本辦法依漁業法（以下簡稱本法）第三十七條第三款及第五十四條第五款規定訂定之。
本辦法所稱台日漁業協議適用海域（以下簡稱台日海域），其範圍如附圖，包括排除對方法令適用海域及特別合作海域。
漁業人申請許可赴台日海域作業，應填具申請書並檢附下列文件，送蘇澳區漁會彙整後轉中央主管機關：一、有效期限內之特定漁業執照影本。
二、經財團法人中華民國對外漁業合作發展協會測試每小時主動回報船位合格之證明文件。
三、船位回報器通訊費繳費證明文件。
四、漁業人所屬區漁會同意協助海上碰撞等事故處理之文件。
前項申請，漁業人應於每年三月十五日前提出，蘇澳區漁會應於每年三月三十一日前製作申請案件清冊轉中央主管機關。
但一百零三年度之申請期限延至中華民國一百零三年三月三十一日，蘇澳區漁會應於一百零三年四月十五日前轉送申請案件清冊。
依前條申請經中央主管機關許可者，核發台日海域作業許可文件，許可期間最長為一年。
但不得逾漁業執照有效期限。
為台日海域資源管理或作業秩序維護之需要，中央主管機關得公告限制赴台日海域作業之延繩釣漁船數或漁獲量，並刊登政府公報。
延繩釣漁船有下列情形之一者，不予核發台日海域作業許可文件：一、本法第七條之一第四款至第六款情事之一。
二、於台日海域與日本漁船發生糾紛未妥善解決。
三、漁業人取得之漁船有前二款情形之一。
台日海域作業許可於許可期間屆滿時失效，漁業人如需繼續赴該海域作業，依第五條規定提出申請。
取得台日海域作業許可之延繩釣漁船，其船位回報器應維持全年正常運作，漁船進港時亦同。
延繩釣漁船出港前，應經海岸巡防機關向當地區漁會漁業通訊電台所設岸上接收中心（以下簡稱岸上接收中心）或行政院農業委員會漁業署漁業監控中心（以下簡稱漁業監控中心）查詢並獲確認其船位回報器在開啟及正常運作狀態，始得出港。
前項延繩釣漁船出港後，船位回報器應每小時自動回報船位。
延繩釣漁船未正常回報船位者，中央主管機關得令該漁船限期返港修復，限期返港期間應改用通訊設備，每四小時向岸上接收中心或漁業監控中心回報船位，返港後未完成修復前不得出港作業。
延繩釣漁船進港後，如有關閉船位回報器之需要，應向中央主管機關申請核准後，始得關機。
延繩釣漁船船位回報器回報船位所需通訊費用，由漁業人負擔。
為維持台日海域作業秩序，中央主管機關就延繩釣漁船進入台日海域作業之指揮事項，得委託蘇澳區漁會辦理。
蘇澳區漁會辦理前項事項，應進行分組及選任指揮幹部。
延繩釣漁船進入台日海域作業時，船長應遵守前項選任指揮幹部之指揮。
取得台日海域作業許可之延繩釣漁船出港作業時，應填寫漁撈日誌，其漁業人或船長應於作業結束漁船進港日起三日內，將當航次漁撈日誌送交蘇澳區漁會，由蘇澳區漁會於一個月內核轉中央主管機關。
取得台日海域作業許可之延繩釣漁船，限於宜蘭縣南方澳漁港進港卸魚，非經專案核准，不得至其他港口進港卸魚。
中央主管機關得派員檢查卸魚情形，漁業人或船長不得拒絕。
取得台日海域作業許可之延繩釣漁船返港卸魚時，應填寫卸魚紀錄表，並於返港後七日內向蘇澳區漁會繳交。
蘇澳區漁會應於每週一將前一週所收受之卸魚紀錄表核轉中央主管機關。
延繩釣漁船於台日海域作業，應遵守下列規定：一、不得棄置延繩等漁具及拾回其他漁船之漁具。
二、發生絞繩時應不得切斷。
但非以切斷方式無法分離兩船之延繩漁具者，不在此限。
其切斷之延繩漁具，應予修復。
三、與日本漁船發生糾紛時，該漁船船長應即通知指揮幹部及通報蘇澳區漁會漁業通訊電台。
每年四月一日至七月三十一日，在附圖D、E、F三點點位以直線連結之海域，其作業規定如下：一、在附圖D、M、N三點點位以直線連結之海域及E、F、P三點點位以直線連結且在北緯二十五度十五分以南之海域，漁船應南北向投繩，且作業漁船間距至少四浬。
二、在附圖N、M、E、P四點點位以直線連結之海域：（一）投、揚繩時間：臺灣時間午夜十二時投繩者，須於中午十二時前完成揚繩；中午十二時投繩者，須於午夜十二時前完成揚繩。
（二）投繩方向：漁船應東西向投繩：東經一百二十三度三十分以東，由西向東投繩；東經一百二十三度三十分以西，由東向西投繩。
（三）投繩距離：東西間距不得超過三十浬，南北間距至少一浬。
