本辦法依遠洋漁業條例（以下簡稱本條例）第二十五條第四項規定訂定之。
遠洋漁業相關業者從事附件一所列遠洋漁業漁獲物或漁產品之出口，應填具申請書（如附件二），並檢附下列文件以郵寄、傳真或網路方式，向主管機關申請核准為遠洋漁業漁獲物或漁產品出口業者（以下簡稱遠洋魚貨出口業者）：一、代表人或負責人國民身分證影本。
二、經濟部商業司網站下載申請人之公司、商業或工廠登記基本資料。
三、經濟部國際貿易局網站下載申請人之出進口廠商登記基本資料。
四、業務營運說明書（如附件三），內容應包括公司組織圖、人力配置、進銷貨項目、進銷貨廠商、風險管理等事項。
五、採購、銷售附件一所列遠洋漁業漁獲物或漁產品之行為規範及作業流程文件。
前項申請人，以經濟部國際貿易局登記有案之出進口廠商為限。
第一項第五款行為規範，除應符合貿易相對國有關進口魚貨生產、倉儲及加工廠場衛生之規定外，應包括第七條規定遠洋魚貨出口業者所應遵守之事項。
第一項第五款作業流程，應包括採購、運送、倉儲、加工或銷售等流程，足以追蹤漁獲物或漁產品流向及追溯其來源合法。
輸出第一項附件一所列遠洋漁業漁獲物或漁產品單次未達一千公斤者，無須申請核准為遠洋魚貨出口業者。
申請文件不符合前條規定者，主管機關應命其限期補正；屆期不補正或補正未完全者，駁回其申請。
第二條申請案經書面審查通過後，主管機關應核發遠洋魚貨出口業者核准證明文件，並記載下列事項：一、名稱及統一編號。
二、營業地址。
三、代表人或負責人姓名。
四、核准證號及核發日期。
五、核發機關。
依第二條規定提出申請，有下列情形之一者，不予核准：一、申請人未符合第二條第二項規定。
二、行為規範及作業流程未符合第二條第三項及第四項規定。
三、依本條例第三十八條第三項廢止出口資格，未滿三年。
四、依本條例第三十八條第五項廢止出口資格，未滿五年。
遠洋魚貨出口業者核准證明文件，除統一編號外之記載事項有變更，應於事實發生之日起三個月內檢附相關證明文件，以郵寄、傳真或網路方式，向主管機關申請變更。
第一項變更申請，準用第三條及第四條之規定。
遠洋魚貨出口業者採購、銷售附件一所列遠洋漁業漁獲物或漁產品，應遵守下列事項：一、漁獲物或漁產品為國際漁業組織所管理之魚種者，確保該漁獲物或漁產品係來自列名國際漁業組織核准作業之漁船。
二、確保漁獲物或漁產品非來自本條例第十三條第二項公告之非法、未報告及不受規範漁撈作業漁船名單之漁船。
三、確保漁獲物或漁產品非國際漁業組織實施貿易制裁國家受制裁之漁獲物或漁產品。
四、確保漁獲物或漁產品之我國籍供貨漁船未有違反本條例第十三條第一項規定之情形。
五、確保漁獲物或漁產品之非我國籍供貨漁船，未有違反船籍國法令規定或養護管理措施之情形。
六、確保採購、運送、倉儲、加工或銷售之漁獲物或漁產品來源合法且可追溯。
七、訂定自行發現、客戶通知或主管機關通知漁獲物或漁產品涉及非法、未報告及不受規範漁撈作業時之標準處理程序，包括接獲通知、自動通報、停止或暫緩交易或賠償等處理方式。
八、設置管理小組或指定專責人員，督導採購、銷售漁獲物或漁產品行為規範及作業流程之確實執行。
九、保存每批次漁獲物或漁產品採購、銷售資料、查核表單、每年自行查核報告及教育訓練紀錄至少五年。
遠洋魚貨出口業者應依附件四所定申報項目，於每季終了十五日內，以郵寄、傳真或網路申報前三個月附件一所列遠洋漁業漁獲物或漁產品之採購、銷售及庫存資料。
自中華民國一百零八年一月十六日起，應採用網路申報。
前項遠洋漁業漁獲物或漁產品，依遠洋漁業漁獲證明書核發辦法申請漁獲證明書者，應依該辦法規定辦理核銷。
