本辦法依廢棄物清理法（以下簡稱本法）第三十九條第二項規定訂定之。
本辦法用詞，定義如下：一、事業：指以內政部（以下簡稱本部）為目的事業主管機關之公共下水道污水處理廠。
二、再利用：指事業將其事業廢棄物送往再利用機構做為原料、材料、燃料、肥料或其他經本部許可之用途行為。
三、再利用機構：指從事事業廢棄物再利用業務，並經政府機關登記有案或依法律規定免辦理登記之農工商廠（場）。
事業廢棄物之再利用應經本部許可。
事業廢棄物經其他中央目的事業主管機關規定得逕行再利用者，得逕依其規定之管理方式進行再利用，不受前項之限制。
再利用許可之申請，由事業及再利用機構共同檢具下列申請文件一式十份，向本部提出申請：一、事業及再利用機構基本資料。
二、事業及再利用機構共同申請意願書。
三、再利用運作計畫書。
前項第三款再利用運作計畫書，應包括下列內容：一、事業廢棄物基本資料。
二、清除計畫。
三、再利用計畫，包括國內外再利用可行性實廠實績相關佐證資料。
四、污染防治計畫。
五、產品品管及銷售計畫。
六、異常運作處理計畫。
七、緊急應變計畫。
八、免實施環境影響評估或已通過環境影響評估之證明文件。
事業及再利用機構無前條第二項第三款之國內外再利用可行性實廠實績相關佐證資料者，得共同檢具試驗計畫申請文件一式十份，送本部核准後，進行再利用試驗計畫，並應於試驗計畫期間屆滿之次日起三十日內檢具試驗結果報請本部核准，其經核准者，得作為實績，依前條規定提出申請；未經核准者，再利用機構於試驗期間之產出物，應依本法第二十八條或第三十九條規定辦理。
前項試驗計畫申請文件，應包括下列內容：一、事業及再利用機構基本資料。
二、事業及再利用機構共同申請意願書。
三、再利用運作計畫書。
前項第三款再利用運作計畫書，應包括下列內容：一、事業廢棄物基本資料。
二、清除計畫。
三、再利用計畫，包括試驗數量、試驗期間、檢測及監測方式。
四、污染防治計畫，包括污染排放檢測及監測方式。
五、產品品管及銷售計畫。
六、異常運作處理計畫。
七、緊急應變計畫。
八、免實施環境影響評估或已通過環境影響評估之證明文件。
第一項檢具試驗結果，應包括本部核准之試驗計畫申請文件內所規定之運作、檢測及監測紀錄。
前二條及第九條規定之申請文件經書面審查，其內容資料有欠缺者，本部應通知限期補正；屆期未補正者，本部得駁回申請。
經前項書面審查後，本部得邀集相關領域學者專家及相關主管機關實質審查，必要時，得進行現場勘查；經本部通知限期修正申請文件，屆期未修正者，本部得駁回申請。
前二項通知限期補正之日數，合計不得超過九十日。
事業申請再利用經許可者，由本部核發再利用許可文件，記載下列事項，並副知事業及再利用機構所在地之直轄市、縣（市）主管機關及再利用用途目的事業主管機關：一、事業名稱、地址。
二、再利用機構名稱、地址及負責人。
三、再利用事業廢棄物種類（代碼）與許可再利用數量、用途。
四、核發日期及許可期限。
五、其他經本部規定事項。
再利用許可文件之許可期限以三年為限；事業及再利用機構於許可期限屆滿日前之四個月至六個月間，得向本部申請展延，每次展延以三年為限；逾期未申請展延者，其許可屆期即失效力，不得從事該許可之再利用業務。
展延之申請未於前項規定期間內提出者，本部得逕予駁回。
再利用許可之展延申請，由事業及再利用機構共同檢具下列申請文件一式十份，向本部提出申請：一、事業及再利用機構基本資料。
二、事業及再利用機構共同申請意願書。
三、再利用運作計畫書，包括事業廢棄物基本資料、清除計畫及再利用計畫。
四、產品銷售紀錄。
五、其他經本部規定事項。
經審查通過之申請文件內容有下列情形之一者，事業及再利用機構應依第四條或第五條規定重新申請再利用許可或核准試驗計畫：一、事業廢棄物種類變更。
二、事業廢棄物實際再利用總數量逾許可再利用總數量百分之十。
三、事業廢棄物再利用技術原理改變。
經審查通過之申請文件，其下列內容之一有變更者，事業及再利用機構應檢具相關資料報請本部核准：一、再利用機構所收受之許可再利用數量。
二、事業廢棄物進廠管制方式或允收標準。
三、進廠事業廢棄物之貯存容量。
四、試驗計畫之試驗期間。
五、再利用流程或設施。
六、再利用作業期程。
七、再利用後事業廢棄物清理方式。
八、產品名稱、用途或品質標準。
九、產品檢驗項目、方法或頻率。
十、停（歇）業時未再利用之事業廢棄物清理計畫。
十一、產品庫存量超過貯存容量時之處理計畫。
十二、其他經本部規定事項。
前項第四款試驗期間之變更，以一次為限。
經審查通過之申請文件，其下列內容之一有變更者，事業及再利用機構應自事實發生次日起三十日內，檢具相關資料送本部備查：一、事業名稱或地址、再利用機構之名稱、地址或負責人。
