法務部調查局（以下簡稱本局）為處理內部單位之分工職掌，訂定本規程。
局長綜理局務，並指揮、監督所屬人員；副局長襄助局長處理局務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本局設下列處、室、委員會：一、國家安全維護處，分四科辦事。
二、廉政處，分五科辦事。
三、經濟犯罪防制處，分四科辦事。
四、毒品防制處，分三科辦事。
五、洗錢防制處，分三科辦事。
六、資通安全處，分五科辦事。
七、國內安全調查處，分四科辦事。
八、保防處，分四科辦事。
九、國際事務處，分五科辦事。
十、兩岸情勢研析處，分四科辦事。
十一、諮詢業務處，分四科辦事。
十二、鑑識科學處，分五科辦事。
十三、通訊監察處，分四科辦事。
十四、督察處，分二科辦事。
十五、總務處，分五科辦事。
十六、公共事務室，分二科辦事。
十七、秘書室，分二科辦事。
十八、人事室，分三科辦事。
十九、會計室，分三科辦事。
二十、政風室，分二科辦事。
二十一、研究委員會。
國家安全維護處掌理下列事項：一、內亂、外患防制工作之規劃、指導、協調、偵處及考核。
二、洩漏國家機密防制工作之規劃、指導、協調、偵處及考核。
三、防制境外滲透、社安防護工作之規劃、指導、協調、偵處及考核。
四、反恐怖活動、反武器擴散工作之規劃、指導、協調、偵處及考核。
五、組織犯罪防制之協同辦理。
六、國家安全維護工作手冊之編修與資料之建檔及管理。
七、其他有關國家安全維護事項。
廉政處掌理下列事項：一、貪瀆、賄選案件調查與預防工作之規劃、指導、協調及考核。
二、上級機關特交有關國家安全與國家利益及廉政相關之調查。
三、其他有關廉政事項。
經濟犯罪防制處掌理下列事項：一、重大經濟犯罪防制工作之規劃、指導、協調及考核。
二、重大經濟犯罪預防工作之規劃及執行。
三、重大經濟犯罪案件偵查、偵辦之指導及審核。
四、追緝外逃重大罪犯之綜合業務。
五、兩岸共同打擊犯罪工作之綜合業務。
六、與國內及境外共同打擊經濟犯罪之情資交換、協調聯繫、案件合作偵辦。
七、經濟犯罪防制工作年報、工作手冊之編修與資料之建檔及管理。
八、其他有關經濟犯罪防制事項。
毒品防制處掌理下列事項：一、毒品查緝工作之規劃、指導、協調及考核。
二、毒品犯罪案件偵查、偵辦之指導及審核。
三、與國內及境外緝毒有關機關之犯罪情資交換、協調聯繫、案件合作偵辦。
四、獲案毒品處理流程管制及集中保管、銷燬。
五、毒品犯罪資料之建檔、統計、分析及運用。
六、毒品犯罪預防工作之研究。
七、毒品防制工作年報及工作手冊之編修。
八、其他有關毒品防制事項。
洗錢防制處掌理下列事項：一、洗錢防制相關策略之研究及法規之協商訂定。
二、金融機構申報疑似洗錢交易資料之受理、分析、處理及運用。
三、金融機構申報大額通貨交易資料與海關通報旅客或隨交通工具服務之人員攜帶大額外幣現鈔或有價證券入出國境資料之受理、分析、處理及運用。
四、國內其他機關洗錢案件之協查及有關洗錢防制業務之協調、聯繫。
五、與國外洗錢防制有關機構之資訊交換、跨國洗錢案件合作調查之聯繫、規劃及執行。
六、洗錢防制工作年報、工作手冊之編修與資料之建檔及管理。
七、其他有關洗錢防制事項。
資通安全處掌理下列事項：一、資訊系統之規劃、設計及維護。
二、資料管理、處理及運用。
三、網路通訊與資訊設備之購置、管理及維護。
四、妨害電腦使用犯罪之防制及偵查。
五、數位證物檢驗及鑑定。
六、資訊安全之政策規劃、教育訓練、推動、執行及稽核。
七、其他有關資通安全事項。
