為加速科學事業之發展，健全科學園區之設施及服務，特依科學園區設置管理條例第七條規定設置科學園區管理局作業基金（以下簡稱本基金），並依預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以科技部為主管機關，並以科技部新竹科學園區管理局為管理機關。
本基金之來源如下：一、由政府循預算程序之撥款。
二、科學園區管理費收入。
三、科學園區廠房、住宅、宿舍、土地租金及出售廠房之收入。
四、科學園區作業服務收入。
五、科學園區公共設施建設費收入。
六、科學園區實驗中學學雜費、推廣教育、建教合作、場地設備管理及受贈收入。
七、本基金之孳息收入。
八、其他有關收入。
本基金之用途如下：一、科學園區擴建及新建之投資支出。
二、科學園區作業服務支出。
三、科學園區與其周邊公共設施及維護區內安全、環境衛生之支出。
四、依科學園區設置管理條例第十九條第二項規定徵購廠房及其有關建築物之支出。
五、科學園區實驗中學教學、學生獎助金、推廣教育、建教合作與增置、擴充、改良資產及其他與校務發展有關之支出。
六、管理及總務支出。
七、其他有關支出。
本基金之保管及運用應注意收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。