國家安全局（以下簡稱本局）為處理內部單位之分工職掌等事項，特訂定本規程。
局長綜理局務，並指揮、監督所屬人員；副局長襄助局長處理局務。
主任秘書權責如下：一、承局長之命，督導情報或特勤相關專案工作與全局採購及跨處室一般庶務性業務。
二、文稿之綜核及代判。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、其他交辦事項。
本局設各處、室、中心（以下簡稱各單位），分別掌理本局組織法規定之有關事務。
各單位視業務需要分組（隊、所、科、小組）辦事，並得因業務繁簡，在法定職掌範圍內，按作業程序簽奉核定後，調整各組職掌；必要時得在法定組數範圍內，增設新組或減併原組。
第一處掌理下列事項：一、國際情報組織部署有關事項。
二、國際情報蒐集有關事項。
三、國際情報合作之策劃與執行事項。
四、本局國際禮賓、聯絡、接待工作有關事項。
五、國家情報協調會報有關國際情報工作事。
六、專案佈建及專案情蒐工作。
七、其他有關國際情報工作事項。
第二處掌理下列事項：一、指導、協調、支援有關機關執行大陸地區情報工作事項。
二、策建大陸情報工作據點，執行人員佈建及情蒐任務有關事項。
三、國家情報協調會報有關大陸情報工作事項。
四、其他有關大陸地區情報工作事項。
第三處掌理下列事項：一、臺灣地區安全情報、反情報之部署、蒐研及協調處理事項。
二、影響臺灣地區安全有關跨境情報之協調處理事項。
三、臺灣地區安全情勢研析事項。
四、臺灣地區安全情報協調會報有關事項。
五、其他有關臺灣地區安全情報工作事項。
第四處掌理下列事項：一、國家戰略情報指導蒐集、處理、研析、分發與運用有關事項。
二、國家戰略情報要報與專題研究事項。
三、國家情報協調會報有關事項。
四、公開情報工作之策劃與執行有關事項。
五、整合國家人員情報、電訊情報、空間情報、公開情報等資源，執行戰略情報研析工作。
六、其他有關國家戰略情報整合、研析、分發運用等事項。
第五處掌理下列事項：一、科技安全情報蒐研有關事項。
二、情報科技研發有關事項。
三、情報通訊系統建置與安全防護有關事項。
四、情報通訊監察有關事項。
五、情報通訊、交通與電子勤務支援有關事項。
六、科技情報工作掩護機構設置、管理有關事項。
七、情報工作人員身分掩護、科技情報協助人員布置有關事項。
八、有關影響國家安全情報資通安全管理策略及其防護要項。
九、科技情報協調會報有關事項。
十、其他有關科技安全情報、情報科技、情報通訊、情報交通及身分掩護等事項。
第六處掌理下列事項：一、政府機關密碼管制機制及法規訂定有關事項。
二、政府機關密碼管制業務之統合指導、協調、支援與管制事項。
三、密碼保密工作施政方針與計畫策訂、推展等事項。
四、密碼科技暨保密裝備研展、系統工程及送鑑管制有關事項。
五、保密裝備產製部署、密鑰管理、網路維運、保修服務等有關事項。
六、中央密碼管制協調會報有關事項。
七、其他有關密碼及其裝備研製、管制等事項。
第七處掌理下列事項：一、國家網域安全情報蒐研有關事項。
二、網域安全工具應用及研發有關事項。
三、網路反覘、查處及控管影響國家網域安全威脅有關事項。
四、網域安全情勢研析事項。
五、其他有關國家網域安全工作事項。
國家安全作業中心掌理下列事項：一、綜理國家安全情報指導小組會議有關事項。
二、協調整合各情報機關及政府相關部會重大緊急突發事件情資通報、查證、分享及協力應處有關事項。
三、協調整合導入各情報機關及政府相關部會影像及通資訊系統建置有關事項。
四、協調整合規劃與國家生存發展相關議題之衛照、數據等資料庫建置事項。
五、協調整合、部署執行對境外敵對勢力爭議訊息應處有關事項。
六、其他有關國家安全作業機制規劃及運作事項。
督察處掌理下列事項：一、指導、協調、支援情報機關執行督察及內部反情報有關事項。
二、內部反情報及其有關事項。
三、情報工作紀律督導與查察有關事項。
四、人員安全查核與安全考核有關事項。
五、人員心理測驗及科學儀器檢測有關事項。
六、其他有關督察工作事項。
資訊室掌理下列事項：一、資訊安全情報蒐研有關事項。
二、本局資訊安全政策制訂、管制及防護有關事項。
三、本局資訊安全事件研析及協調處理有關事項。
四、本局情報工作資訊化有關事項。
五、情報資訊作業協調事項。
六、本局資通安全委員會秘書業務。
七、其他有關資訊安全及其情報蒐研與情報工作資訊化等事項。
秘書室掌理下列事項：一、本局情報工作年度施政方針及施政計畫策辦事項。
二、本局情報工作列管案件之分辦、查催事項。
三、本局史政業務有關事項。
四、本局情報工作文書作業管理事項。
五、本局印信典守事項。
六、本局檔案管理事項。
七、本局情報工作文書編譯業務事項。
八、本局情報工作、特種勤務及其他法制業務事項。
九、本局有關情報工作及特種勤務公共關係事項：（一）國會聯絡業務事項。
（二）本局與媒體聯繫及新聞處理事項。
（三）本局對外公關事務之協調連繫事項。
十、其他有關本局情報工作綜合秘書行政事項。
總務室掌理下列事項：一、本局情報工作總務事務管理事項。
二、本局情報工作、特種勤務之採購及營繕工程事項。
三、本局財產管理事項。