國內安全調查處掌理下列事項：一、國內安全調查工作之規劃、指導、協調及考核。
二、國內安全情勢調查資料之蒐集、研判、編報及處理。
三、國內財經安全調查資料之蒐集、研判、編報及處理。
四、國內社會安全調查資料之蒐集、研判、編報及處理。
五、其他有關國內安全調查事項。
保防處掌理下列事項：一、機密保護工作之規劃、指導、查處及考核。
二、防制滲透資料之蒐集、研析、運用及處理。
三、機關安全防護工作之規劃、指導、研析及考核。
四、國民保防教育與宣導之規劃、協調、推動及執行。
五、安全查核工作之規劃、調查及處理。
六、其他有關保防事項。
國際事務處掌理下列事項：一、本局駐外人員之派遣及管理。
二、駐外館處、機構之安全保防工作之協同辦理。
三、與外國執法相關機構及其派駐我國人員協調聯繫之規劃、指導、執行。
四、跨國犯罪案件之協助查緝。
五、外事與海外安全調查工作之規劃、指導、協調及考核。
六、國際合作、國際參訪、國際訓練、禮賓接待及外文翻譯。
七、其他有關本局國際事務事項。
兩岸情勢研析處掌理下列事項：一、兩岸關係與大陸動態資料之蒐集、研析及處理。
二、兩岸犯罪與防制資料之蒐集、研析及處理。
三、大陸書報、刊物、視訊資料之蒐集、登錄、管理及運用。
四、兩岸情勢研究期刊、專書之編撰、出版與資料之建檔及管理。
五、其他有關兩岸情勢研析事項。
諮詢業務處掌理下列事項：一、諮詢工作之規劃及管理。
二、諮詢工作之指導、支援及考核。
三、諮詢人員之布置、聯繫及慰助。
四、其他有關諮詢業務事項。
鑑識科學處掌理下列事項：一、化學證物之檢驗、鑑定及研究。
二、文書、指紋證物之檢驗、鑑定及研究。
三、物理證物之檢驗、鑑定及研究。
四、生物跡證之檢驗、鑑定及研究。
五、科技偵查器材之研發、建置、維護及管理。
六、其他有關鑑識科學事項。
通訊監察處掌理下列事項：一、通訊監察系統之規劃、建置、維護及管理。
二、通訊監察之協助執行及作業管理。
三、外勤單位執行通訊監察之技術支援。
四、其他有關通訊監察事項。
督察處掌理下列事項：一、督察業務之規劃、指導及督察之考核。
二、員工申訴案件之處理。
三、員工風紀查察、維護及違紀案件之調查。
四、各單位對本局重要工作計畫及上級重要命令執行情形之檢查。
五、國家情報工作人員之安全查核。
六、駐衛警察及武器彈藥管理。
七、其他有關督察事項。
總務處掌理下列事項：一、文件之收發、分配、繕校、遞運及保管。
二、檔案管理。
三、財產、物品、營繕、採購及事務管理。
四、駕駛、技工、工友之管理。
五、經費之出納及保管。
六、其他有關總務事項。
公共事務室掌理下列事項：一、本局業務、工作成果、預防犯罪之宣導。
二、民眾陳情、檢舉案件之處理。
三、各界人士參觀本局之安排、聯繫及接待。
四、新聞媒體之聯繫及新聞之發布。
五、與本局相關新聞及輿情之蒐集、處理。
六、民眾申請提供本局政府資訊之受理及主動公開閱覽。
七、其他有關公共事務事項。
秘書室掌理下列事項：一、機密文書之收發、陳轉及處理。
二、印信典守。
三、國會聯絡工作。
四、施政計畫之彙整、管制及考核。
五、重要會議之籌劃及議事之處理。
六、緊急重大事件相關資料之接收、通報與辦公以外時間電話轉接及受理檢舉。
七、外勤單位整體業務績效之考核。
八、不屬其他各處、室事項。
研究委員會任務如下：一、各項犯罪案件資料之分析、評估及防制研究。
二、法令綜合彙整及法制研究。
三、其他有關研究事項。
本局處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。