（四）繩具因異常事態流至東經一百二十四度以東，應立即開始揚繩，並迅速揚離東經一百二十四度以東海域。
延繩釣漁船每年五月一日至七月三十一日於特別合作海域作業時，應遵守下列規定：一、北緯二十六度以南：（一）投、揚繩時間：臺灣時間午夜零時投繩者，應於中午十二時前完成揚繩。
中午十二時投繩者，應於午夜零時前完成揚繩。
（二）投繩作業基準點：經度以整度或半度為基準，緯度以整分為基準排序作業。
（三）作業通報：漁船抵達作業位置應運用共用頻道（九二二二千赫）週知附近漁船；在同一位置已有漁船等待作業，晚到之漁船應另尋其他位置。
（四）投繩方向：統一採東西向投繩。
（五）投繩距離：東西間距不得超過三十浬、南北間距至少為一浬。
二、北緯二十六度以北：（一）投繩方向為由起點往西投繩，投繩開始時間為臺灣時間四時至五時；投繩方向為由西往東投繩者，投繩開始時間為晚上七時以後，可投至東經一百二十五度四十分，並需於次日上午八時前於該海域完成揚繩作業，且完成揚繩作業後不影響在該海域其他漁船作業。
（二）船間距離至少為四浬。
（三）投繩次數為每一天一次。
（四）在揚繩結束之後，應在下次投繩開始時間之前返回上次投繩開始之位置。
（五）漁船作業時應事先與在週邊作業之日本漁船連絡，確認能否在該海域作業後，才從事作業。
取得台日海域作業許可之延繩釣漁船應接受中央主管機關指派之觀察員隨船觀察作業。
配合觀察員隨船觀察作業，延繩釣漁船之漁業人、船長及船員應遵行事項如下：一、依中央主管機關通知之時間及地點，接載及送返觀察員。
二、提供觀察員在作業漁船上相當於幹部船員之生活照顧、醫療與執行任務所需之空間、設備及資料。
三、於觀察員登船時，船長應向觀察員說明漁船之作息方式、安全維護及漁船設施，並將觀察員上船執行任務之事實，通報全船人員知悉。
四、提供並協助觀察員獨立使用衛星電話或單邊帶無線電話（SSB）等通訊設備。
五、每日應提供漁撈日誌供觀察員查核。
六、不得妨礙觀察員記錄漁船航行儀器相關資訊，並於觀察員執行任務時，為必要及充分之協助。
七、協助觀察員蒐集研究之漁獲樣本。
八、不得拒絕或妨礙觀察員就觀察任務有關事項所為詢問及作成紀錄。
九、簽署觀察員執行任務所得之資料或所作之紀錄，如對紀錄內容有不同意見時，得附記其意見。
十、船長應確保觀察員安全，漁船遇有緊急危難時，應予特別照護及給予避難協助。
延繩釣漁船於台日海域作業時，應接受我國公務船進行登臨及檢查。
有下列情形之一者，得依本法第十條規定，收回漁業人漁業證照、漁業從業人幹部船員執業證書或漁船船員手冊一年以下之處分；情節重大者得撤銷漁業人漁業證照、漁業從業人幹部船員執業證書或漁船船員手冊：一、違反第三條規定，未經許可擅赴台日海域作業。
二、違反第六條第二項公告漁獲量限制規定。
三、未依第九條第一項規定回報船位。
四、未依第九條第二項規定，確認船位回報器正常運作，擅自出港及未回報船位。
五、未依第九條第四項規定，於指定期限內返港，或未完成修復船位回報器即擅自出港。
六、未依第九條第五項規定，申請核准即擅自關閉船位回報器。
七、違反第十二條第一項、第二項或第三項規定，在指定漁港以外卸魚、拒絕接受卸魚檢查或未依規定繳交卸魚紀錄表。
八、違反第十三條規定，於台日海域作業應遵守事項。
九、違反第十四條所定台日海域作業應遵守之作業規定。
十、違反第十五條規定，應遵守之投繩時間、方向、距離、通報等規定事項之一。
十一、違反第十六條規定，規避、妨礙或拒絕中央主管機關指派之觀察員隨船觀察作業及接運觀察員往返執行公務。
十二、違反第十七條規定，規避、妨礙或拒絕我國公務船進行登臨及檢查。
有下列情形之一者，得依本法第六十五條第七款規定，處漁業人或漁業從業人新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰：一、違反第九條第三項規定，於出港後未每小時回報船位。
二、違反第十條第三項規定，未遵從指揮幹部之指揮。
三、未依第十一條規定，填寫及繳交漁撈日誌，或漁撈日誌填寫不實。
四、違反第十二條第三項規定，卸魚紀錄表填報不實。
本辦法自發布日施行。
但中華民國一百零三年三月五日訂定之第十八條、第十九條，自一百零三年五月五日施行。