退撫司分設四科，各科掌理事項如下：一、第一科掌理公教人員保險制度之研究發展；保險業務財務之督導稽核；保險俸給暨要保案件之處理與其他相關事項及本科業務有關法令之擬議、解釋事項。
二、第二科掌理政務人員退撫制度之研究規劃；政務人員退職及撫卹案件之審核；總統府、國家安全會議、行政院、立法院、司法院、考試院、監察院、內政部、外交部、財政部、法務部及經濟部暨其所屬機關公務人員退休、撫卹案件之審核及本科業務有關法令之擬議、解釋事項。
三、第三科掌理公務人員退休制度之研究規劃；國防部、教育部、交通部、行政院海岸巡防署、行政院人事行政局、臺北市政府及臺灣省政府暨其所屬機關與臺北市議會、臺灣省諮議會公務人員退休、撫卹案件之審核及本科業務有關法令之擬議、解釋事項。
四、第四科掌理公務人員撫卹制度之研究規劃；蒙藏委員會、僑務委員會、中央銀行、行政院主計處、行政院新聞局、行政院衛生署、行政院環境保護署、國立故宮博物院、行政院所屬各委員會、高雄市政府及福建省政府暨其所屬機關與高雄市議會、金門縣議會、連江縣議會公務人員退休、撫卹案件之審核及本科業務有關法令之擬議、解釋事項。
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