第12條保防處掌理下列事項：一、機密保護工作之規劃、指導、查處及考核。二、防制滲透資料之蒐集、研析、運用及處理。三、機關安全防護工作之規劃、指導、研析及考核。四、國民保防教育與宣導之規劃、協調、推動及執行。五、安全查核工作之規劃、調查及處理。六、其他有關保防事項。