四、本局情報工作、特種勤務之經費出納、結匯、匯撥及員工薪餉發放等事項。
五、本局警衛安全規劃、管理及情報工作、特種勤務之基層事務人力調派、支援事項。
六、本局醫療保健作業事項。
七、不屬各處室之情報工作支援、行政、後勤事項。
人事處掌理下列事項：一、本局情報、特種勤務之人事與教育訓練政策、規章訂定及執行等事項。
二、本局情報、特種勤務之組織編制、員額運用及人力評估等事項。
三、本局情報及特勤人員人事管理事項。
四、本局情報、特種勤務之教育訓練計畫及流路管制等事項。
五、本局退離人員連繫照護、出境管制等事項。
六、本局員工待遇及加給有關事項。
七、本局情報人員化名使用及管理有關事項。
八、本局分層負責明細表有關事項。
九、本局處務規程有關事項。
十、本局情報工作、特種勤務之勳獎懲政策制定、各項勳獎章與獎勵績點核定及執行事項。
十一、本局差勤管理作業事項。
十二、本局子女教育補助、獎學金及駐外子女返國就學申請事項。
十三、本局各項保險作業事項。
十四、本局員工結婚、生育、喪葬、意外等各項補助事項。
十五、其他有關人事事項。
主計處掌理下列事項：一、本局主計制度規劃與業務法規研訂督導考核事項。
二、本局概算、預算籌劃、編製、呈報等事項。
三、本局情報工作、特種勤務之預算執行管制、會計業務、內部審核及統計分析等事項。
四、本局情報工作、特種勤務之經費憑證審核、轉審及年度決算編報事項。
五、其他有關歲計、會計、統計等事項。
政風處掌理下列事項：一、本局政風法令之訂定、宣導事項。
二、本局政風興革建議事項。
三、本局情報工作、特種勤務之公務機密及安全維護等有關保防工作事項。
四、本局情報工作、特種勤務之紀律查察及處理申訴、陳情檢控事項。
五、本局應申報財產人員之財產申報及其審核、查閱事項。
六、本局肅貪防弊及廉政工作事項。
七、其他有關政風事項。
電訊科技中心掌理下列事項：一、電訊偵蒐研譯有關事項。
二、密碼破密技術研發與應用事項。
三、衛照影像資料蒐集與處理有關事項。
四、保密裝備鑑測與稽核有關事項。
五、其他有關電訊偵蒐、密碼破密、衛照蒐集處理及保密裝備鑑測等事項。
訓練中心掌理下列事項：一、本局基礎、進修、深造等班隊教育計畫之策訂、管制與執行事項。
二、情報專業教育訓練（含公餘進修）及國際情報合作代訓之執行事項。
三、本局情報教育訓練工作之研究與發展相關事項。
四、本局各教育班隊學員生活管理及輔考相關事項。
五、其他有關情報及特勤訓練事項。
特種勤務指揮中心掌理下列事項：一、特種勤務警衛事項。
二、特種勤務危安情報事項。
三、特種勤務訓練事項。
四、特種勤務通信及資訊事項。
五、特種勤務內部保防及安全有關事項。
六、特種勤務行政及後勤事項。
七、其他有關特種勤務事項。
本局為辦理國家安全情報蒐集、研析、整合、評估及鑑定等綜合事項，得置一級國家情報長一人，由特派員兼任之；二級國家情報長及三級國家情報長各若干人，由局長就本局編制表所定員額內指定人員兼任之。
本局處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。
以本局名義對外行文，均須送請主任秘書以上長官決行。
但經局長核定授權各單位主管代行者，不在此限。
特種勤務指揮中心除特種勤務工作直接受局長（兼指揮官）之指揮、督導外，人事、主計、政風及一般行政事項，按本局行政程序辦理。
各單位處理事務，各組（隊、所、科、小組）意見不同時，由單位主管決定之；涉及其他單位職掌者，會商辦理；各單位意見不同時，由主任秘書以上長官核定之。
各級人員處理事務，依下列規定負其責任：一、處理事務，如有違誤、稽延或逾越權限，應負法律上責任。
二、執行政策發生錯誤，由各單位主管負完全責任。
三、例行文件之處理如有錯誤，由承辦人員負責；其關係重大者，各級審核人員及主管人員應連帶負責。
四、引用法令、案例及行文手續上之錯誤，由擬稿人員負責；其關係重大者，各級審核人員及主管人員應連帶負責。
五、引用數字、年、月、日、文號等之錯誤，由擬稿人員負責，如與會辦單位有關係者，會辦之主辦人員應連帶負責。
六、文書、款項、物品等收發之遺漏或錯誤，由承辦人員負責；其關係重大者，各級審核人員及主管人員應連帶負責。
七、一般公務機密以下文件繕打之錯誤，由繕、校人員負責；國家機密文件由承辦人親校，並負全責。
八、用印之錯誤，由監印人員負責。
九、其他事項之錯誤，依相關作業規定，分別負責。
各級人員因事不能執行職務或請假時，應依規定由代理人代行其職務，並就代理之職務負其責任。
本局為處理例行性事務，得定期召開局務會報，由局長主持，各單位主管以上人員出席；必要時得指定有關人員列席。
會議內容涉及機密，應採保密措施，並分級討論，避免無關人員參與。
本局為研討重要問題，得召集各項專案性會議；必要時得邀請學者、專家及有關人員出席。
本局各單位為策進業務，得定期舉行工作會報，由各單位主管主持，所屬全體人員出席。
本局員工應恪遵辦公時間，不得遲到或早退，其考勤依有關法令辦理。
奉派擔任例假日或非辦公時間內值勤人員，不得規避。
本規程自中華民國一百零八年十二月一日施行。
本規程中華民國一百零九年四月一日修正之第十四條條文自中華民國一百零九年四月一日施行。