第一章總則
本規程依國家安全會議（以下簡稱本會議）組織法第十五條規定訂定之。
本會議會務之處理，除法令另有規定外，依本規程辦理之。
秘書長為本會議首長，綜理本會議全般會務，並指揮、監督所屬職員。
諮詢委員承秘書長之命，辦理有關國家安全之諮詢研究工作。
本會議為從事諮詢研究業務，得視實際需要組成研究小組，所需工作人員，除調派秘書處人員支援外，得借調其他機關人員或聘用諮詢助理。
秘書處處長承秘書長之命，及副秘書長之督導，綜理秘書處業務；副處長襄助處長處理相關事務；各組室主管各就主管事務或奉交辦事項，指揮、監督所屬職員辦理之。
本會議秘書處設第一組、第二組、第三組、人事室、會計室及政風室；各組得視業務需要分科辦事。
第二章職掌
第一組掌理下列事項：一、第一科：（一）關於國家安全會議、主管工作會議、業務檢討策進會議、處務會報等會議之聯繫、協調事項。
（二）關於會議議案之研擬、議程之編撰及紀錄等事項。
（三）關於會議決議及裁示事項之聯繫及執行情形之追蹤管制等事項。
（四）關於國家安全之國防、外交、兩岸業務之聯繫、協調與處理等事項。
（五）關於外賓接待、聯繫、傳譯、及會議紀錄等事項。
（六）其他奉交辦事項。
二、第二科：（一）關於本會議施政計畫之擬訂事項。
（二）關於國家安全之財經、重大變故業務聯繫、協調與處理事項。
（三）關於國會之聯繫、協調及相關資料之研擬、綜整事項。
（四）關於本會議大事紀要及年鑑之撰擬事項。
（五）關於本會議新聞發布及聯繫事項。
（六）其他奉交辦事項。
三、第三科：（一）關於國家安全之資料蒐集、彙整、編譯事項。
（二）關於每日重要新聞剪報工作及其他相關情資之彙整送陳事項。
（三）關於全文影像資料庫建置事項。
（四）關於圖書館管理及其相關事項。
（五）其他奉交辦事項。
第二組掌理下列事項：一、關於國家安全有關之大政方針之諮詢研究事項。
二、關於國防諮詢研究事項。
三、關於外交諮詢研究事項。
四、關於兩岸關係諮詢研究事項。
五、關於國內外重大財經諮詢研究事項。
六、關於國家安全威脅及危機應變諮詢研究事項。
七、關於各項專案會議之召開事項。
八、關於國家安全定期及不定期報告之撰擬事項。
九、其他相關諮詢研究事項。
第三組掌理下列事項：一、第一科：（一）關於本會議招標、採購、驗收、營繕工程等相關事項。
（二）關於防護、安全及清潔衛生管理等事項。
（三）關於現金出納管理等相關事項。
（四）關於本會議交通、各型公務車輛調派、養護及保險等車輛管理事項。
（五）關於本會議技工、工友、駕駛之僱用、調派、管理、考核、訓練及退離等事項。
（六）關於本會議之財產登記、增置、經管、養護、減損等物品管理事項。
（七）關於會議、典禮、場地之佈置及其他各項行政支援等相關事項。
（八）其他奉交辦事項。
二、第二科：（一）關於文書處理、總收發文及繕校等事項。
（二）關於印信管理、典守事項。
（三）關於公文流程管理、公文稽催及檔案管理等事項。
（四）關於文書處理及檔案管理之教育訓練事項。
（五）其他奉交辦事項。
三、第三科：（一）關於本會議資訊相關系統之整體規劃、建置及維護事項。
（二）關於資訊設備之採購規劃、安裝及管理事項。
（三）關於本會議通訊系統之規劃與維護事項。
（四）關於資訊安全之相關事項。
（五）關於協助各組室辦理資訊相關業務事項。
（六）關於資訊教育訓練之相關事項。
（七）其他奉交辦事項。
人事室掌理下列事項：一、關於本會議組織編制、職務編組歸系、人員配置等事項。
二、關於本會議軍文職人員之任免、陞調、考績（成）、獎懲、保險、退休、撫卹、資遣、人事資料管理等事項。
三、關於本會議人員之差勤管理、登錄、識別證製發等事項。
四、關於本會議人員之訓練進修及福利康樂等活動之籌辦事項。
五、其他奉交辦事項。
會計室掌理下列事項：一、關於本會議經費之歲計、會計、統計等事項。
二、關於本會議概算、預算、決算之擬編事項。
三、關於預算分配、管制、審核等事項。
四、關於會計簿籍之登記、會計報表之編整及付款憑單、記帳憑證之編製事項。
五、關於本會議年度預算立法院審議之備詢資料彙整事項。
六、關於原始憑證之審核與經費結報等事項。
七、關於會計檔案之保管事項。
八、其他奉交辦事項。
政風室掌理下列事項：一、關於本會議政風工作年度計畫之擬訂事項。
二、關於本會議政風法令之宣導事項。
三、關於本會議員工貪瀆不法之預防及公務機密之維護等事項。
四、關於公職人員財產申報之宣導及實質審查事項。
五、關於民眾陳情事項之協處事項。
六、關於政風人事案件之考核及核轉事項。
七、其他奉交辦事項。
第三章權責
本會議業務之處理，實施分層負責制度，逐級授權決定之，各級主管人員對已授權之事項得逕行決定或代行。
其分層負責明細表另定之。
經簽奉秘書長核定之研究專案，得逕呈負責專案之副秘書長或諮詢委員處理之。
本會議與國內或國際相關學術機構進行合作交流事宜，或邀請學者、專家進行相關之研討會，由秘書長核定後依相關規定辦理之。
本會議所有之公文書、研究專題、專案研究、各項會議資料、文件、均須依檔案管理規定，辦理建檔及歸檔。
本會議各級人員處理公文書，應依文書處理手冊、檔案法及本會議文書處理及檔案管理作業補充說明等相關規定處理；公文書收件後，如無法確定承辦人員時，由其上級主管商定之；公文處理時限依下列規定：一、最速件隨到隨辦。
二、速件不得超過三日。
三、普通件不得超過六日。
四、前項公文如案情複雜，無法於限期內完成者，得視需要，簽准展期辦理。
本會議人員辦理機密以上公文應按公文保密規定作業程序處理。
本會議各級人員處理事務，如有違誤、稽延，依相關作業規定處理。
本會議各項研究成果均視為本會議之集體智慧財產，未經核准，不得作為個人著書、寫作、引用之參考資料，亦不得複印或攜出。
離職時，亦同。
本會議人員因事不能執行職務或請假時，應依照本會議員工職務代理名冊規定委託代理，代理人就代理職務負其責任。
第四章會議
國家安全會議奉總統交議或由行政院院長提案或本會議秘書長簽報總統核准後召開，出席人員依組織法第四條規定之。
高層會議奉總統交議或由行政院院長提案或本會議秘書長簽報總統核准後召開，參加人員由總統視會議性質指定之。
專案會議，經簽奉秘書長核准後召開之。
必要時，得邀請相關機關人員或學者專家列席。
諮詢委員會議，由秘書長視需要召開之。
出席人員為副秘書長、諮詢委員、秘書處處長及指定人員。
本會議為處理業務需要，得定期召開主管工作會議，由秘書長主持，本會議處長以上人員出席，必要時得指定人員列席。
每半年召開一次業務檢討策進會，由秘書長主持，組室主管以上人員參加。
秘書處處務會報，由處長主持，各組室主管及奉指定人員出席。
第五章附則