遠洋魚貨出口業者員工達三十人以上者，應設管理小組，員工未滿三十人者，應指定專責人員，負責採購、銷售漁獲物或漁產品行為規範及作業流程之執行管理。
前項管理小組人員或專責人員，每三年應接受主管機關辦理關於打擊非法、未報告及不受規範漁撈作業之教育訓練至少十二小時。
遠洋魚貨出口業者採購、銷售附件一所列遠洋漁業漁獲物或漁產品，應遵守其所訂定之行為規範及作業流程，每年至少執行自行查核一次。
遠洋魚貨出口業者對於主管機關進行採購、銷售漁獲物或漁產品行為規範及作業流程之稽核，不得規避、妨礙或拒絕。
前項稽核項目及基準如附件五。
主管機關應就遠洋魚貨出口業者前一年度申報資料，依附件六風險基準表之評分，區分為高度風險、中度風險、低度風險三類，除本辦法另有規定外，並依下列規定辦理稽核：一、前一年度出口量逾一萬公噸者：每年稽核一次。
二、前一年度出口量逾一千公噸，一萬公噸以下者：每五年稽核一次。
三、前一年度出口量一千公噸以下者：每年按百分之五比率抽查，高度及中度風險者優先稽核。
遠洋魚貨出口業者前一年度無出口附件一所列遠洋漁業漁獲物或漁產品，主管機關得免進行稽核，不受前項規定之限制。
遠洋魚貨出口業者經檢舉有涉及從事或支持非法、未報告及不受規範漁撈作業之交易事項，或其所申請之相關漁獲證明書內容有異常情形，或其風險項目積分提高時，主管機關得隨時進行稽核。
主管機關稽核遠洋魚貨出口業者前，得命其限期提供包括採購、銷售漁獲物或漁產品之追蹤追溯管理相關資料。
主管機關應於完成前項資料審查後，訂定稽核計畫，並通知遠洋魚貨出口業者配合稽核之進行。
主管機關進行現場稽核，得要求遠洋魚貨出口業者提供下列文件、資料：一、進銷貨廠商資料。
二、採購、銷售合約書、輸出及交易證明文件。
三、其他主管機關指定之文件、資料。
稽核人員就前項文件、資料所知悉之內容，應予保密。
稽核結果後，其評等之等級，區分如下：一、優等：無缺失。
二、甲等：次要缺失五項以下，或主要缺失僅一項。
三、乙等：次要缺失六項以上未達十二項，或主要缺失二項以上未達四項。
四、丙等：次要缺失十二項以上，或主要缺失四項以上。
前項缺失之採計，三項次要缺失等同一項主要缺失。
稽核評等為優等且最近三年風險評估連續為低度風險者，得自最近一次稽核結束日起五年內，免予稽核。
遠洋魚貨出口業者經稽核評等為乙等者，應於稽核報告送達之次日起三十日內，提交改善報告。
遠洋魚貨出口業者未能於前項所定期限內提交改善報告時，得於期限屆至前向主管機關申請延長改善期間，其申請以一次，延長期間以三十日為限。
未依前二項規定提交改善報告並完成改善者，主管機關得繼續命其限期改善至完成改善為止。
遠洋魚貨出口業者提交之改善報告，經主管機關複評為甲等以上等級，始為完成改善。
遠洋魚貨出口業者有下列情形之一者，主管機關應廢止其出口資格：一、經稽核評等為乙等，且經三次命其限期改善，屆期仍未改善。
二、經稽核評等為丙等。
三、經濟部國際貿易局廢止其出進口廠商登記。
四、停止從事附件一所列漁獲物或漁產品之出口六個月以上。
五、公司登記或商業登記經撤銷、廢止、註銷、解散或歇業。
遠洋魚貨出口業者停止從事附件一所列漁獲物或漁產品之出口，得主動向主管機關申請廢止出口資格，並繳回原領核准證明文件正本。
遠洋魚貨出口業者經主管機關依前條第一項第一款或第二款規定廢止出口資格者，應改善原稽核缺失，並經主管機關複評為甲等以上等級，始得再申請核准為遠洋魚貨出口業者。
因前條第一項第四款規定之情形而廢止出口資格者，於該情形消失後，得重新申請核准為遠洋魚貨出口業者。
遠洋魚貨出口業者之稽核及教育訓練，主管機關得委託其他機構辦理。