本辦法依遠洋漁業條例（以下簡稱本條例）第二十二條第三項規定訂定之。
申請進入我國港口之非我國籍漁船，除不得有本條例第二十二條第二項規定之情形外，應符合下列條件：一、列名於國際漁業組織核准作業名冊，或持有船籍國核發之有效漁業執照、漁撈許可文件或漁獲物運送許可證明文件。
二、從事流網以外之漁業種類。
非我國籍漁船進入我國港口，以基隆港、高雄港、正濱漁港及前鎮漁港為限。
前項漁船進入港口後，其活動項目以港口卸魚、港內轉載、補給或維修漁船為限。
非我國籍漁船進出我國港口，其經營者應出具委任書委由代理人向主管機關申請進港、提交進港報告單、申請展延停泊期間、填寫及提交卸魚聲明書或轉載確認書及離港通報單。
前項代理人，以取得航業法許可營業之中華民國船務代理業為限。
非我國籍漁船進入我國港口，應於到達港區五個工作日前，由代理人檢附下列文件，向主管機關申請，經審查通過後，發給許可文件。
但漁船前一個出港港口距離申請進入港口未達一千六百浬且出港後直航我國港口者，得於到達港區三個工作日前申請：一、進港申請預報表（格式如附表一）。
二、漁撈、轉載或卸魚作業通報表（格式如附表二）。
三、船舶國籍證書影本。
四、漁業執照或漁撈許可文件影本；漁獲物運搬船檢附漁獲物運送許可證明文件影本。
五、進出港船員名冊（包括姓名、國籍、出生年月日、船上職務、護照或旅行文件編號）及幹部船員有效執業證書影本。
六、漁船之甲板兩船側及船艉相片各三張；照片應為清晰可辨識漁船船名及國際識別編號。
七、前一個出港港口之出港證明。
八、漁獲物運搬船，應另提供下列文件：（一）可清楚區分各艙間漁獲物種類及數量之漁貨配艙圖及漁獲物轉載明細影本。
（二）漁獲物來源漁船之國籍證書、漁業執照及轉載許可文件影本。
九、經營者非為申請進入我國港口之非我國籍漁船所有人者，應另提供經營權證明文件。
第一項文件為外文者，應檢附國內公證人認證之中文譯本。
但文件為英文者，免予檢附。
申請進入基隆港或高雄港者，代理人應於取得第一項許可文件後，向航政主管機關申進進入。
非我國籍漁船有不可抗力因素或緊急危難狀況，需進入基隆港或高雄港者，代理人得先行依商港法相關規定通報申請緊急進港，並應於漁船進港後二十四小時內，補提第一項及第二項規定文件。
申請進入我國港口之非我國籍漁船，有下列情形之一者，主管機關不予許可：一、其經營者犯本條例、漁業法或投資經營非我國籍漁船管理條例所定之罪，經判處有期徒刑以上之刑確定，尚未執行、執行未畢、緩刑尚未期滿。
二、其經營者犯本條例、漁業法或投資經營非我國籍漁船管理條例所定之罪，經判處拘役或罰金確定，尚未執行或執行未畢。
三、其經營者依本條例、漁業法或投資經營非我國籍漁船管理條例所處罰鍰尚未繳納完畢。
四、該船前經營者依本條例、漁業法或投資經營非我國籍漁船管理條例所處罰鍰尚未繳納完畢。
正濱漁港或前鎮漁港港區泊位不足時，主管機關得不予許可非我國籍漁船申請進入。
非我國籍漁船於漁船進港後二十四小時內，代理人應向主管機關提交進港報告單（格式如附表三）。
非我國籍漁船進入正濱漁港或前鎮漁港前，應於基隆港或高雄港完成航政、關稅、衛生、移民、防疫、檢疫等檢查。
非我國籍漁船經許可進入前項漁港者，其停泊期間，不得超過五日。
但需延長時間卸魚者，代理人得於期限屆滿前，向主管機關申請展延，展延最長三日，並以一次為限。
進入我國漁港之非我國籍漁船載有大陸船員者，應配合海岸巡防機關及警察機關辦理安全檢查；經檢查無誤後，經營者應將大陸船員暫置於岸置處所或暫置區域內之原僱用漁船。
大陸船員暫置於岸置處所或暫置區域之原僱用漁船時，經營者應約束大陸船員不得擅離暫置場所；其暫置期間所需相關費用，由經營者支付。
大陸船員需搭機離境者，應依大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法規定，向內政部移民署申請入出境。
非我國籍漁船進入我國港口，經營者應依港口主管機關或商港經營事業機構指定之區域停泊、卸魚、轉載、補給或維修漁船，且不得從事與申請進港目的不符之活動。
經許可進入我國港口之非我國籍漁船有下列情形之一者，主管機關得廢止其進港許可，並通知航政主管機關：一、進港後從事與申請進港目的不符之活動。
二、超過預定進港時間二日仍未進港。
三、漁獲物未依來源漁船、魚種分類過磅、卸魚。
非我國籍漁船進入我國港口卸魚或轉載者，應支付檢查相關費用後，始得卸魚或轉載。
前項卸魚或轉載，應於每日六時至十八時進行；未完成卸魚或轉載之漁獲物，應接受主管機關封艙，未經主管機關許可，不得啟封卸魚。
前二項檢查、封艙，主管機關得委任所屬機關（構）、委辦直轄市、縣（市）政府或委託其他機關（構）、法人或團體辦理。
代理人應於下列所定期限填寫並向主管機關提交卸魚聲明書（格式如附表四）或轉載確認書（格式如附表五）：一、從事捕撈作業之漁船：應於完成卸魚或轉載後二日內。
二、漁獲物運搬船：應於完成卸魚或轉載後五日內。
進入我國港口卸魚或轉載之非我國籍漁船，其經營者應詳實且正確填寫漁撈、轉載或卸魚作業通報表。
前項通報表與實際卸魚量或轉載量之差值，應符合下列規定：一、國際漁業組織訂有配額限制之魚種或所定漁獲統計文件或漁獲文件計畫規範之魚種，不得逾百分之十。
二、前款以外魚種，不得逾百分之二十五。
許可進入我國港口之非我國籍漁船，於漁船出港一日前，代理人應向主管機關提交離港通報單（格式如附表六）。