本細則依漁業法(以下簡稱本法)第七十條規定訂定之。
本法第三條所稱附屬之加工、運銷業，係指漁獲物運搬船或漁業加工船之作業而言。
本法第六條所稱公共水域係指河川、天然湖沼、潮間帶及海洋；所稱與公共水域相連之非公共水域，係指與公共水域連成一體之池、埤、水庫等。
本法所稱漁船，係指經營漁業之船舶、舢舨、漁筏及漁業巡護船、漁業試驗船、漁業訓練船。
本法第八條第一項所稱漁船之改造，係指左列各款之情形：一、變更漁船之長度、寬度或深度。
二、重新安裝主機、副機或變更其種類或馬力。
三、為變更漁船用途或所從事漁業種類而變更漁船之構造或設備。
申請建造或改造漁船時，應依下列規定，分別向該管主管機關申請：一、漁業根據地在縣（市）者：其漁船總噸位未滿二十者，向縣（市）主管機關申請；二十以上者，向中央主管機關申請。
二、漁業根據地在直轄市者：其漁船總噸位未滿一百者，向直轄市主管機關申請；一百以上者，向中央主管機關申請。
前項申請，應填具申請書，並檢附下列文件：一、漁船船圖（含一般佈置圖、中央斷面圖及線圖）及施工說明書各三份。
但舢舨、漁筏及總噸位未滿十之木殼船，免附。
二、其他經中央主管機關指定之文件。
前項申請書應記載下列事項：一、申請人姓名、國民身分證統一編號及地址。
二、漁船名稱。
三、漁業種類、作業區域。
四、計畫總噸位。
五、船舶主要尺寸。
六、船體構造材質。
七、造船廠名稱及所在地。
八、主、副機型式、廠牌、連續最大馬力、汽缸數、缸徑及迴轉數等。
九、預定開工及完工進水日期。
主管機關核發漁業證照及管理權責劃分如下：一、中央主管機關：（一）專用漁業權漁業。
（二）作業區域跨越二直轄市、縣（市）以上之定置、區劃漁業權漁業。
（三）非屬直轄市、縣（市）主管機關主管之特定漁業及娛樂漁業。
二、直轄市主管機關：（一）作業區域在直轄市轄區內之定置、區劃漁業權漁業。
（二）使用漁船總噸位未滿一百之特定漁業及娛樂漁業，且漁業根據地在該直轄市者。
三、縣（市）主管機關：（一）作業區域在縣（市）轄區內之定置、區劃漁業權漁業。
（二）使用漁船總噸位未滿二十之特定漁業及娛樂漁業，且漁業根據地在該縣（市）者。
漁業權漁業經營之申請，應向漁場所在地之直轄市或縣(市)主管機關為之。
特定漁業及娛樂漁業經營之申請，應向船籍所在地之直轄市或縣(市)主管機關為之。
漁業經營之申請人如左：一、獨資經營者以其出資人為申請人。
二、合夥經營者以其代表一人為申請人。
三、公司、行號經營者以其法定代表人為申請人。
四、公營機構或水產試驗機構以其法定代理人為申請人。
五、漁會或漁業生產合作社以其法定代理人為申請人。
依本法第八條第二項規定輸入漁船，應檢附左列文件，申請船籍所在地直轄市或縣(市)主管機關核轉中央主管機關許可：一、申請書。
二、漁船輸出國之船舶國籍證書影本。
三、有效期限內之船舶安全檢查合格文件。
四、船舶佈置圖說。
依本法第十條規定收回漁業證照、漁船幹部船員執業證書或船員手冊之處分，其處分期間之起算如下：一、受處分之漁船及船員在港時，自處分送達之日起算。
二、受處分之漁船及船員已出港時，自該漁船或船員返回漁港之日起算。
主管機關依本法第十三條規定設立漁業諮詢委員會者，應就下列事項諮詢該委員會意見：一、漁業結構調整及管理制度之整體規劃。
二、漁場之綜合利用。
三、漁業權漁業之整體規劃。
四、漁業權漁業核准之優先順序及其爭議。
五、漁業權漁業種類及作業區域之變更。
六、漁業權之核准、撤銷及其他有關漁業權行政處分之相關事項。
七、特定漁業漁業種類之指定、經營期間、作業區域、漁船總船數、總噸位及其他有關事項。
八、水產資源之保育及管理。
本法第十四條所稱漁具，係指為採捕或養殖目的而使用之直接或間接工具。
依本法第十七條所擬訂之計畫，應包括漁業種類、漁場區域範圍、漁期、預定核准數量、公告期間、申請期間及其他有關事項。
依本法第十七條第一項所作整體規劃及前項計畫之擬訂或調整，中央或縣(市)主管機關於必要時得編列預算委託有關機構或學術團體研究辦理。
中央或縣(市)主管機關依前條擬訂或調整計畫後，應於漁場所在地鄉(鎮、市、區)及漁會公開閱覽三十日。
前項閱覽期間，利害關係人得以書面載明姓名或名稱、地址及職業，向該管主管機關提出意見，由該管主管機關予以參考審議核定，並報中央主管機關備查。
中央或縣(市)主管機關依前條核定計畫後，應於每年七月以前在漁場所在地鄉(鎮、市、區)或漁會公告，接受漁業權漁業執照之申請。
前項公告期間不得少於三十日。
申請經營漁業權漁業，應填具申請書三份，並檢送下列文件：一、漁場圖三份（應標註漁場各基準點與陸上相關方位、距離及網具大小等）。
