛入我國港灣口岸僱用船員者，按在港僱用船員之日數，予以延長。
四、因防疫被隔離不能上下客貨者，按被隔離之日數，予以延長。
五、來往我國港灣口岸之間，中途因故擱淺，經提出證明文件者，按擱淺之日數，予以延長。
六、經政府機關徵用或僱用有證明文件者，按被徵用或僱用之日數，予以延長。
七、因正當理由在國內各港灣口岸停止航行一個月以上經繳費義務人述明理由，事先報經航政機關核定者，按停止航行之日數，予以延長。
依定期徵收規定繳納航路標識服務費之船舶，在證明書有效期間內僅停靠我國港灣口岸一次者，准將其所執證明書有效期限再予延長四個月。
但以延長一次為限。
前項停靠我國港灣口岸之次數，於一航次連續之航程內停靠二個以上者，以一次計算。
航路標識服務費之收取作業，由航政機關辦理，並由繳納義務人以下列已開辦方式繳納：一、臨櫃現金繳納。
二、金融機構繳納。
三、電子網路收費。
四、其他繳納方式。
航政機關必要時得委託其他機關（構）代收航路標識服務費，並得派員或委託專業人士稽核受委託機關（構）之收取作業。