二、清除方式。
三、清除機構。
四、進廠事業廢棄物之貯存設施。
五、污染防治方式、設施或規格。
六、產品貯存方式。
七、減少事業廢棄物許可再利用數量。
事業廢棄物送往再利用機構再利用前之清除，由事業或再利用機構依下列方式為之：一、委託合法運輸業代為清除。
二、委託領有廢棄物清除許可證之公民營清除機構清除。
事業於委託清除或再利用前，應先與再利用機構、合法運輸業或領有廢棄物清除許可證之公民營清除機構簽訂契約書，並妥善保存留供查核。
前項契約書應包括有效再利用檢核證明文件、汽車運輸業營業執照或公民營清除機構許可證之影本，並記載下列事項：一、事業廢棄物之種類、成分及清除或再利用量。
二、清除或再利用之工具、方法及設備。
三、契約書有效期限。
四、清除或再利用機構因故無法繼續運作時，對其尚未清除或再利用完竣之事業廢棄物處置方式。
事業對於事業廢棄物送往再利用機構之日期、種類、數量、再利用用途及再利用機構名稱，應作成紀錄。
再利用機構對於事業廢棄物再利用之日期、種類、數量、再利用用途、事業名稱、剩餘廢棄物之處置、再利用製程用水量、用電量及污染防治操作情形，應作成紀錄。
再利用機構之再利用產品銷售流向及數量，應作成營運紀錄。
再利用機構之再利用產品未直接售予最終使用者，本部得要求其將再利用產品經其他機構轉售至最終使用者之銷售流向及數量作成紀錄。
事業及再利用機構依再利用許可文件內容進行相關檢測時，應將檢測日期、檢測方法及檢測結果作成紀錄，或以委外檢測之檢測報告作為紀錄。
前五項紀錄及前項檢測報告應妥善保存三年，留供查核；必要時，本部得要求事業及再利用機構將紀錄及相關檢測報告提報本部。
事業及再利用機構對於前條第一項或第二項紀錄，應依下列規定辦理申報：一、符合本法指定公告一定規模之事業，應依本法第三十一條第一項第二款規定辦理申報。
二、未符本法指定公告一定規模之事業，應併同營運紀錄依第十七條規定辦理書面申報。
再利用機構對於前條第三項之紀錄，應依第十七條規定辦理申報。
再利用機構應於每月十日前，依下列規定向本部申報其前月再利用產品之營運紀錄：一、再利用機構所收受之事業廢棄物，經再利用後製成產品，應逐項申報其再利用產品名稱。
二、各項再利用產品之產量、銷售對象、證號、地址、產品代碼及名稱、銷售量、事業廢棄物代碼、名稱及使用量與前月底之再利用產品庫存量等相關資料；如無再利用產品銷售時，亦應申報前月底之再利用產品庫存量或無再利用產品庫存。
前項申報內容與事實不符時，再利用機構應即補正申報資料，並說明修改申報資料之原因。
本部得派員或委託相關機構進行事業廢棄物再利用之追蹤查核，事業及再利用機構應配合提供相關資料及說明，不得規避、妨礙或拒絕。
再利用機構終止廢棄物再利用業務者，應向本部申請廢止再利用許可；其暫停營業在一個月以上者，應於滿一個月後十五日內，檢具相關資料送本部備查。
再利用機構喪失從事業務能力或一年內無從事廢棄物再利用業務者，本部得廢止其許可。
再利用機構有下列情形之一者，本部得令其停止收受事業廢棄物，並限期改善：一、再利用用途或產品未符合再利用許可文件內容規定。
二、再利用產品規格不明、未符合再利用許可文件內容、相關國家標準、國際標準或該產品之相關使用規定。
三、有前二款以外之違規情形。
前項經本部要求停止收受事業廢棄物者，應檢具改善情形證明文件報請本部核准後，始得恢復收受事業廢棄物。
事業或再利用機構有下列情事之一者，本部得廢止再利用許可：一、申報資料內容與事實不符。
二、未依再利用許可文件及審查通過之申請文件內容進行再利用，經本部限期改善而屆期未改善。
三、有第十條各款情形之一，未重新申請許可。
四、許可期間內違反第十一條第一項、第十二條或第十五條至第十九條第一項規定，經本部限期改善而屆期未改善。
五、再利用機構同時經營事業廢棄物清除處理業務時，其事業廢棄物再利用項目與事業廢棄物處理許可證或清理許可證許可項目相同。
六、經本法中央主管機關或再利用用途目的事業主管機關認定違規情節重大。
有前項各款之一情事，經本部廢止再利用許可之再利用機構，於三年內不得以相同或類似機構名稱申請該業務許可；其負責人於三年內不得重新申請為再利用機構之負責人。
再利用機構經本部廢止許可者，自廢止處分書送達之日起，不得依原許可從事事業廢棄物再利用業務。
但已收受之未再利用及再利用後之事業廢棄物，應依本法之相關規定清除處理。
本部得委託相關機構輔導事業及再利用機構辦理再利用技術提升、技術轉移及其他相關事項，並協助再利用機構建立產品品質及技術規範。
再利用涉及輸入輸出者，不適用本辦法，應依本法第三十八條規定辦理。
依本辦法規定檢具之證明文件為外文者，應檢附經駐外館處驗證或國內民間公證人認證之中文譯本。