本辦法依投資經營非我國籍漁船管理條例（以下簡稱本條例）第六條規定訂定之。
本辦法所稱國際漁業組織，指依國際條約或協定所成立之國際漁業管理組織、區域或次區域漁業管理組織。
中華民國人投資經營非我國籍漁船從事之漁業種類或作業海域，為國際漁業組織規定應實施作業漁船名單措施者，該漁船應經船籍國提報國際漁業組織許可納入作業漁船名單後，始能出港作業。
中華民國人投資經營非我國籍漁船者，應接受船籍國派遣觀察員隨船作業，不得規避、妨礙或拒絕；其漁船應依船籍國與沿岸國核准之作業海域、作業漁區、作業期間、漁具及漁撈方法作業。
中華民國人投資經營非我國籍漁船從事之漁業種類或作業海域，為國際漁業組織、船籍國或沿岸國規定應實施漁船船位回報者，該漁船應遵守國際漁業組織、船籍國或沿岸國所定船位回報規定。
中華民國人投資經營非我國籍漁船捕撈國際漁業組織所規範之魚種，應以船籍國及沿岸國已取得漁獲配額之魚種為限，並應按船籍國及沿岸國分配之漁獲配額作業。
中華民國人投資經營非我國籍漁船，於海外從事漁業，未遵守船籍國或沿岸國所定相關作業規範，或違反第三條至前條中有關本條例第八條第一項所定重大違規行為以外之作業許可、漁船之作業海域、作業期間、漁船船位回報、漁具、漁撈方法或漁獲配額之管理措施，依本條例第十一條第二款規定按次處罰之裁罰基準如下：一、三年內第一次違反者，處新臺幣二百萬元罰鍰。
二、三年內第二次違反同一違規態樣者，處新臺幣五百萬元罰鍰。
三、三年內第三次以上違反同一違規態樣者，處新臺幣一千萬元罰鍰。
前項有關違規次數之計算，自最近一次違規日起回溯三年之期間，為次數之計算基準。
本辦法自中華民國一百零六年一月二十日施行。
本辦法修正條文自發布日施行。