二、事業計畫書三份。
三、申請人為合夥組織者，應附合夥契約書；為公司組織者，應附登記證明文件；為漁會或漁業生產合作社者，應附會員代表大會或社員大會決議紀錄三份。
四、申請漁場地區或水域屬他人所有或占有者，應檢附其同意文件三份。
五、申請專用漁業權漁業者，應另附入漁規章草案三份，其內容應記載︰（一）可申請入漁經營者之資格。
（二）入漁經營之區域及期間。
（三）入漁經營使用之漁法。
（四）其他應遵守之事項。
前項申請書，應記載下列事項︰一、申請人姓名、地址、國民身分證統一編號及職業。
二、漁業種類及名稱。
三、漁場位置、區域及面積或範圍（定置漁業權漁業免填面積）。
四、漁具種類及數量。
五、漁獲對象。
六、漁期。
專用漁業權作業區域之核准，以不超過該漁會或漁業生產合作社轄區之水域為限。
主管機關就核准之漁業權漁業，得劃定限制他人作業之水域。
主管機關核准漁業權漁業所發漁業權執照，應記載下列事項︰一、漁業權人姓名、地址及國民身分證統一編號。
二、核准號數及年、月、日。
三、漁業種類及名稱。
四、漁場位置、區域及面積或範圍。
五、漁獲對象。
六、漁期。
七、漁業權有效期間。
八、核准時所附條件或限制事項。
漁業權執照有效期間屆滿時失效，如需繼續經營，應於期滿前六個月內申請換發。
漁業權執照失效時，其漁業權亦同時消滅。
拋棄漁業權者，應向原核准機關辦理註銷登記，該漁業權有他項權利登記者，應檢附其同意文件。
漁業權人應於取得漁業權執照之日起三個月內完成建設測量漁場之陸上基點標識。
漁業權漁業漁場設置完成後，應報請主管機關勘查並發給漁場圖。
第一項標識建立後，需要另建或重建者，應敘明事由，申請該管主管機關核准。
漁業權消滅時，其漁場標識及設施，應自行除去。
主管機關於核准漁業權之取得、合併、分割、變更、喪失，及依本法第十條第一項、第十一條第一項撤銷漁業經營之核准，應公告之。
依本法第三十五條申請許可時，申請人應敘明左列事項：一、土地所有人或使用人之姓名、地址。
二、地點及範圍。
三、使用目的。
四、使用期間或時期。
五、無法取得同意之事實。
六、其他必要之事項。
直轄市或縣(市)主管機關依本法第三十六條、第三十七條為特定漁業之指定及限制時，應經中央主管機關核定後公告行之，變更時亦同。
經營特定漁業，應填具申請書，並檢附下列文件，向該管主管機關申請漁業證照︰一、船舶檢查紀錄簿、船舶檢查證書、船舶登記證書、船舶國籍證書、小船執照或漁筏執照影本或抄本。
二、公司、行號申請者，並應檢附其登記證明文件、事業計畫書。
三、最近三年內之彩色漁船照片及其電子檔。
四、其他經主管機關指定之文件。
前項申請書應記載下列事項︰一、申請人姓名、地址、國民身分證統一編號及出生年月日。
二、漁業種類。
三、漁船名稱、船長及全長、總噸位、淨噸位及統一編號。
四、漁船機械種類及馬力。
五、漁具種類及數量。
六、漁獲對象。
七、漁業根據地及漁獲物起卸港。
八、漁船來源證明。
九、通信設備及國際呼號。
十、總噸位一百以上漁船之船舶識別碼。
第一項第三款漁船照片應呈現船艏至船艉之側身照，並能清楚辨識漁船船名及國際呼號（WIN碼）；照片尺寸為六英吋乘八英吋，每英吋解析度為一百五十像素（pixelsperinch）以上；檔案大小低於五百千位元組（kilobyte）。
漁業證照期滿申請換發，準用第一項規定辦理。
但免附第一項第一款文件。
核准特定漁業經營期間最長為五年，如需繼續經營，應於漁業證照期滿前三個月內申請換發。
主管機關核准特定漁業所發漁業證照，應記載下列事項︰一、漁業人姓名、地址及國民身分證統一編號。
二、核准字號及年、月、日。
三、漁業種類。
四、漁場位置及區域。
五、漁船名稱、總噸位、淨噸位、船長及全長、統一編號及船員人數。
六、漁船機械種類、馬力、油槽容量及時速。
七、漁具種類及數量。
八、漁獲對象。
九、漁期。
十、漁業根據地及漁獲物起卸港。
十一、漁業證照有效期間。
十二、通信設備及國際呼號。
十三、總噸位一百以上漁船之船舶識別碼。
十四、核准時所附條件或限制事項。
漁業人或漁業從業人於出海或作業時，不得有左列行為：一、違法從事非漁業行為。
二、違反主管機關有關作業時限及船員員額之限制。
三、販賣或將漁業動力用油移作他用。
四、非法進入外國海域。
漁業人為從事作業而遮斷溯河魚類之回游路徑，應留流水面五分之一以上回游路徑。
漁業人及漁業從業人應依該管主管機關之規定填報漁業報表及其他有關資料。
中央主管機關得就其主管之業務，委託直轄市或縣(市)主管機關辦理。